| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 509,855 | G→C | 17.1% | intergenic (+80/‑103) | ybhI → / → ybhJ | predicted transporter/predicted hydratase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 509,855 | 0 | G | C | 17.1% | 159.5 / 23.4 | 70 | intergenic (+80/‑103) | ybhI/ybhJ | predicted transporter/predicted hydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (29/29); new base C (5/7); total (34/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCATTTATTATCTTTCTGCG > minE/509796‑509924 | gTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGc < 1:2118499/71‑1 (MQ=32) ttGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCt > 1:768787/1‑71 (MQ=34) cATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTg < 1:1252154/70‑1 (MQ=35) cATGTACTGCGACTGCGTTCGTTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTg > 1:3439886/1‑70 (MQ=11) tgtgCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCg > 1:3436531/1‑71 (MQ=34) gtgCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGc > 1:519469/1‑71 (MQ=34) gtgCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGc > 1:3407771/1‑71 (MQ=34) tgctgcGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGc < 1:3340754/70‑1 (MQ=35) cgtctgcgtTCGATCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCt > 1:2750618/1‑71 (MQ=21) cgactgcgtTCGTTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCGCCTTcc < 1:2186773/67‑1 (MQ=11) ctgcgtTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCt > 1:2253147/1‑68 (MQ=35) cgtTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAAc < 1:3758284/70‑1 (MQ=35) cgtTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAAc < 1:1689517/70‑1 (MQ=35) cgtTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACt > 1:2045890/1‑71 (MQ=34) cgtTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACt < 1:300831/71‑1 (MQ=34) gttcgttcACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCt > 1:1788449/1‑64 (MQ=255) ttCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCg < 1:605815/71‑1 (MQ=34) cGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGaa > 1:1102913/1‑71 (MQ=34) cGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGa < 1:960094/70‑1 (MQ=35) cGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTAGGGATTCACTCGCTTGTTGCCTTCCTGCAACTCGaa > 1:1043023/1‑71 (MQ=255) gCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTg > 1:2918170/1‑61 (MQ=35) cTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAat > 1:372160/1‑70 (MQ=35) tCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCGCCt > 1:1256930/1‑54 (MQ=255) cACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAattat > 1:3248821/1‑71 (MQ=21) cACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAattat > 1:1204477/1‑71 (MQ=21) aCCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAtttatt > 1:1182342/1‑71 (MQ=21) aCCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAattatt > 1:3576962/1‑71 (MQ=34) aCCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAattatt < 1:1659341/71‑1 (MQ=34) aCCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAattatt > 1:2983430/1‑71 (MQ=34) ccAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGc > 1:2065797/1‑55 (MQ=35) ccAGTCACTTACTTATCTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTc < 1:1949040/45‑1 (MQ=11) cAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGc < 1:3235645/54‑1 (MQ=35) cAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTa > 1:3944447/1‑69 (MQ=35) cAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCTAAATAATTcga < 1:1050222/71‑1 (MQ=11) cAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCTAAATAATTcga < 1:1741313/71‑1 (MQ=11) gTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTagag > 1:3681411/1‑70 (MQ=35) gTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGt < 1:1976671/71‑1 (MQ=34) gTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGt < 1:2555854/71‑1 (MQ=34) gTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGt < 1:3722051/71‑1 (MQ=34) gTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGt < 1:392291/71‑1 (MQ=34) tCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGta < 1:1577900/71‑1 (MQ=34) tCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCGCCt < 1:2194592/45‑1 (MQ=255) acttacttATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCg > 1:2376602/1‑55 (MQ=35) acttacttATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCTAAATAATTCGAGttg < 1:2606685/70‑3 (MQ=11) acttacttATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGtat < 1:2199608/70‑1 (MQ=35) ttacttaTGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCt < 1:2020651/41‑1 (MQ=38) ttacttaTGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGtatgac > 1:1867474/1‑68 (MQ=14) acttaTGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCaa > 1:2455729/1‑47 (MQ=38) acttaTGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAatt < 1:3500954/55‑1 (MQ=255) acttaTGTAAGCTCCTGGCGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAatt < 1:1572313/55‑1 (MQ=255) cttaTGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCAt < 1:523656/71‑1 (MQ=255) ttaTGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTcc < 1:3739067/40‑1 (MQ=40) ttaTGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCg < 1:2876334/49‑1 (MQ=38) ttaTGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCg < 1:1309146/49‑1 (MQ=38) ttaTGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAat > 1:1601487/1‑52 (MQ=35) ttaTGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAat > 1:863171/1‑52 (MQ=35) ttaTGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGtatg < 1:874342/65‑2 (MQ=18) aTGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTa > 1:1998904/1‑56 (MQ=35) aTGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCAtt < 1:3002991/69‑1 (MQ=255) tGTAAGCTCCTGGGGATTCCCTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCATttat > 1:2937211/1‑71 (MQ=255) tGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCATtta < 1:3422216/70‑1 (MQ=255) gTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGa > 1:2750880/1‑46 (MQ=38) gTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAatt < 1:3473125/49‑1 (MQ=38) aaGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAattat > 1:1353254/1‑49 (MQ=38) aGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCATTTATTATc > 1:235114/1‑71 (MQ=255) aGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCATTTATTATc > 1:2556497/1‑71 (MQ=255) gCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTc < 1:685103/40‑1 (MQ=40) tCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTa < 1:2135328/48‑1 (MQ=38) cTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCATTTATTATCttt < 1:2486503/69‑1 (MQ=255) cTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCATTTATTATCTTTCt > 1:1632051/1‑71 (MQ=255) ggggATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCATTTATTATCTTTCTgc > 1:3340598/1‑71 (MQ=255) gggATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTAttt > 1:3160481/1‑42 (MQ=38) gggATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCATTTATTATCTTTCTgcg > 1:3105917/1‑71 (MQ=255) gggATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCATTTATTATCTTTCTgcg < 1:2664343/71‑1 (MQ=255) | GTTGCATGTGCTGCGTCTGCGTTCGCTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGATTCACTCGCTTGTCGCCTTCCTGCAACTCGAATTATTTAGAGTATATCCATTTATTATCTTTCTGCG > minE/509796‑509924 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |