| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 385,153 | C→G | 16.8% | L121L (CTC→CTG) | cstA → | carbon starvation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 385,153 | 0 | C | G | 16.8% | 160.1 / 23.1 | 71 | L121L (CTC→CTG) | cstA | carbon starvation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/36); new base G (5/7); total (28/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.58e-01 | |||||||||||
GGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGA > minE/385088‑385218 | ggTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTgg < 1:2535290/71‑1 (MQ=255) gTCCGCTGGTGGGTCCGGTTCTCGCCGCGCAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGcgg < 1:2764584/69‑3 (MQ=255) gTCCGCTGGTGGGTCCGGTTCTCGCCGCGCAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCgggg > 1:696918/1‑71 (MQ=255) gTCCGCTGGTGGGTCCGGTTCTCGCCGCGCAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCgggg > 1:3133188/1‑71 (MQ=255) gTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGc < 1:450810/67‑1 (MQ=255) gCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGggtgg > 1:2151925/1‑71 (MQ=255) cTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTg < 1:2541821/64‑1 (MQ=255) tggtggGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGtt > 1:1105524/1‑71 (MQ=255) gggCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGc < 1:3899209/71‑1 (MQ=255) ccGGTTCTCGCCGCGCAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCGGGGGTCGTGCTGGCcgg > 1:1007658/1‑71 (MQ=255) ccGGTTCTCGCCGCGCAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCGGGGGTCGTGCTGGCcgg > 1:642165/1‑71 (MQ=255) ccGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcgg < 1:887719/71‑1 (MQ=255) ccGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcgg < 1:1456049/71‑1 (MQ=255) cGGTTCTCGCCGCGCAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCGGGGGTCGTGCTGGCcgg < 1:1106663/70‑1 (MQ=255) aCTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTggg < 1:3049909/52‑1 (MQ=255) aCTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTggg < 1:3414683/52‑1 (MQ=255) aCTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcggtgcgg > 1:3593323/1‑71 (MQ=255) cTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcggtgcggt > 1:51912/1‑71 (MQ=255) cTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcggtgcggt < 1:2969541/71‑1 (MQ=255) ggcggcGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcggtgcggtg > 1:2952552/1‑70 (MQ=255) gcggcgCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcggtgcggtg > 1:3180320/1‑69 (MQ=255) gcggcgCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcggtgcggtg < 1:920041/69‑1 (MQ=255) ccgcgcAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCGGGGGTCGTGCTGGCCGGTGCGGTTCAg < 1:1723176/69‑1 (MQ=255) ccgcgcAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCGGGGGTCGTGCTGGCCGGTGCGGTTCAg < 1:2199469/69‑1 (MQ=255) gcgcAGATGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCGGGGGTCGTGCTGGCCGGTGCGGTTCAGGa < 1:31942/71‑1 (MQ=255) cgcAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGa < 1:353451/70‑1 (MQ=255) gcAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTCGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAg < 1:2034086/67‑1 (MQ=255) cAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGAttt > 1:3917260/1‑71 (MQ=255) aaaTGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGGTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGAttt > 1:1502356/1‑70 (MQ=255) aaaTGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCggtgcggtgc < 1:1083019/63‑1 (MQ=255) aaaTGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAg < 1:1766098/65‑1 (MQ=255) aaaTGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGAttt > 1:2676202/1‑70 (MQ=255) gaTGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCGGGGGTCGTGCTGGCCGGTGCGGTTCAGGActtta < 1:5334/70‑3 (MQ=255) aaTGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTtctc > 1:3525463/1‑49 (MQ=255) aTGGGCTACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCGGGGGTCGTGCTGGCcggtgcggtt < 1:3770706/60‑2 (MQ=255) aTGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGggtggt < 1:245569/44‑1 (MQ=255) aTGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGggtggt < 1:3262511/44‑1 (MQ=255) aTGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCAt > 1:221712/1‑71 (MQ=255) aTGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCAt > 1:2791340/1‑71 (MQ=255) tGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATg > 1:2352343/1‑71 (MQ=255) gCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTg > 1:21204/1‑71 (MQ=255) cTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGAtt > 1:1403815/1‑62 (MQ=255) tACCTGCCTGGCACGCTGTGGCTGCTGGCGGGGGTCGTGCTGGCCGGTGCGGTTCAGGACTTTATGGTga > 1:1253979/1‑69 (MQ=255) ccTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTc < 1:2928980/61‑1 (MQ=255) ccTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCtgt > 1:1932713/1‑71 (MQ=255) ccTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCt < 1:2920578/69‑1 (MQ=255) ccTGCCGGGGATGATATGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCtgt > 1:5547/1‑71 (MQ=255) ccTGCAGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGAt > 1:1525154/1‑58 (MQ=255) gCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCtgttt < 1:1753348/70‑1 (MQ=255) gCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCtgttt < 1:3784738/70‑1 (MQ=255) gcGGGGATGATGTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGAttt < 1:1342292/55‑1 (MQ=255) ccGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCtgtttgt < 1:2643513/71‑1 (MQ=255) ccGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCtgtttgt > 1:2787022/1‑71 (MQ=255) ccGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCtgttt < 1:2164562/69‑1 (MQ=255) ggggATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcggtgcggtg < 1:3786238/46‑1 (MQ=255) ggggATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTgtttgttt < 1:3854765/71‑1 (MQ=255) gggATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTgtttgttt < 1:3092309/70‑1 (MQ=255) ggATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcggtgc < 1:1541613/40‑1 (MQ=255) ggATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCcggtgc < 1:2088594/40‑1 (MQ=255) atgatCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTAc < 1:61701/71‑1 (MQ=255) gatCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCtgtttgt < 1:3757285/63‑1 (MQ=255) cTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGcc > 1:1292221/1‑71 (MQ=255) gctgctCGCTGGGGGGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTg < 1:1496482/71‑1 (MQ=255) ctgctgGCGGGGGTCGTGCTGGCCGGTGCGGTTCAGGACTTTATGGTGCTGTTTATCTCCTCTCGCCGtaa < 1:1499100/71‑3 (MQ=255) ctgctCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGGGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGa < 1:541963/71‑1 (MQ=255) gctCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGAt < 1:3669093/37‑1 (MQ=255) gctCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCa < 1:3721454/41‑1 (MQ=255) gctCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCa < 1:1910038/41‑1 (MQ=255) ctCGCTGGGGTGGTTCTCGCCTGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTAc < 1:3927998/59‑1 (MQ=255) tCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATg > 1:3812814/1‑41 (MQ=255) tCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATg > 1:1995825/1‑41 (MQ=255) tCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCtgtttgt > 1:1666203/1‑52 (MQ=255) | GGTCCGCTGGTGGGGCCGGTACTGGCGGCGCAAATGGGCTACCTGCCGGGGATGATCTGGCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGA > minE/385088‑385218 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |