Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA minE 385,895 T→C 9.3% L369L (TTA→CTA) ‡ cstA → carbon starvation protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*minE385,8950TC 9.3% 165.4 / 7.5 64L369L (TTA→CTA) ‡cstAcarbon starvation protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (24/34);  new base C (3/3);  total (27/37)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.91e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.65e-01

TTCTGGGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTT  >  minE/385828‑385963
                                                                   |                                                                    
ttctGGGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTaa                                                                   >  1:3139172/1‑71 (MQ=255)
 tctGGGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGt                                                                      >  1:515839/1‑67 (MQ=255)
  ctGGGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATg                                                                 >  1:2695806/1‑71 (MQ=255)
    gggACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATgg                                                                >  1:1923530/1‑70 (MQ=255)
     ggACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATgg                                                                <  1:2062311/69‑1 (MQ=255)
     ggACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGa                                                               <  1:3520558/70‑1 (MQ=255)
         cACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCt                                                          <  1:3416980/71‑1 (MQ=255)
           cGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTc                                                        >  1:2964384/1‑71 (MQ=255)
           cGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTc                                                        >  1:424096/1‑71 (MQ=255)
             ccGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCg                                                       <  1:3240639/70‑1 (MQ=255)
             ccGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGt                                                      >  1:3810750/1‑71 (MQ=255)
               gAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATgg                                                                <  1:1053513/59‑1 (MQ=255)
                 aGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGc                                                   >  1:961064/1‑70 (MQ=255)
                 aGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCg                                                  <  1:1370659/71‑1 (MQ=255)
                  gATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGa                                                 >  1:2975520/1‑71 (MQ=255)
                   aTGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCtt                                                         <  1:2360372/62‑1 (MQ=255)
                     gCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATgg                                                                <  1:1322370/53‑1 (MQ=255)
                      cTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTa                                              <  1:2590601/70‑1 (MQ=255)
                        ggCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATgg                                           >  1:1670497/1‑71 (MQ=255)
                          cgaacgaaGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTa                                                                    <  1:1533634/44‑1 (MQ=255)
                           gaacgaaGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGgcgc                                        <  1:1644782/71‑1 (MQ=255)
                           gaacgaaGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGgcgc                                        <  1:2362075/71‑1 (MQ=255)
                             acgaaGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTg                                      >  1:3691207/1‑71 (MQ=255)
                              cgaaGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGAtt                                               <  1:193480/61‑1 (MQ=255)
                              cgaaGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTgg                                     <  1:2101763/71‑1 (MQ=255)
                              cgaaGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTgg                                     <  1:3631336/71‑1 (MQ=255)
                              cgaaGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTgg                                     >  1:3753475/1‑71 (MQ=255)
                               gaaGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTaa                                                                   <  1:3488949/40‑1 (MQ=255)
                               gaaGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGt                                    <  1:74886/71‑1 (MQ=255)
                                aaGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTAGTGTCGATTATGGCGCTGGtt                                   <  1:803030/71‑1 (MQ=255)
                                 aGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGtt                                   >  1:1577707/1‑70 (MQ=255)
                                   ggCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATgg                                           >  1:2966414/1‑60 (MQ=255)
                                    gCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATgg                                                                <  1:1018107/38‑1 (MQ=255)
                                    gCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGAt                                                <  1:1839821/54‑1 (MQ=255)
                                    gCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTcc                                <  1:3757929/70‑1 (MQ=255)
                                     cAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGc                              <  1:3642744/71‑1 (MQ=255)
                                     cAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGc                              >  1:3611217/1‑71 (MQ=255)
                                     cAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGc                              <  1:872134/71‑1 (MQ=255)
                                           tGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCtt                                                         <  1:1470265/38‑1 (MQ=255)
                                           tGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTat                        <  1:475505/71‑1 (MQ=255)
                                             cTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTatc                       >  1:1265994/1‑70 (MQ=255)
                                              tttATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGAt                                                <  1:178905/44‑1 (MQ=255)
                                               tcaTCGGCTACGGCGCAATGCTGATGGAGTCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTGCTGCGTCCatcatc                    >  1:1675089/3‑71 (MQ=255)
                                                tATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTatcatc                    >  1:1590061/1‑70 (MQ=255)
                                                tATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTatcatc                    >  1:2580016/1‑70 (MQ=255)
                                                caTCGGCTACGGCGCAATGCTGATGGAGTCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTGCTGCGTCCatcatc                    >  1:1201926/2‑70 (MQ=255)
                                                caTCGGCTACGGCGCAATGCTGATGGAGTCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTGCTGCGTCCatcatc                    <  1:2777135/69‑1 (MQ=255)
                                                 aTCGGCTACGGCGCAATGCTGATGGAGTCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTGCTGCGTCCATCATCGa                  <  1:1146750/71‑1 (MQ=255)
                                                  tCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGa                  <  1:3352639/70‑1 (MQ=255)
                                                  tCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGAt                 >  1:2968835/1‑71 (MQ=255)
                                                  tCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTACGCCTGTATCATCGAt                 <  1:174871/71‑1 (MQ=255)
                                                   cGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGAt                 <  1:1027440/70‑1 (MQ=255)
                                                    ggCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATc                <  1:2534966/70‑1 (MQ=255)
                                                    ggCTACGGCGCAATGCTGATGGAGTCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTGCTGCGTCCATCATCGAAcc               <  1:1272316/71‑1 (MQ=255)
                                                    ggCTACGGCGCAATGCTGATGGAGTCCTTCGTGGAGATTATGGCGCTGGTTGCTGCGTCCATCATCGaac                >  1:3782389/1‑68 (MQ=255)
                                                      cTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCgg             >  1:1846836/1‑71 (MQ=255)
                                                         cGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCg          <  1:2697598/71‑1 (MQ=255)
                                                              ggATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCgg             <  1:2117396/63‑1 (MQ=255)
                                                                aTGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTAttt   >  1:2733142/1‑71 (MQ=255)
                                                                 tGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGc                              >  1:918385/1‑43 (MQ=255)
                                                                 tGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTa                         >  1:324658/1‑48 (MQ=255)
                                                                 tGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTAtttt  <  1:3409863/71‑1 (MQ=255)
                                                                 tGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTCTCCGCCTGTATCATCGATcc               >  1:743209/1‑58 (MQ=255)
                                                                  gTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCggg            <  1:1559909/60‑1 (MQ=255)
                                                                  gTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTAttt   >  1:3677136/1‑69 (MQ=255)
                                                                   |                                                                    
TTCTGGGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTT  >  minE/385828‑385963

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: