| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 385,933 | C→T | 17.6% | S381S (TCC→TCT) ‡ | cstA → | carbon starvation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 385,933 | 0 | C | T | 17.6% | 153.1 / 24.3 | 68 | S381S (TCC→TCT) ‡ | cstA | carbon starvation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (29/27); new base T (7/5); total (36/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.36e-01 | |||||||||||
GCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGA > minE/385864‑386003 | gCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTcc < 1:3757929/70‑1 (MQ=255) cAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGc < 1:872134/71‑1 (MQ=255) cAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGc < 1:3642744/71‑1 (MQ=255) cAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGc > 1:3611217/1‑71 (MQ=255) tGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTat < 1:475505/71‑1 (MQ=255) cTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTatc > 1:1265994/1‑70 (MQ=255) tcaTCGGCTACGGCGCAATGCTGATGGAGTCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTGCTGCGTCCatcatc > 1:1675089/3‑71 (MQ=255) tATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTatcatc > 1:2580016/1‑70 (MQ=255) tATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTatcatc > 1:1590061/1‑70 (MQ=255) caTCGGCTACGGCGCAATGCTGATGGAGTCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTGCTGCGTCCatcatc > 1:1201926/2‑70 (MQ=255) caTCGGCTACGGCGCAATGCTGATGGAGTCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTGCTGCGTCCatcatc < 1:2777135/69‑1 (MQ=255) aTCGGCTACGGCGCAATGCTGATGGAGTCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTGCTGCGTCCATCATCGa < 1:1146750/71‑1 (MQ=255) tCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGa < 1:3352639/70‑1 (MQ=255) tCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGAt > 1:2968835/1‑71 (MQ=255) tCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTACGCCTGTATCATCGAt < 1:174871/71‑1 (MQ=255) cGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGAt < 1:1027440/70‑1 (MQ=255) ggCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATc < 1:2534966/70‑1 (MQ=255) ggCTACGGCGCAATGCTGATGGAGTCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTGCTGCGTCCATCATCGAAcc < 1:1272316/71‑1 (MQ=255) ggCTACGGCGCAATGCTGATGGAGTCCTTCGTGGAGATTATGGCGCTGGTTGCTGCGTCCATCATCGaac > 1:3782389/1‑68 (MQ=255) cTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCgg > 1:1846836/1‑71 (MQ=255) cGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCg < 1:2697598/71‑1 (MQ=255) ggATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCgg < 1:2117396/63‑1 (MQ=255) aTGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTAttt > 1:2733142/1‑71 (MQ=255) tGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGc > 1:918385/1‑43 (MQ=255) tGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTa > 1:324658/1‑48 (MQ=255) tGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTAtttt < 1:3409863/71‑1 (MQ=255) tGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTCTCCGCCTGTATCATCGATcc > 1:743209/1‑58 (MQ=255) gTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCggg < 1:1559909/60‑1 (MQ=255) gTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTAttt > 1:3677136/1‑69 (MQ=255) aaTGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTAttt > 1:617591/1‑66 (MQ=255) aaTGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTAttt < 1:1664047/66‑1 (MQ=255) aaTGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGcc > 1:406668/1‑70 (MQ=255) aTGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCAt > 1:2331529/1‑71 (MQ=255) tGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGc > 1:2330920/1‑56 (MQ=255) tGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATg < 1:1408146/71‑1 (MQ=255) tGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATg < 1:3649642/71‑1 (MQ=255) aaTCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGcc > 1:3215326/1‑35 (MQ=255) aaTCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGcc > 1:3150186/1‑35 (MQ=255) gtCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTGCTGCGTCCATCATCGAACCGGGTCTTTACTTCGCGATGAACa < 1:2450192/70‑1 (MQ=255) aTCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATg > 1:1329927/1‑67 (MQ=255) aTCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGa > 1:1494920/1‑68 (MQ=255) aTCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACa < 1:2018197/71‑1 (MQ=255) tCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGc > 1:3828925/1‑51 (MQ=255) tCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTg < 1:2107254/61‑1 (MQ=255) cTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGcc < 1:1425091/71‑1 (MQ=255) cTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTGCTGCGTCCATCATCGAACCGGGTCTTTACTTCGCGATGAACac > 1:2351686/1‑68 (MQ=255) tCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCgt > 1:3333672/1‑49 (MQ=255) tCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGccc > 1:1677542/1‑70 (MQ=255) cGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGccc < 1:3012109/69‑1 (MQ=255) cGTGGCGATTATGGCGCTGGTTGCTGCGTCCATCATCGAACCGGGTCTTTACTTCGCGATGAACACCCCgc > 1:3528104/1‑70 (MQ=255) gTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTAtt < 1:3694265/52‑1 (MQ=255) gTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATg < 1:3506746/60‑1 (MQ=255) ttATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGt > 1:3021694/1‑70 (MQ=255) ttATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGt > 1:2256305/1‑70 (MQ=255) ttATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTg < 1:14396/71‑1 (MQ=255) ttATGGCGCTGGTTGCTGCGTCCATCATCGAACCGGGTCTTTACTTCGCGATGaa > 1:1355696/1‑55 (MQ=255) ttATGGCGCTGGTTGCTGCGTCCATCATCGAACCGGGTCTTTACTTCGCGATGaa > 1:3722328/1‑55 (MQ=255) tATGGCGCTGGTTGCTGCGTCCATCATCGAACCGGGTCTTTACTTCGCGATGAAc < 1:2112680/55‑1 (MQ=255) aTGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCggg > 1:3884738/1‑35 (MQ=255) aTGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCggg > 1:808085/1‑35 (MQ=255) aTGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGa < 1:1431758/52‑1 (MQ=255) tGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGt < 1:2764697/67‑1 (MQ=255) cgcTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAGCAGCCCGATGGCGGTGCTGGCt < 1:724819/71‑1 (MQ=255) cgcTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCt < 1:449226/71‑1 (MQ=255) gcTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTc > 1:1405036/1‑71 (MQ=255) cTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATg < 1:110534/45‑1 (MQ=255) cTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCAAGAACAGcc > 1:2128327/1‑52 (MQ=255) gTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCgg < 1:3141410/70‑1 (MQ=255) tCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGcc > 1:1259441/1‑36 (MQ=255) ccGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGcc > 1:375767/1‑35 (MQ=255) ccGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAgg > 1:2988646/1‑70 (MQ=255) cGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAggg < 1:1597973/70‑1 (MQ=255) cGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGa > 1:3278000/1‑71 (MQ=255) cGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGa > 1:254284/1‑71 (MQ=255) | GCAGGCGTGCTTTATCGGCTACGGTGGGATGTTAATGGAATCCTTCGTGGCGATTATGGCGCTGGTTTCCGCCTGTATCATCGATCCGGGCGTGTATTTTGCCATGAACAGCCCGATGGCGGTGCTGGCTCCGGCAGGGA > minE/385864‑386003 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |