| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 832,124 | A→G | 15.3% | A194A (GCA→GCG) | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 832,124 | 0 | A | G | 15.3% | 204.5 / 26.5 | 86 | A194A (GCA→GCG) | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (39/33); new base G (3/10); total (42/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.79e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCATCTAACGTTTACACCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTT > minE/832056‑832192 | gcATCTAACGTTTACACCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAAt < 1:2560064/71‑1 (MQ=255)gcATCTAACGTTTACACCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAAt < 1:2572548/71‑1 (MQ=255) cATCTAACGTTTACACCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATg > 1:3678561/1‑71 (MQ=255) cgcTAACGTCTGGACCATCAAAACCTACGGCCCGGATCGCGTTGCCGGTTTCTCGCCGATCCCGGCGATGt < 1:3671646/69‑1 (MQ=255) cgcTAACGTCTGGACCATCAAAACCTACGGCCCGGATCGCGTTGCCGGTTTCTCGCCGATCCCGGCGATGt < 1:636593/69‑1 (MQ=255) cTAACGTTTACACCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTc > 1:3169106/1‑70 (MQ=255) aCGTTTACACCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCg < 1:3300731/68‑1 (MQ=255) ttACACCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGtt > 1:1988771/1‑70 (MQ=255) tACACCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGttt < 1:866329/70‑1 (MQ=255) tACACCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTc > 1:3519133/1‑71 (MQ=255) gacCATCAAAACTTACGGCCCGGATCGCGTTGCCGGTTTCTCGCCGATCCCGGCGATGTCGATGGttt < 1:2066270/67‑1 (MQ=255) gacCATCAAAACCTACGGCCCGGATCGCGTTGCCGGTTTCTCGCCGATCCCGGCGATGTCGATGGTTTCtt < 1:1990199/70‑1 (MQ=255) cacCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCtt < 1:1292348/71‑1 (MQ=255) acCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCt < 1:3504019/69‑1 (MQ=255) acCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTa > 1:3564092/1‑71 (MQ=255) ccATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTAc < 1:3482110/71‑1 (MQ=255) cATCAAAACCTACGGCCCGGATCGCGTTGCCGGTTTCTCGCCGATCCCGGCGATGTCGATGGTTTCTTACg < 1:2068268/71‑1 (MQ=255) aaaacCTACGGCCCGGATCGCGTTGCCGGTTTCTCGCCGATCCCGGCGATGTCGATGGTTTCTTACGccg < 1:757389/70‑3 (MQ=255) aaaCTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCaa > 1:2802201/1‑47 (MQ=255) aaaCTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCaa > 1:2730605/1‑47 (MQ=255) aaaCTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCgg < 1:3312136/71‑1 (MQ=255) aaaCTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTATCGCCAATTCCGGCaa > 1:942336/1‑47 (MQ=255) aaCTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCggg < 1:3059410/71‑1 (MQ=255) aaCTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCgg > 1:371405/1‑70 (MQ=255) cTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCtt < 1:2516922/59‑1 (MQ=255) aCGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTa > 1:204929/1‑58 (MQ=255) cGGCCCGGATCGCGTTGCCGGTTTCTCGCCGATCCCGGCGATGTCGATGGtt > 1:1641533/1‑52 (MQ=255) cGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCa < 1:1010444/70‑1 (MQ=255) ggCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGa > 1:3263008/1‑46 (MQ=255) ggCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGa > 1:2791558/1‑46 (MQ=255) gCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGtt < 1:2548387/50‑1 (MQ=255) ccGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTa > 1:436276/1‑71 (MQ=255) ggACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTAtc > 1:3637623/1‑71 (MQ=255) ggACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTAtc > 1:616363/1‑71 (MQ=255) gACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTc < 1:2185862/38‑1 (MQ=255) gACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATgg > 1:1314347/1‑43 (MQ=255) gACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATg < 1:2907780/42‑1 (MQ=255) gACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATg < 1:954096/42‑1 (MQ=255) gACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATg < 1:1062666/42‑1 (MQ=255) gACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTAtct < 1:1066680/71‑1 (MQ=255) gACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTAtct < 1:1695461/71‑1 (MQ=255) aCCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTAtctc < 1:14805/71‑1 (MQ=255) cGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTAtctctc < 1:1882145/71‑1 (MQ=255) gtTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTAt > 1:2504553/1‑63 (MQ=255) ttGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCt > 1:1338445/1‑70 (MQ=255) ttGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCt > 1:1370585/1‑70 (MQ=255) ttGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCt > 1:3640714/1‑70 (MQ=255) ttGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCAAGCTATCTCTCGCt > 1:3011493/1‑70 (MQ=255) tGCCGGTTTCTCGCCGATCCCGGCGATGTCGATGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTgc > 1:1516964/1‑70 (MQ=255) gCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGAt > 1:3524794/1‑71 (MQ=255) ccggTTTCTCGCCGATCCCGGCTATGTCGATGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTGCtt < 1:1692044/69‑1 (MQ=255) cTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGAtt < 1:276185/71‑1 (MQ=255) cTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGAt < 1:3205353/70‑1 (MQ=255) cggTTTCTCGCCGATCCCGGCGATGTCGATGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTGCTTg < 1:1763539/70‑1 (MQ=255) gTTTCTCGCCGATCCCGGCGATGTCGATGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTGCTTGGc < 1:1921210/71‑1 (MQ=255) gTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGa > 1:1134028/1‑66 (MQ=255) gTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGa > 1:688888/1‑66 (MQ=255) gTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGc < 1:3392997/71‑1 (MQ=255) tttCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTa > 1:118393/1‑36 (MQ=255) ttCTCGCCGATCCCGGCGATGTCGATGGTTTCTTa > 1:2212534/1‑35 (MQ=25) tctcGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGATATCTCTCGCTGATTGGCgg > 1:503240/1‑70 (MQ=255) ctcGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTa > 1:34490/1‑71 (MQ=255) gCCGATCCCGGCGATGTCGATGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTGCTTGGCGGCAcct < 1:2778830/71‑3 (MQ=255) gCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTg < 1:609973/41‑1 (MQ=255) gCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTa > 1:3001070/1‑48 (MQ=255) gCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGa > 1:754515/1‑59 (MQ=255) gCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTAc > 1:1179512/1‑69 (MQ=255) gCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTAc > 1:3864520/1‑69 (MQ=255) gCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACtt < 1:3831561/71‑1 (MQ=255) gCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACtt > 1:2991987/1‑71 (MQ=255) gCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACtt < 1:604534/71‑1 (MQ=255) gCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACtt < 1:741763/71‑1 (MQ=255) ccAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTg > 1:2483212/1‑71 (MQ=255) cAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGc < 1:3323066/71‑1 (MQ=255) cAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGc > 1:3388541/1‑71 (MQ=255) aaTTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTgg > 1:3641737/1‑60 (MQ=255) aaTTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCt > 1:1457850/1‑71 (MQ=255) ttCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCt > 1:3323626/1‑69 (MQ=255) ttCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGAGGTACTTGCtt > 1:3808029/1‑70 (MQ=255) tCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTAt > 1:1182559/1‑43 (MQ=255) tCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCtt > 1:2817410/1‑69 (MQ=255) cGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTAc < 1:3705275/61‑1 (MQ=255) cGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAg < 1:2844012/70‑1 (MQ=255) ggCGATGTCGATGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTGCTTGGCGGCACCTGTTTAAgtt < 1:2549326/71‑3 (MQ=255) ggCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTAt < 1:878847/40‑1 (MQ=255) gCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACtt < 1:3367791/61‑1 (MQ=255) gCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACtt < 1:2404714/61‑1 (MQ=255) gCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCtt > 1:2286859/1‑71 (MQ=255) cAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCtt > 1:3806575/1‑70 (MQ=255) aaTGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTgg > 1:816553/1‑60 (MQ=255) | GCATCTAACGTTTACACCATCAAAAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTT > minE/832056‑832192 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |