| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 574,465 | G→A | 36.3% | E432K (GAA→AAA) | ybjD → | conserved hypothetical protein with nucleoside triphosphate hydrolase domain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 574,465 | 0 | G | A | 36.3% | 51.1 / 48.8 | 55 | E432K (GAA→AAA) | ybjD | conserved hypothetical protein with nucleoside triphosphate hydrolase domain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (15/20); new base A (8/12); total (23/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GATCAAGGTCATTGAGTTTGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGCCTG > minE/574395‑574530 | gATCAAGGTCATTGAGTTTGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCAATGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTg < 1:1515108/71‑1 (MQ=255) aGGTCATTGAGTTTGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATgg < 1:3523731/71‑1 (MQ=255) ggTCATTGAGTTTGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATgg > 1:698863/1‑70 (MQ=255) ttGAGTTTGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTAAATGGCATGTa < 1:124129/71‑1 (MQ=255) tGAGTTTGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTAAATGGCATGTAc > 1:2141388/1‑71 (MQ=255) gAGTTTGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACt > 1:2258446/1‑71 (MQ=255) gAGTTTGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTAAATGGCATGTAc < 1:656382/70‑1 (MQ=255) gAGTTTGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTAAATGGCATGTAc < 1:651824/70‑1 (MQ=255) cccAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGa < 1:38580/70‑1 (MQ=255) aGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGc > 1:1139701/1‑71 (MQ=255) cGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATg < 1:3531743/71‑1 (MQ=255) cGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGAt < 1:1544900/70‑1 (MQ=255) gggCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTc < 1:3080637/60‑1 (MQ=255) gggCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGa < 1:2123847/71‑1 (MQ=255) cTAAATCCACTGGTTAAATTTGACAGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTc < 1:808063/57‑1 (MQ=255) cTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAg > 1:519506/1‑70 (MQ=255) aaGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTg < 1:1331067/37‑1 (MQ=255) aaGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTAAATGGCATGTAc > 1:2925829/1‑49 (MQ=255) aaGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAgg > 1:2662247/1‑71 (MQ=255) aaGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAgg < 1:2365277/71‑1 (MQ=255) aaGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAgg < 1:2770487/71‑1 (MQ=255) aGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAgg > 1:969877/1‑70 (MQ=255) gCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAgg < 1:3573114/69‑1 (MQ=255) aCTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGgaaga < 1:2375141/71‑1 (MQ=255) aCTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGgaaga < 1:516182/71‑1 (MQ=255) aCTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGgaaga < 1:735430/71‑1 (MQ=255) aCTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGgaaga < 1:75837/71‑1 (MQ=255) tGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATg < 1:1135438/57‑1 (MQ=255) ggTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGaaa > 1:754621/1‑70 (MQ=255) gTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAata < 1:3827394/71‑1 (MQ=255) gTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAata < 1:1732701/71‑1 (MQ=255) ttAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATg < 1:825506/48‑1 (MQ=255) ttAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATg < 1:543811/48‑1 (MQ=255) tAAATTTGCCCGCCGAATGGGTATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATg > 1:674153/1‑71 (MQ=255) tAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTAGATg < 1:2284198/47‑1 (MQ=255) tAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATg > 1:2257903/1‑71 (MQ=255) aaTTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAg > 1:2867640/1‑54 (MQ=255) aTTTGCCCGCCGAATGGGGATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCg > 1:102586/1‑71 (MQ=255) ttGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTgg > 1:3184353/1‑36 (MQ=255) tGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTa > 1:3020665/1‑71 (MQ=255) gCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTa < 1:3589013/70‑1 (MQ=255) cgccgAATGGGGATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACgg > 1:1924007/1‑70 (MQ=255) gccgAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTa > 1:292430/1‑71 (MQ=255) gccgAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTa > 1:1267155/1‑71 (MQ=255) gccgAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTa > 1:2767917/1‑71 (MQ=255) gccgAATGGGGATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTa < 1:1850868/71‑1 (MQ=255) gccgAATGGGGATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTa < 1:1855320/71‑1 (MQ=255) aTGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCa > 1:737072/1‑70 (MQ=255) aTGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAg > 1:1185672/1‑71 (MQ=255) ggggATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAg < 1:257246/41‑1 (MQ=255) gggATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGgaa > 1:1761425/1‑44 (MQ=255) gggATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGgaa > 1:332432/1‑44 (MQ=255) gggATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGCCt < 1:3627860/71‑1 (MQ=255) gggATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGCCt < 1:22718/71‑1 (MQ=255) gggATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGCCt < 1:1146562/71‑1 (MQ=255) gggATTAAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGCCt < 1:1141905/71‑1 (MQ=255) ggATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGCCTg < 1:537818/71‑1 (MQ=255) | GATCAAGGTCATTGAGTTTGCCCAGTCCGGGCTAAAGCCACTGGTTAAATTTGCCCGCCGAATGGGGATTGAATGGCATGTACTGGTCGATGGCGATGAAGCAGGGAAGAAATATGCCGCTACGGTACGCAGCCTG > minE/574395‑574530 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |