| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 386,449 | T→C | 8.2% | I553I (ATT→ATC) | cstA → | carbon starvation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 386,449 | 0 | T | C | 8.2% | 201.8 / 7.8 | 74 | I553I (ATT→ATC) | cstA | carbon starvation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (29/38); new base C (3/3); total (33/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.43e-01 | |||||||||||
GCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGT > minE/386379‑386515 | gCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTAtt < 1:1400524/71‑1 (MQ=255) tACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGc > 1:1419834/1‑71 (MQ=255) aCTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCGGCTGTTTGGTATTGc > 1:149171/1‑70 (MQ=255) aCTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGc > 1:3195728/1‑70 (MQ=255) aCTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGc > 1:141739/1‑70 (MQ=255) cTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGcc > 1:1986492/1‑70 (MQ=255) ttCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCCGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCaa > 1:2960936/1‑71 (MQ=255) tcctccATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCaa > 1:2481852/1‑70 (MQ=255) ccATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAAc > 1:2955634/1‑67 (MQ=255) cATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGAt < 1:155986/71‑1 (MQ=255) aTCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATg < 1:665327/71‑1 (MQ=255) tCAGGGCGTGGTTGATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCGGTATCTCCAACCAGATg < 1:1210251/70‑1 (MQ=255) tCAGGGCGTGGTTGATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCGGTATCTCCAACCAGATGc > 1:2737037/1‑71 (MQ=255) tCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAAc > 1:2183047/1‑64 (MQ=255) tCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGc < 1:2140766/71‑1 (MQ=255) ggCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGc < 1:452322/71‑1 (MQ=255) gTGGTTGATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCGGTATCTCCAACCAGATGCt < 1:1683315/65‑1 (MQ=19) tGGTTGATCCGCTGGGCGGCGTTAAGAGCCTGTGGCCGCTGTTCGGTATCTCCaa < 1:2982150/55‑1 (MQ=16) tGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAg < 1:2971277/69‑1 (MQ=255) gTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGa < 1:1116822/70‑1 (MQ=255) tCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGGCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATg > 1:205137/1‑71 (MQ=255) tCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATg > 1:1063233/1‑71 (MQ=255) tCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGgcgc < 1:83250/71‑1 (MQ=255) tCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGgcgc < 1:2405604/71‑1 (MQ=255) ccGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCt > 1:3128460/1‑71 (MQ=255) cGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCt < 1:347877/70‑1 (MQ=255) ggcggcATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATg < 1:435572/69‑1 (MQ=255) ggcggcATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGc < 1:1447753/70‑1 (MQ=255) cggcATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGctct > 1:2905870/1‑71 (MQ=255) aTTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGAt > 1:961338/1‑53 (MQ=255) aTTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGa < 1:2797230/61‑1 (MQ=255) ttAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAAcc < 1:2049916/36‑1 (MQ=255) tAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCg > 1:362669/1‑71 (MQ=255) tAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCg > 1:2927949/1‑71 (MQ=255) aaCACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCgt > 1:3207140/1‑71 (MQ=255) aaCACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCgt > 1:1287479/1‑71 (MQ=255) aaCACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCg < 1:85649/70‑1 (MQ=255) aaCACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCg < 1:3513592/70‑1 (MQ=255) acacTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGctct > 1:3667578/1‑63 (MQ=255) acacTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGct < 1:1234567/61‑1 (MQ=255) acacTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCgt < 1:85950/70‑1 (MQ=255) ctctGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCgtggtg > 1:2255004/1‑71 (MQ=255) tctGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCgt < 1:3442788/66‑1 (MQ=255) tgtgGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGtgttg > 1:2659035/1‑71 (MQ=255) tgGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCgt < 1:2528438/62‑1 (MQ=255) tgGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGgtgt < 1:3673804/67‑1 (MQ=255) tgGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGgtgt < 1:775835/67‑1 (MQ=255) tgGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGtgtt < 1:2875487/68‑1 (MQ=255) gCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCgtg < 1:1757540/61‑1 (MQ=255) gCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCgtg < 1:371071/61‑1 (MQ=255) gCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCgtg < 1:3615884/61‑1 (MQ=255) gCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTc < 1:1704967/70‑1 (MQ=255) gCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTc < 1:1771749/70‑1 (MQ=255) gCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCa < 1:1116766/71‑1 (MQ=255) ccGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCaa < 1:73512/71‑1 (MQ=255) cGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAg < 1:3949117/71‑1 (MQ=255) atcTGGTTGGCAATACCAAACAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTc < 1:361100/66‑1 (MQ=25) cTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGAt < 1:2858353/71‑1 (MQ=255) cTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGAt > 1:2967973/1‑71 (MQ=255) tGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGAt > 1:1766780/1‑70 (MQ=255) tGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGAt > 1:3799247/1‑70 (MQ=255) gTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGtgttgt < 1:3794467/62‑1 (MQ=255) gTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCa > 1:2341087/1‑65 (MQ=255) tttGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGgcg < 1:252441/36‑1 (MQ=255) tttGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGa < 1:2426886/70‑1 (MQ=255) tttGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGa > 1:2812340/1‑70 (MQ=255) ttGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGaaa > 1:3664869/1‑71 (MQ=255) tGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGgtgt < 1:2283620/56‑1 (MQ=255) tGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGaaa > 1:2365144/1‑70 (MQ=255) tGGTATAGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAAc > 1:508265/1‑71 (MQ=255) cggTATCTCCAACCAGATGCTGGCAGCCGTAGCGCTGGTACTGGGCACCGTTGTGCTGATTAAGATGaagc > 1:3028141/2‑69 (MQ=255) cggTATCTCCAACCAGATGCTGGCAGCCGTAGCGCTGGTACTGGGCACCGTTGTGCTGATTAAGATGaagc > 1:2258643/2‑69 (MQ=255) ggTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCtg < 1:2734895/44‑1 (MQ=255) gTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAAc < 1:3522920/69‑1 (MQ=255) gTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGt > 1:2154366/1‑71 (MQ=255) | GCTACTTCCTCCATCAGGGCGTGGTCGATCCGCTGGGCGGCATTAACACTCTGTGGCCGCTGTTTGGTATTGCCAACCAGATGCTGGCAGGGATGGCGCTGATGCTCTGTGCCGTGGTGTTGTTCAAGATGAAACGT > minE/386379‑386515 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |