| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 832,148 | G→C | 12.3% | S202S (TCG→TCC) ‡ | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 832,148 | 0 | G | C | 12.3% | 208.7 / 18.2 | 81 | S202S (TCG→TCC) ‡ | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (39/32); new base C (4/6); total (43/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.69e-01 | |||||||||||
AAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGCCTC > minE/832079‑832218 | aaaCTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCgg < 1:3312136/71‑1 (MQ=255) aaCTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCggg < 1:3059410/71‑1 (MQ=255) aaCTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCgg > 1:371405/1‑70 (MQ=255) cGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCa < 1:1010444/70‑1 (MQ=255) ccGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTa > 1:436276/1‑71 (MQ=255) ggACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTAtc > 1:3637623/1‑71 (MQ=255) ggACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTAtc > 1:616363/1‑71 (MQ=255) gACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTAtct < 1:1066680/71‑1 (MQ=255) gACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTAtct < 1:1695461/71‑1 (MQ=255) aCCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTAtctc < 1:14805/71‑1 (MQ=255) cGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTAtctctc < 1:1882145/71‑1 (MQ=255) gtTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTAt > 1:2504553/1‑63 (MQ=255) ttGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCt > 1:1338445/1‑70 (MQ=255) ttGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCt > 1:1370585/1‑70 (MQ=255) ttGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCt > 1:3640714/1‑70 (MQ=255) ttGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCAAGCTATCTCTCGCt > 1:3011493/1‑70 (MQ=255) tGCCGGTTTCTCGCCGATCCCGGCGATGTCGATGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTgc > 1:1516964/1‑70 (MQ=255) gCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGAt > 1:3524794/1‑71 (MQ=255) ccggTTTCTCGCCGATCCCGGCTATGTCGATGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTGCtt < 1:1692044/69‑1 (MQ=255) cTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGAtt < 1:276185/71‑1 (MQ=255) cTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGAt < 1:3205353/70‑1 (MQ=255) cggTTTCTCGCCGATCCCGGCGATGTCGATGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTGCTTg < 1:1763539/70‑1 (MQ=255) gTTTCTCGCCGATCCCGGCGATGTCGATGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTGCTTGGc < 1:1921210/71‑1 (MQ=255) gTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGa > 1:688888/1‑66 (MQ=255) gTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGa > 1:1134028/1‑66 (MQ=255) gTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGc < 1:3392997/71‑1 (MQ=255) tctcGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGATATCTCTCGCTGATTGGCgg > 1:503240/1‑70 (MQ=255) ctcGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTa > 1:34490/1‑71 (MQ=255) gCCGATCCCGGCGATGTCGATGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTGCTTGGCGGCAcct < 1:2778830/71‑3 (MQ=255) gCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTg < 1:609973/41‑1 (MQ=255) gCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTa > 1:3001070/1‑48 (MQ=255) gCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGa > 1:754515/1‑59 (MQ=255) gCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTAc > 1:1179512/1‑69 (MQ=255) gCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTAc > 1:3864520/1‑69 (MQ=255) gCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACtt < 1:3831561/71‑1 (MQ=255) gCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACtt < 1:741763/71‑1 (MQ=255) gCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACtt < 1:604534/71‑1 (MQ=255) gCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACtt > 1:2991987/1‑71 (MQ=255) ccAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTg > 1:2483212/1‑71 (MQ=255) cAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGc > 1:3388541/1‑71 (MQ=255) cAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGc < 1:3323066/71‑1 (MQ=255) aaTTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTgg > 1:3641737/1‑60 (MQ=255) aaTTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCt > 1:1457850/1‑71 (MQ=255) ttCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCt > 1:3323626/1‑69 (MQ=255) ttCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGAGGTACTTGCtt > 1:3808029/1‑70 (MQ=255) tCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTAt > 1:1182559/1‑43 (MQ=255) tCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCtt > 1:2817410/1‑69 (MQ=255) cGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTAc < 1:3705275/61‑1 (MQ=255) cGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAg < 1:2844012/70‑1 (MQ=255) ggCGATGTCGATGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTGCTTGGCGGCACCTGTTTAAgtt < 1:2549326/71‑3 (MQ=255) ggCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTAt < 1:878847/40‑1 (MQ=255) gcgaTGTCGATGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTGCTTGGCGGCACCTGTTTAAGttt > 1:3752547/4‑71 (MQ=255) gCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACtt < 1:3367791/61‑1 (MQ=255) gCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACtt < 1:2404714/61‑1 (MQ=255) gCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCtt > 1:2286859/1‑71 (MQ=255) cAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCtt > 1:3806575/1‑70 (MQ=255) aaTGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTgg > 1:816553/1‑60 (MQ=255) tGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGa < 1:2568209/45‑1 (MQ=255) gTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTaa < 1:3395008/62‑1 (MQ=255) tCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTAtctc < 1:2996612/36‑1 (MQ=255) tCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGa < 1:1302671/71‑1 (MQ=255) aTGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTGCTTGGCGGCACCTGTTTAAGTTTCTACGACTg < 1:1520559/71‑1 (MQ=255) aTGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGAc < 1:2846263/69‑1 (MQ=255) tGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGAt > 1:2485685/1‑40 (MQ=255) tGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGAt > 1:2253290/1‑40 (MQ=255) ggTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTGCTTGGCGGCACCTGTTTaa > 1:3128065/1‑56 (MQ=255) ggTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTGCTTGGCGGCACCTGTTTaa > 1:83013/1‑56 (MQ=255) ggTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGc > 1:1223452/1‑52 (MQ=255) tCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACt > 1:1491344/1‑45 (MQ=255) tCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACt < 1:1480589/70‑1 (MQ=255) tCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTg > 1:2595552/1‑71 (MQ=255) ttACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTc < 1:585165/55‑1 (MQ=255) aCGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGc < 1:1296926/68‑1 (MQ=255) aCGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGa < 1:2233866/70‑1 (MQ=255) aCGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGa < 1:1987235/70‑1 (MQ=255) cGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGAc < 1:3524280/70‑1 (MQ=255) cGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACt < 1:2150949/71‑1 (MQ=255) cGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACt < 1:1830429/71‑1 (MQ=255) gCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACtt > 1:1258687/1‑71 (MQ=255) gCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACtt > 1:917353/1‑71 (MQ=255) gCACCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTAc > 1:3469226/1‑54 (MQ=255) cATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTa < 1:1785476/61‑1 (MQ=255) aTCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGc > 1:396847/1‑71 (MQ=255) cGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGcc > 1:246326/1‑70 (MQ=255) gggTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGcctc > 1:2472942/1‑71 (MQ=255) gggTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGcctc < 1:2526776/71‑1 (MQ=255) gggTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGcctc < 1:3345869/71‑1 (MQ=255) gggTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGcccc < 1:1947401/71‑3 (MQ=255) | AAACTACGGCCCGGACCGTGTTGCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGCCTC > minE/832079‑832218 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |