| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 385,798 | C→T | 20.6% | G336G (GGC→GGT) | cstA → | carbon starvation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 385,798 | 0 | C | T | 20.6% | 140.2 / 30.1 | 68 | G336G (GGC→GGT) | cstA | carbon starvation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (28/26); new base T (5/9); total (33/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.14e-01 | |||||||||||
TGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCATGCGCTGATCTCTTCTGGGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAG > minE/385729‑385867 | tGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGgc < 1:2818280/70‑1 (MQ=255) tCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGgcg < 1:3669996/69‑1 (MQ=255) gATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGgt < 1:1263698/71‑1 (MQ=255) gATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGgt > 1:3828734/1‑71 (MQ=255) gATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGgt > 1:1633742/1‑71 (MQ=255) aTGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGgtg < 1:3290708/71‑1 (MQ=255) aTGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGgtg > 1:2924510/1‑71 (MQ=255) aTGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGgt < 1:1309179/70‑1 (MQ=255) tGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGgtgt > 1:1491976/1‑71 (MQ=255) tGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGgtgt < 1:3877747/71‑1 (MQ=255) tGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGgtg > 1:1409432/1‑70 (MQ=255) ggCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGgtgt < 1:2279203/70‑1 (MQ=255) ggCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTc > 1:3515144/1‑71 (MQ=255) gCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCt < 1:2956593/71‑1 (MQ=255) cTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGc < 1:3521796/71‑1 (MQ=255) cTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGc < 1:526407/71‑1 (MQ=255) cTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGc > 1:3068148/1‑71 (MQ=255) cTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGc < 1:3075591/71‑1 (MQ=255) tGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCt > 1:404384/1‑71 (MQ=255) tGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCt > 1:2648686/1‑71 (MQ=255) tGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCt > 1:1436778/1‑71 (MQ=255) tGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCAGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGc < 1:503765/70‑1 (MQ=255) ggCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTg > 1:2341011/1‑67 (MQ=255) cccGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTc > 1:436300/1‑70 (MQ=255) ggTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCAGCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCATg > 1:3508245/1‑71 (MQ=255) tGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCATGCGCt < 1:1213685/71‑1 (MQ=255) ggACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCATGCGCt > 1:2096827/1‑70 (MQ=255) gACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTcc < 1:3007688/62‑1 (MQ=255) aCCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCATGCGCTGAt < 1:551934/71‑1 (MQ=255) ccGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCAt > 1:3712824/1‑62 (MQ=255) ggTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGgcg < 1:1831744/43‑1 (MQ=255) tAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGcgcg < 1:1872008/43‑1 (MQ=255) tAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCATGCGCTGATCtctt < 1:2811760/71‑1 (MQ=255) aaCCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCATGCGCTGATCtcttc > 1:589601/1‑71 (MQ=255) aaCCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCATGCGCTGATCtcttc > 1:1538696/1‑71 (MQ=255) aaCCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCATGCGCTGATCtcttc > 1:1879872/1‑71 (MQ=255) ttCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCATGCGCTGAt < 1:3291672/59‑1 (MQ=255) ttCCCGTTCCTGTTCATCACCATCGCCTGTGGTGCGGTATCTGGCTTCCACGCGCTGATCTCTTCCggta < 1:516376/70‑3 (MQ=255) tCCCGTTCATGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCATGCGCTGATCTCTTCTGGGAc > 1:2241936/1‑70 (MQ=255) ccGTTCCTGTTCATCACCATCGCCTGTGGTGCGGTATCTGGCTTCCACGCGCTGATCTCTTCCGGTAcga < 1:2624561/70‑3 (MQ=255) ccGTTCCTGTTCATCACCATCGCCTGTGGTGCGGTATCTGGCTTCCACGCGCTGATCTCTTCCGGTAcga < 1:198973/70‑3 (MQ=255) cGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCATGCGCTGATCTCTTCTGGGACCAc > 1:3610705/1‑70 (MQ=255) cGTTCCTGTTGATCACCATCGCCTGTGGTGCGGTATCTGGCTTCCACGCGCTGATCTCTTCCGGTacgacg > 1:3111843/1‑71 (MQ=255) ttCCTGTTCATCACCATCGCCTGTGGTGCGGTATCTGGCTTCCa > 1:3835678/1‑44 (MQ=38) ccTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTg > 1:2384902/1‑35 (MQ=255) cTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCATGCGCTGATCTCTTCTGGGACCAGGCCGaa < 1:513094/71‑1 (MQ=255) gTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCATGCGCTGAtctc > 1:2085774/1‑51 (MQ=255) gTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCATGCGCTGATCTCTTCTGGGACCACGCCg > 1:871837/1‑67 (MQ=255) gTTCATCACCATCGCCTGTGGTGCGGTATCTGGCTTCCac > 1:1267480/1‑39 (MQ=37) gTTCATCACCATCGCCTGTGGTGCGGTATCTGGCTTCCACGCGCTGATCTCTTCCGGTAcga < 1:345865/62‑3 (MQ=255) tttATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCATgca > 1:2946110/1‑41 (MQ=255) aTCACCATCGCCTGTGGTGCGGTATCTGGCTTCCACGCGCTGATCTCTTCCGGTACGACGCCAAAACTGCt < 1:2748866/71‑1 (MQ=255) aTCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCATGCGCTGATCTCTTCTGGGACCACGCCGAAGATGc < 1:3476404/70‑1 (MQ=255) aTCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCATGCGCTGATCTCTTCTGGGACCACGCCGAAGATGCt > 1:793095/1‑71 (MQ=255) tCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCATGCGCTGATCTCTTCTGGGACCACGCCGAAGATGCTg < 1:1647770/71‑1 (MQ=255) tCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCATGCGCTGATCTCTTCTGGGACCACGCCGAAGATGCTg < 1:652499/71‑1 (MQ=255) aCCATCGCCTGTGGTGCGGTATCTGGCTTCCACGCGCTGAt > 1:301806/1‑41 (MQ=255) ccATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCATGCGCTGATCTCTTCTGGGACCACGCCGAAGATGc < 1:3153357/66‑1 (MQ=255) cATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCATGCGGTGATCTCTTCTGGGACCACGc > 1:973459/1‑56 (MQ=255) aTCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCATGCGCTGATCTCTTCTGGGACCACGCCGAAGATGCTGGcgaa < 1:983120/71‑1 (MQ=255) aTCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCATGCGCTGATCTCTTCTGGGACCACGCCGAAGATGCTGGcgaa < 1:609374/71‑1 (MQ=255) tCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCATGCGCTGATCTCTTCTGGGACCACGCCGAAGATGCTGGcgaac > 1:3689463/1‑71 (MQ=255) gCCTGTGGTGCGGTATCTGGCTTCCACGCGCTGATCTCTTCCGGTACGACGCCAAAACTGCTGGctaatga < 1:2135801/71‑1 (MQ=255) gCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCATGCGCTGATCTCTTCTGGGACCACGCCGAAGATGCTGGcgaacga < 1:1849348/71‑1 (MQ=255) ccTGTGGTGCGGTATCTGGCTTCCACGCGCTGATCTCTTCCGGTACGACGCCAAAACTGCTGGctaatgaa < 1:2278416/71‑1 (MQ=255) ccTGTGGTGCGGTATCTGGCTTCCACGCGCTGATCTCTTCCGGTACGACGCCAAAACTGCTGGctaatgaa < 1:2030088/71‑1 (MQ=255) cTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCATGCGCTGATCTCTTCTGGGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAg > 1:2297925/1‑71 (MQ=255) cTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCATGCGCTGATCTCTTCTGGGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAg < 1:1613947/71‑1 (MQ=255) tgGTGCGGTATCTGGCTTCCACGCGCTGATCTCTTCCGGTACGACGCCAAAACTGCTGGctaatgaaacc > 1:3047714/1‑67 (MQ=255) tgGTGCGGTATCTGGCTTCCACGCGCTGATCTCTTCCGGTACGACGCCAAAACTGCTGGctaatgaaac < 1:3812158/69‑3 (MQ=255) tgGCGCGGTGTCTGGCTTCCATGCGCTGATCTCTTCTGGGACCACGc < 1:277114/47‑1 (MQ=255) tgGCGCGGTGTCTGGCTTCCATGCGCTGATCTCTTCTGGGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGc < 1:2970180/71‑1 (MQ=255) gcgcGGTGTCTGGCTTCCATGCGCTGATCTCTTCTGGGACCACGCCGAAGATGCTGGcga < 1:910831/60‑1 (MQ=255) gcgcGGTGTCTGGCTTCCATGCGCTGATCTCTTCTGGGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAg < 1:3158300/71‑1 (MQ=255) | TGTCGATGGCACTGGCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCATGCGCTGATCTCTTCTGGGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAG > minE/385729‑385867 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |