| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 385,108 | A→T | 29.1% | V106V (GTA→GTT) | cstA → | carbon starvation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 385,108 | 0 | A | T | 29.1% | 73.5 / 34.6 | 48 | V106V (GTA→GTT) | cstA | carbon starvation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (11/23); new base T (6/8); total (17/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGG > minE/385039‑385178 | ggACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTAc > 1:1463868/1‑71 (MQ=255) cAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTgg < 1:29184/71‑1 (MQ=255) aaGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTggc > 1:1271111/1‑71 (MQ=255) aaGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTgg > 1:3370545/1‑70 (MQ=255) acgtgtTGTTTGGTCACCACTTCGCCGCTATCGCCGGTGCTGGTCCGCTGGTGGGTCCGGTTCTCgccgcg > 1:2778902/3‑71 (MQ=255) aaGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTggcggc < 1:952885/70‑1 (MQ=255) aGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTAc < 1:1889097/62‑1 (MQ=255) ttGTTTGGTCACCACTTCGCCGCTATCGCCGGTGCTGGTCCGCTGGTGGGTCCGGTTCTCGCCGCGCAGAt < 1:2429710/70‑1 (MQ=255) cTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCaaa > 1:1152441/1‑70 (MQ=255) ttCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATggg > 1:491594/1‑71 (MQ=255) ttCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATg < 1:2390870/69‑1 (MQ=255) gTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTAc < 1:788121/71‑1 (MQ=255) caccacTTCGCCGCTATCGCCGGTGCTGGTCCGCTGGTGGGTCCGGTTCtcg > 1:553342/1‑50 (MQ=255) aCCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTg > 1:633270/1‑71 (MQ=255) aCCACTTCGCCGCTATCGCCGGTGCTGGTCCGCTGGTGGGTCCGGTTCTCGCCGCGCAGATGGGCTACCTg < 1:3351358/71‑1 (MQ=255) ccACTTCGCCGCTATCGCCGGTGCTGGTTCGCTGGTGGGTCCGGTTCTCGCCGCGCAGATGGGCTACCTGc < 1:3578533/71‑1 (MQ=255) ccACTTCGCCGCTATCGCCGGTGCTGGTCCGCTGGTGGGTCCGGTTCTCGCCGCGCAGATGGGCTACCTGc < 1:2743310/71‑1 (MQ=255) ccACTTCGCCGCTATCGCCGGTGCTGGTCCGCTGGTGGGTCCGGTTCTCGCCGCGCAGATAGGCTACCTGc < 1:1676088/71‑1 (MQ=255) tttGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCggg > 1:2037630/1‑71 (MQ=255) ttGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCgg < 1:2008806/69‑1 (MQ=255) ttGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGAGGCGCAAATGGGCTACCTGCCggg < 1:938978/70‑1 (MQ=255) cGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGgatg < 1:3329337/71‑1 (MQ=255) gCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGgatgat < 1:2355728/71‑1 (MQ=255) ccATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGcc < 1:1011411/61‑1 (MQ=255) cATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATTGGCTACCTGCCGGGGATGATCt < 1:3008884/71‑1 (MQ=255) cATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCt < 1:3106573/71‑1 (MQ=255) cATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCt < 1:2075286/71‑1 (MQ=255) cATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCt > 1:1832261/1‑71 (MQ=255) ccGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTAc > 1:3760422/1‑50 (MQ=255) cGGTGCTGGTCCGCTGGTGGGTCCGGTTCTCGCCGCGCag < 1:1982117/40‑2 (MQ=12) gAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGcc < 1:961999/52‑1 (MQ=255) gAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGgctgct < 1:3736903/70‑1 (MQ=255) ggTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTgg < 1:2535290/71‑1 (MQ=255) gTCCGCTGGTGGGTCCGGTTCTCGCCGCGCAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGcgg < 1:2764584/69‑3 (MQ=255) gTCCGCTGGTGGGTCCGGTTCTCGCCGCGCAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCgggg > 1:696918/1‑71 (MQ=255) gTCCGCTGGTGGGTCCGGTTCTCGCCGCGCAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCgggg > 1:3133188/1‑71 (MQ=255) gTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGc < 1:450810/67‑1 (MQ=255) gCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGggtgg > 1:2151925/1‑71 (MQ=255) cTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTg < 1:2541821/64‑1 (MQ=255) tggtggGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGtt > 1:1105524/1‑71 (MQ=255) gggCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGgctgc < 1:532101/52‑1 (MQ=255) gggCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGc < 1:3899209/71‑1 (MQ=255) ccGGTTCTCGCCGCGCAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCGGGGGTCGTGCTGGCcgg > 1:1007658/1‑71 (MQ=255) ccGGTTCTCGCCGCGCAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCGGGGGTCGTGCTGGCcgg > 1:642165/1‑71 (MQ=255) ccGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcgg < 1:1456049/71‑1 (MQ=255) ccGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcgg < 1:887719/71‑1 (MQ=255) cGGTTCTCGCCGCGCAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCGGGGGTCGTGCTGGCcgg < 1:1106663/70‑1 (MQ=255) gTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGgct < 1:3381243/44‑1 (MQ=255) aCTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTggg < 1:3414683/52‑1 (MQ=255) aCTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTggg < 1:3049909/52‑1 (MQ=255) aCTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcggtgcgg > 1:3593323/1‑71 (MQ=255) | GGACAAGAAAGTGCTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGG > minE/385039‑385178 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |