| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 820,928 | T→A | 5.7% | F184I (TTC→ATC) | kdsA → | 3‑deoxy‑D‑manno‑octulosonate 8‑phosphate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 820,928 | 0 | T | A | 5.7% | 194.6 / 2.3 | 69 | F184I (TTC→ATC) | kdsA | 3‑deoxy‑D‑manno‑octulosonate 8‑phosphate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (35/30); new base A (2/2); total (37/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AAAAGTGATTCTTTGCGATCGCGGTGCTAACTTCGGCTATGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTCGACGTGACCCACGCACTGCAATGC > minE/820861‑820996 | aaaaGTGATTCTTTGCGATCGCGGTGCTAACTTCGGCTATGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCtt > 1:3271520/1‑69 (MQ=255)aaaaGTGATTCTTTGCGATCGCGGTGCTAACTTCGGCTATGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCtt > 1:2722103/1‑69 (MQ=255) tGATTCTTTGCGATCGCGGTGCTAACTTCGGCTATGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCa > 1:874351/1‑69 (MQ=255) aTTCTTTGCGATCGCGGTGCTAACTTCGGCTATGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTAt < 1:2553027/71‑1 (MQ=255) aTTCTTTGCGATCGCGGTGCTAACTTCGGCTATGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTAt < 1:3625372/71‑1 (MQ=255) aTTCTTTGCGATCGCGGTGCTAACTTCGGCTATGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTAt < 1:1570358/71‑1 (MQ=255) aTTCTTTGCGATCGCGGTGCTAACTTCGGCTATGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTAt < 1:1575412/71‑1 (MQ=255) ttCTTTGCGATCGCGGTGCTAACTTCGGCTATGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCtt < 1:2026882/61‑1 (MQ=255) ttCTTTGCGATCGCGGTGCTAACTTCGGCTATGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCtt < 1:3752762/61‑1 (MQ=255) ttCTTTGCGATCGCGGTGCTAACTTCGGCTATGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTAt > 1:533861/1‑70 (MQ=255) tCTTTGCGATCGCGGTGCTAACTTCGGCTATGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATg > 1:2605735/1‑70 (MQ=255) tCTTTGCGATCGCGGTGCTAACTTCGGCTATGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATg > 1:3571197/1‑70 (MQ=255) tCTTTGCGATCGCGGTGCTAACTTCGGCTATGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATg > 1:1214956/1‑70 (MQ=255) tttGCGATCGCGGTGCTAACTTCGGCTATGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTa > 1:3013007/1‑66 (MQ=255) tttGCGATCGCGGTGCTAACTTCGGCTATGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTAt < 1:3055335/67‑1 (MQ=255) tttGCGATCGCGGTGCTAACTTCGGCTATGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATg > 1:2226905/1‑68 (MQ=255) tGCGATCGCGGTGCTAACTTCGGCTATGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATgaaga > 1:2191596/1‑70 (MQ=255) cgcgGTGCTAACTTCGGCTATGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCa < 1:2656334/55‑1 (MQ=255) cgcgGTGCTAACTTCGGCTATGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTc > 1:1467413/1‑71 (MQ=255) gcgGTGCTAACTTCGGCTATGTCAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCt < 1:2359010/71‑1 (MQ=255) gcgGTGCTAACTTCGGCTATGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGaaa < 1:2947995/65‑1 (MQ=255) tGCTAACTTCGGCTATGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCAt < 1:2897239/51‑1 (MQ=255) tGCTAACTTCGGCTATGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTGCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTgg < 1:2355973/69‑1 (MQ=255) cTAACTTCGGCTATGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGc < 1:3785549/47‑1 (MQ=255) cTAACTTCGGCTATGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTaa < 1:1836908/70‑1 (MQ=255) cTAACTTCGGCTATGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAAc < 1:2990559/71‑1 (MQ=255) cTAACTTCGGCTATGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAAc > 1:3226042/1‑71 (MQ=255) aaCTTCGGCTATGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATga > 1:194055/1‑52 (MQ=255) aaCTTCGGCTATGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAg > 1:397311/1‑58 (MQ=255) aaCTTCGGCTATGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACt > 1:3822407/1‑70 (MQ=255) aaCTTCGGCTATGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTc > 1:2592798/1‑71 (MQ=255) aCTTCGGCTATGACAACCTGGTTGTCGATAGGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCg > 1:1385213/1‑71 (MQ=255) cTTCGGCTATGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATgaagaa > 1:3119050/1‑54 (MQ=255) tCGGCTATGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAg > 1:2476676/1‑40 (MQ=255) tCGGCTATGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATgaaga > 1:680650/1‑51 (MQ=255) cGGCTATGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAgtg > 1:312151/1‑55 (MQ=255) tGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCg > 1:3165999/1‑64 (MQ=255) tGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGAttt > 1:125079/1‑71 (MQ=255) tGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGAt < 1:2144629/69‑1 (MQ=255) gACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGAtttt > 1:2015910/1‑71 (MQ=255) aCAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCAtt > 1:1742123/1‑35 (MQ=255) aCAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATgaagaa > 1:3053191/1‑43 (MQ=255) aCAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGc < 1:3521014/60‑1 (MQ=255) aCAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCATCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTc > 1:46138/1‑71 (MQ=255) aCAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCATCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTc > 1:853330/1‑71 (MQ=255) cAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGAttt > 1:1936069/1‑68 (MQ=255) cAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTc > 1:3309116/1‑70 (MQ=255) cAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTCg < 1:3576037/71‑1 (MQ=255) aaCCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCg > 1:434894/1‑60 (MQ=255) ccTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGAt > 1:1912488/1‑63 (MQ=255) ccTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTCGACg < 1:1991800/71‑1 (MQ=255) cTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTCGACGt < 1:1262406/71‑1 (MQ=255) cTGGTTGTCCATATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAgt < 1:1511491/41‑1 (MQ=255) ggTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTCGACGTGa > 1:297418/1‑71 (MQ=255) gTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTCGACGTg < 1:1917170/69‑1 (MQ=255) ttGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTCGACGTGAcc < 1:1501114/71‑1 (MQ=255) gTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGAtt > 1:2159580/1‑57 (MQ=255) tCGATATGCTGGGCATCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTCGACGTGACCCAc < 1:956787/71‑1 (MQ=255) tCGATATGCTGGGCATCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTCGACGTGACCCAc < 1:1594885/71‑1 (MQ=255) atatGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTCGACGTGACCCACGc < 1:3343020/70‑1 (MQ=255) tatGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTCGACg > 1:3812490/1‑59 (MQ=255) tatGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTCGACGTGACCCACGCAc > 1:3716975/1‑71 (MQ=255) gCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTa < 1:3765702/35‑1 (MQ=255) gCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTa < 1:825301/35‑1 (MQ=255) cTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTCGACGTGACCCACGCACTGc > 1:3803832/1‑70 (MQ=255) cTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTCGACGTGACCCACGCACTGc < 1:273823/70‑1 (MQ=255) tGGGCTTCAGCATTATGAATAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGt < 1:2296005/43‑1 (MQ=255) tGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTCGACGt < 1:90587/55‑1 (MQ=255) tGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTCGACGt < 1:1302255/55‑1 (MQ=255) gggCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGACGGTGATTTTCGACGTGACCCACGCACTGCa > 1:2782336/1‑69 (MQ=255) ggCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTCGACGTGACCCACg > 1:1531899/1‑61 (MQ=255) ggCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTCGACGTGACCCACGCACTGCAATg < 1:613380/71‑1 (MQ=255) gCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTCGACGTGACCCACGCACTGCAATGc < 1:1631499/71‑1 (MQ=255) | AAAAGTGATTCTTTGCGATCGCGGTGCTAACTTCGGCTATGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTCGACGTGACCCACGCACTGCAATGC > minE/820861‑820996 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |