| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 385,120 | A→G | 26.4% | Q110Q (CAA→CAG) | cstA → | carbon starvation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 385,120 | 0 | A | G | 26.4% | 81.8 / 32.8 | 53 | Q110Q (CAA→CAG) | cstA | carbon starvation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (13/26); new base G (4/10); total (17/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 | |||||||||||
CTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTT > minE/385052‑385188 | ttGTTTGGTCACCACTTCGCCGCTATCGCCGGTGCTGGTCCGCTGGTGGGTCCGGTTCTCGCCGCGCAGAt < 1:2429710/70‑1 (MQ=255)cTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCaaa > 1:1152441/1‑70 (MQ=255) ttCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATggg > 1:491594/1‑71 (MQ=255) ttCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATg < 1:2390870/69‑1 (MQ=255) gTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTAc < 1:788121/71‑1 (MQ=255) aCCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTg > 1:633270/1‑71 (MQ=255) aCCACTTCGCCGCTATCGCCGGTGCTGGTCCGCTGGTGGGTCCGGTTCTCGCCGCGCAGATGGGCTACCTg < 1:3351358/71‑1 (MQ=255) ccACTTCGCCGCTATCGCCGGTGCTGGTTCGCTGGTGGGTCCGGTTCTCGCCGCGCAGATGGGCTACCTGc < 1:3578533/71‑1 (MQ=255) ccACTTCGCCGCTATCGCCGGTGCTGGTCCGCTGGTGGGTCCGGTTCTCGCCGCGCAGATGGGCTACCTGc < 1:2743310/71‑1 (MQ=255) ccACTTCGCCGCTATCGCCGGTGCTGGTCCGCTGGTGGGTCCGGTTCTCGCCGCGCAGATAGGCTACCTGc < 1:1676088/71‑1 (MQ=255) tttGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCggg > 1:2037630/1‑71 (MQ=255) ttGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCgg < 1:2008806/69‑1 (MQ=255) ttGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGAGGCGCAAATGGGCTACCTGCCggg < 1:938978/70‑1 (MQ=255) cGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGgatg < 1:3329337/71‑1 (MQ=255) gCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGgatgat < 1:2355728/71‑1 (MQ=255) ccATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGcc < 1:1011411/61‑1 (MQ=255) cATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATTGGCTACCTGCCGGGGATGATCt < 1:3008884/71‑1 (MQ=255) cATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCt < 1:2075286/71‑1 (MQ=255) cATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCt < 1:3106573/71‑1 (MQ=255) cATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCt > 1:1832261/1‑71 (MQ=255) ccGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTAc > 1:3760422/1‑50 (MQ=255) gAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGcc < 1:961999/52‑1 (MQ=255) gAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGgctgct < 1:3736903/70‑1 (MQ=255) ggTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTgg < 1:2535290/71‑1 (MQ=255) gTCCGCTGGTGGGTCCGGTTCTCGCCGCGCAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGcgg < 1:2764584/69‑3 (MQ=255) gTCCGCTGGTGGGTCCGGTTCTCGCCGCGCAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCgggg > 1:696918/1‑71 (MQ=255) gTCCGCTGGTGGGTCCGGTTCTCGCCGCGCAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCgggg > 1:3133188/1‑71 (MQ=255) gTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGc < 1:450810/67‑1 (MQ=255) gCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGggtgg > 1:2151925/1‑71 (MQ=255) cTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTg < 1:2541821/64‑1 (MQ=255) tggtggGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGtt > 1:1105524/1‑71 (MQ=255) gggCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGgctgc < 1:532101/52‑1 (MQ=255) gggCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGc < 1:3899209/71‑1 (MQ=255) ccGGTTCTCGCCGCGCAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCGGGGGTCGTGCTGGCcgg > 1:1007658/1‑71 (MQ=255) ccGGTTCTCGCCGCGCAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCGGGGGTCGTGCTGGCcgg > 1:642165/1‑71 (MQ=255) ccGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcgg < 1:1456049/71‑1 (MQ=255) ccGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcgg < 1:887719/71‑1 (MQ=255) cGGTTCTCGCCGCGCAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCGGGGGTCGTGCTGGCcgg < 1:1106663/70‑1 (MQ=255) gTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGgct < 1:3381243/44‑1 (MQ=255) aCTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTggg < 1:3414683/52‑1 (MQ=255) aCTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTggg < 1:3049909/52‑1 (MQ=255) aCTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcggtgcgg > 1:3593323/1‑71 (MQ=255) cTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGgct > 1:2079447/1‑41 (MQ=255) cTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcggtgcggt < 1:2969541/71‑1 (MQ=255) cTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcggtgcggt > 1:51912/1‑71 (MQ=255) ggcggcGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcggtgcggtg > 1:2952552/1‑70 (MQ=255) gcggcgCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcggtgcggtg < 1:920041/69‑1 (MQ=255) gcggcgCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcggtgcggtg > 1:3180320/1‑69 (MQ=255) ccgcgcAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCGGGGGTCGTGCTGGCCGGTGCGGTTCAg < 1:2199469/69‑1 (MQ=255) ccgcgcAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCGGGGGTCGTGCTGGCCGGTGCGGTTCAg < 1:1723176/69‑1 (MQ=255) gcgcAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCGGGGGTCGTGCTGGCCGGTGCGGTTCAGGa < 1:31942/71‑1 (MQ=255) cgcAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGa < 1:353451/70‑1 (MQ=255) gcAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTCGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAg < 1:2034086/67‑1 (MQ=255) cAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGAttt > 1:3917260/1‑71 (MQ=255) aaaTGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGGTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGAttt > 1:1502356/1‑70 (MQ=255) aaaTGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCggtgcggtgc < 1:1083019/63‑1 (MQ=255) aaaTGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAg < 1:1766098/65‑1 (MQ=255) aaaTGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGAttt > 1:2676202/1‑70 (MQ=255) aaTGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTtctc > 1:3525463/1‑49 (MQ=255) | CTGTTCGGTCACCATTTTGCGGCCATTGCCGGAGCAGGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTT > minE/385052‑385188 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |