| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 386,427 | C→G | 8.3% | T546S (ACT→AGT) ‡ | cstA → | carbon starvation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 386,427 | 0 | C | G | 8.3% | 176.0 / 5.5 | 60 | T546S (ACT→AGT) ‡ | cstA | carbon starvation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (26/29); new base G (2/3); total (28/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.27e-01 | |||||||||||
GCTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTG > minE/386359‑386497 | gcTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACActc < 1:1992996/71‑1 (MQ=255) tgCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCtg < 1:218731/69‑1 (MQ=255) tgCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCtg < 1:1298947/69‑1 (MQ=255) cGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTgg < 1:3802474/70‑1 (MQ=255) cGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTgg < 1:2854286/70‑1 (MQ=255) tACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCg > 1:3546732/1‑71 (MQ=255) ggCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGt > 1:1572174/1‑71 (MQ=255) ggCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGt > 1:1556499/1‑71 (MQ=255) gCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGGGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGtt > 1:3860946/1‑71 (MQ=255) gCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGtt < 1:1008083/71‑1 (MQ=255) gCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGtt < 1:2578321/71‑1 (MQ=255) gCGGGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCtg < 1:2022494/60‑1 (MQ=255) gTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTg > 1:3422852/1‑71 (MQ=255) tGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTgg < 1:1384757/71‑1 (MQ=255) gggCTACTTCCTCCATCATGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGt < 1:697887/70‑1 (MQ=255) gggCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTa > 1:633637/1‑71 (MQ=255) gggCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCCGTGGCCGCTGtt < 1:42016/66‑1 (MQ=255) ggCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCtgtg > 1:90581/1‑56 (MQ=255) gCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTAtt < 1:1400524/71‑1 (MQ=255) tacttactCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGtt > 1:2705529/1‑62 (MQ=255) tACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGc > 1:1419834/1‑71 (MQ=255) aCTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCGGCTGTTTGGTATTGc > 1:149171/1‑70 (MQ=255) aCTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGc > 1:141739/1‑70 (MQ=255) aCTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGc > 1:3195728/1‑70 (MQ=255) cTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGcc > 1:1986492/1‑70 (MQ=255) ttCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCCGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCaa > 1:2960936/1‑71 (MQ=255) tcctccATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCaa > 1:2481852/1‑70 (MQ=255) ccATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAAc > 1:2955634/1‑67 (MQ=255) cATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGAt < 1:155986/71‑1 (MQ=255) aTCAGGGCGTGGTTGATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCGGTAtct > 1:3356265/1‑58 (MQ=255) aTCAGGGCGTGGTCGATCCGCTTGGCGGCATTAACAct < 1:1214192/38‑1 (MQ=255) aTCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATg < 1:665327/71‑1 (MQ=255) tCAGGGCGTGGTTGATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCGGTATCTCCAACCAGATg < 1:1210251/70‑1 (MQ=255) tCAGGGCGTGGTTGATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCGGTATCTCCAACCAGATGc > 1:2737037/1‑71 (MQ=255) tCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAAc > 1:2183047/1‑64 (MQ=255) tCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGc < 1:2140766/71‑1 (MQ=255) ggCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGc < 1:452322/71‑1 (MQ=255) gCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTgg < 1:2442816/49‑1 (MQ=255) gCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTgg < 1:3584432/49‑1 (MQ=255) gTGGTTGATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCGGTATCTCCAACCAGATGCt < 1:1683315/65‑1 (MQ=19) tGGTTGATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCGGTATCTCCaa < 1:2982150/55‑1 (MQ=16) tGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAg < 1:2971277/69‑1 (MQ=255) gTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGa < 1:1116822/70‑1 (MQ=255) tCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGGCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATg > 1:205137/1‑71 (MQ=255) tCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATg > 1:1063233/1‑71 (MQ=255) cGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCt < 1:773005/36‑1 (MQ=255) tCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGgcgc < 1:2405604/71‑1 (MQ=255) tCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGgcgc < 1:83250/71‑1 (MQ=255) ccGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCt > 1:3128460/1‑71 (MQ=255) cGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCt < 1:347877/70‑1 (MQ=255) ggcggcATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATg < 1:435572/69‑1 (MQ=255) ggcggcATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGc < 1:1447753/70‑1 (MQ=255) cggcATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGctct > 1:2905870/1‑71 (MQ=255) aTTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGAt > 1:961338/1‑53 (MQ=255) aTTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGa < 1:2797230/61‑1 (MQ=255) ttAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAAcc < 1:2049916/36‑1 (MQ=255) tAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCg > 1:362669/1‑71 (MQ=255) tAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCg > 1:2927949/1‑71 (MQ=255) aaCACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCgt > 1:3207140/1‑71 (MQ=255) aaCACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCgt > 1:1287479/1‑71 (MQ=255) aaCACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCg < 1:3513592/70‑1 (MQ=255) aaCACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCg < 1:85649/70‑1 (MQ=255) acacTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGctct > 1:3667578/1‑63 (MQ=255) acacTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGct < 1:1234567/61‑1 (MQ=255) acacTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCgt < 1:85950/70‑1 (MQ=255) ctctGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCgtggtg > 1:2255004/1‑71 (MQ=255) | GCTGTGCGTACTGGCGTGGGGCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTG > minE/386359‑386497 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |