| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 385,217 | G→A | 8.3% | D143N (GAC→AAC) ‡ | cstA → | carbon starvation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 385,217 | 0 | G | A | 8.3% | 177.4 / 5.2 | 60 | D143N (GAC→AAC) ‡ | cstA | carbon starvation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (22/33); new base A (3/2); total (25/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.40e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.27e-01 | |||||||||||
GCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGG > minE/385147‑385283 | gctgctCGCTGGGGGGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTg < 1:1496482/71‑1 (MQ=255) ctgctCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGGGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGa < 1:541963/71‑1 (MQ=255) gCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGtc < 1:1018140/70‑1 (MQ=255) gCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGtc > 1:1387997/1‑70 (MQ=255) gggTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGtcgc‑tc < 1:3735801/70‑1 (MQ=255) gtggtTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTcgc‑tcgct < 1:2587752/71‑1 (MQ=255) ttCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGt < 1:1524803/59‑1 (MQ=255) ttCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTg < 1:2357919/68‑1 (MQ=255) ttCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGt < 1:1984576/71‑1 (MQ=255) ctcGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTggg > 1:223380/1‑68 (MQ=255) ctcGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGt > 1:2163028/1‑69 (MQ=255) ctcGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGt > 1:1782952/1‑69 (MQ=255) ctcGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGt > 1:1024244/1‑69 (MQ=255) ctcGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTg < 1:1044657/70‑1 (MQ=255) gCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGa < 1:3016120/68‑1 (MQ=255) gCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGa < 1:1010090/68‑1 (MQ=255) gCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGa < 1:1268447/68‑1 (MQ=255) ccGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTg > 1:1857168/1‑71 (MQ=255) cggtgcggtgCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTgg < 1:3503223/71‑1 (MQ=255) gtgcAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGtcgc‑tc < 1:73588/50‑1 (MQ=255) gcAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAaag > 1:3469037/1‑68 (MQ=255) cAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAagaaga < 1:3604802/71‑1 (MQ=255) cAGGACTTTATGGTGCTGTTTATCTCCTCTCGCCGTAATGG‑CGCATCTCTTGGTGAGATGATCAaagaa > 1:2566236/1‑69 (MQ=255) aTTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATg > 1:1667077/1‑71 (MQ=255) tttCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGTGCTGGTCAAAGAAGAGATgg > 1:2983340/1‑71 (MQ=255) tttCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATgg < 1:3428842/71‑1 (MQ=255) tttCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATgg < 1:2382705/71‑1 (MQ=255) tttCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATgg < 1:150903/71‑1 (MQ=255) tttCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATgg < 1:1753496/71‑1 (MQ=255) taTGGTGCTGTTTATCTCCTCTCGCCGTAATGG‑CGCATCTCTTGGTGAGATGATCAAAGAAGAGATgggac > 1:3188782/2‑69 (MQ=255) taTGGTGCTGTTTATCTCCTCTCGCCGTAATGG‑CGCATCTCTTGGTGAGATGATCAAAGAAGAGATgggac > 1:1700810/2‑69 (MQ=255) taTGGTGCTGTTTATCTCCTCTCGCCGTAATGG‑CGCATCTCTTGGTGAGATGATCAAAGAAGAGATggg < 1:122186/68‑1 (MQ=255) cATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGc > 1:724233/1‑71 (MQ=255) tGGTGCTGTTTATCTCCTCTCGCCGTAATGG‑CGCATCTCTTGGTGAGATGATCAAAGAAGAGATGGGAcc < 1:766422/70‑1 (MQ=255) tGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATgg < 1:2645659/63‑1 (MQ=255) tGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATg < 1:38885/62‑1 (MQ=255) cTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCTCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATg < 1:3191507/60‑1 (MQ=255) cTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATg < 1:3880871/60‑1 (MQ=255) cTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAAccgc > 1:1328731/1‑71 (MQ=255) tgtttgttTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAagaaga > 1:3225604/1‑55 (MQ=255) gtttgtttCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAAccgccg > 1:2727909/1‑71 (MQ=255) tttgtttCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAgaga > 1:737161/1‑55 (MQ=255) tttgtttCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATgg < 1:2236217/58‑1 (MQ=255) tttgtttCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAAccgcc < 1:3240845/69‑1 (MQ=255) tttgtttCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCgg < 1:1378872/71‑1 (MQ=255) tgtttCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATggg > 1:2850384/1‑57 (MQ=255) tgtttCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATggg > 1:3492533/1‑57 (MQ=255) tgtttCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCgggg > 1:1070097/1‑71 (MQ=255) tgtttCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCgggg > 1:3356221/1‑71 (MQ=255) tttCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGt < 1:3695223/70‑1 (MQ=255) tCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGAt < 1:729648/50‑1 (MQ=255) tCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCa > 1:2277568/1‑57 (MQ=255) tCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGa < 1:2329850/70‑1 (MQ=255) cTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTTGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGAtt > 1:1979833/1‑71 (MQ=255) cTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGAtt > 1:1375815/1‑71 (MQ=255) cTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGAtt > 1:2331255/1‑71 (MQ=255) cTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGAt < 1:3189982/70‑1 (MQ=255) aCGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATg < 1:851634/48‑1 (MQ=255) cgcgCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTgc < 1:548553/70‑1 (MQ=255) cgcgCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTgc < 1:1671666/70‑1 (MQ=255) ccGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCtgg < 1:1977237/71‑1 (MQ=255) gACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAgaga > 1:2444047/1‑37 (MQ=255) gACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGAt < 1:1411758/38‑1 (MQ=255) | GCTGCTCGCTGGGGTGGTTCTCGCCGGTGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGC‑TCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGG > minE/385147‑385283 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |