| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 385,888 | T→C | 8.8% | G366G (GGT→GGC) | cstA → | carbon starvation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 385,888 | 0 | T | C | 8.8% | 177.8 / 7.6 | 68 | G366G (GGT→GGC) | cstA | carbon starvation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/38); new base C (3/3); total (27/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.33e-01 | |||||||||||
GCTGATCTCTTCTGGGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCG > minE/385819‑385955 | gcTGATCTCTTCTGGGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTg < 1:3509131/71‑1 (MQ=255) cTGATCTCTTCTGGGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTgg > 1:3016323/1‑71 (MQ=255) cTGATCTCTTCTGGGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTgg < 1:1662811/71‑1 (MQ=255) cTGATCTCTTCTGGGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTg < 1:1583949/70‑1 (MQ=255) tGATCTCTTCTGGGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTgg > 1:374929/1‑70 (MQ=255) aTCTCTTCTGGGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTggg < 1:3076262/69‑1 (MQ=255) tctcTTCTGGGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTg > 1:696242/1‑66 (MQ=255) ttctGGGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTaa > 1:3139172/1‑71 (MQ=255) tctGGGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGt > 1:515839/1‑67 (MQ=255) ctGGGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATg > 1:2695806/1‑71 (MQ=255) gggACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATgg > 1:1923530/1‑70 (MQ=255) ggACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATgg < 1:2062311/69‑1 (MQ=255) ggACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGa < 1:3520558/70‑1 (MQ=255) cACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCt < 1:3416980/71‑1 (MQ=255) aCGCCGAAGATGGTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGa > 1:1521606/1‑55 (MQ=255) cGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTc > 1:424096/1‑71 (MQ=255) cGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTc > 1:2964384/1‑71 (MQ=255) ccGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGa < 1:46536/52‑1 (MQ=255) ccGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCg < 1:3240639/70‑1 (MQ=255) ccGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGt > 1:3810750/1‑71 (MQ=255) gAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATgg < 1:1053513/59‑1 (MQ=255) aGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGc > 1:961064/1‑70 (MQ=255) aGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCg < 1:1370659/71‑1 (MQ=255) gATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGa > 1:2975520/1‑71 (MQ=255) aTGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCtt < 1:2360372/62‑1 (MQ=255) gCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATgg < 1:1322370/53‑1 (MQ=255) cTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTa < 1:2590601/70‑1 (MQ=255) ggCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGAt < 1:1800736/42‑1 (MQ=255) ggCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATgg > 1:1670497/1‑71 (MQ=255) gCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGa < 1:3298039/40‑1 (MQ=255) cgaacgaaGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTa < 1:1533634/44‑1 (MQ=255) gaacgaaGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGgcgc < 1:1644782/71‑1 (MQ=255) gaacgaaGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGgcgc < 1:2362075/71‑1 (MQ=255) acgaaGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTg > 1:3691207/1‑71 (MQ=255) cgaaGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGAtt < 1:193480/61‑1 (MQ=255) cgaaGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTgg > 1:3753475/1‑71 (MQ=255) cgaaGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTgg < 1:3631336/71‑1 (MQ=255) cgaaGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTgg < 1:2101763/71‑1 (MQ=255) gaaGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTaa < 1:3488949/40‑1 (MQ=255) gaaGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGt < 1:74886/71‑1 (MQ=255) aaGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTAGTGTCGATTATGGCGCTGGtt < 1:803030/71‑1 (MQ=255) aGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGtt > 1:1577707/1‑70 (MQ=255) ggCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATgg > 1:2966414/1‑60 (MQ=255) gCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATgg < 1:1018107/38‑1 (MQ=255) gCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGAt < 1:1839821/54‑1 (MQ=255) gCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTcc < 1:3757929/70‑1 (MQ=255) cAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGc < 1:872134/71‑1 (MQ=255) cAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGc > 1:3611217/1‑71 (MQ=255) cAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGc < 1:3642744/71‑1 (MQ=255) tGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCtt < 1:1470265/38‑1 (MQ=255) tGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTat < 1:475505/71‑1 (MQ=255) cTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTatc > 1:1265994/1‑70 (MQ=255) tttATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGAt < 1:178905/44‑1 (MQ=255) tcaTCGGCTACGGCGCAATGCTGATGGAGTCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTGCTGCGTCCatcatc > 1:1675089/3‑71 (MQ=255) tATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTatcatc > 1:2580016/1‑70 (MQ=255) tATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTatcatc > 1:1590061/1‑70 (MQ=255) caTCGGCTACGGCGCAATGCTGATGGAGTCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTGCTGCGTCCatcatc < 1:2777135/69‑1 (MQ=255) caTCGGCTACGGCGCAATGCTGATGGAGTCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTGCTGCGTCCatcatc > 1:1201926/2‑70 (MQ=255) aTCGGCTACGGCGCAATGCTGATGGAGTCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTGCTGCGTCCATCATCGa < 1:1146750/71‑1 (MQ=255) tCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGa < 1:3352639/70‑1 (MQ=255) tCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGAt > 1:2968835/1‑71 (MQ=255) tCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTACGCCTGTATCATCGAt < 1:174871/71‑1 (MQ=255) cGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGAt < 1:1027440/70‑1 (MQ=255) ggCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATc < 1:2534966/70‑1 (MQ=255) ggCTACGGCGCAATGCTGATGGAGTCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTGCTGCGTCCATCATCGAAcc < 1:1272316/71‑1 (MQ=255) ggCTACGGCGCAATGCTGATGGAGTCCTTCGTGGAGATTATGGCGCTGGTTGCTGCGTCCATCATCGaac > 1:3782389/1‑68 (MQ=255) cTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCgg > 1:1846836/1‑71 (MQ=255) cGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCg < 1:2697598/71‑1 (MQ=255) | GCTGATCTCTTCTGGGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCG > minE/385819‑385955 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |