| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 832,170 | A→C | 14.1% | I210L (ATT→CTT) | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 832,170 | 0 | A | C | 14.1% | 200.5 / 36.2 | 99 | I210L (ATT→CTT) | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (48/37); new base C (6/8); total (54/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.20e-01 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
GCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGCCTCCTGCGTCTCCGCAAACCTGGGG > minE/832101‑832240 | gCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGAt > 1:3524794/1‑71 (MQ=255) ccggTTTCTCGCCGATCCCGGCTATGTCGATGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTGCtt < 1:1692044/69‑1 (MQ=255) cTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGAtt < 1:276185/71‑1 (MQ=255) cTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGAt < 1:3205353/70‑1 (MQ=255) cggTTTCTCGCCGATCCCGGCGATGTCGATGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTGCTTg < 1:1763539/70‑1 (MQ=255) gTTTCTCGCCGATCCCGGCGATGTCGATGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTGCTTGGc < 1:1921210/71‑1 (MQ=255) gTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGa > 1:688888/1‑66 (MQ=255) gTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGa > 1:1134028/1‑66 (MQ=255) gTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGc < 1:3392997/71‑1 (MQ=255) tctcGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGATATCTCTCGCTGATTGGCgg > 1:503240/1‑70 (MQ=255) ctcGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTa > 1:34490/1‑71 (MQ=255) gCCGATCCCGGCGATGTCGATGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTGCTTGGCGGCAcct < 1:2778830/71‑3 (MQ=255) gCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGa > 1:754515/1‑59 (MQ=255) gCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTAc > 1:3864520/1‑69 (MQ=255) gCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTAc > 1:1179512/1‑69 (MQ=255) gCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACtt < 1:3831561/71‑1 (MQ=255) gCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACtt < 1:741763/71‑1 (MQ=255) gCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACtt < 1:604534/71‑1 (MQ=255) gCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACtt > 1:2991987/1‑71 (MQ=255) ccAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTg > 1:2483212/1‑71 (MQ=255) cAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGc > 1:3388541/1‑71 (MQ=255) cAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGc < 1:3323066/71‑1 (MQ=255) aaTTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTgg > 1:3641737/1‑60 (MQ=255) aaTTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCt > 1:1457850/1‑71 (MQ=255) ttCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCt > 1:3323626/1‑69 (MQ=255) ttCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGAGGTACTTGCtt > 1:3808029/1‑70 (MQ=255) tCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCtt > 1:2817410/1‑69 (MQ=255) cGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTAc < 1:3705275/61‑1 (MQ=255) cGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAg < 1:2844012/70‑1 (MQ=255) ggCGATGTCGATGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTGCTTGGCGGCACCTGTTTAAgtt < 1:2549326/71‑3 (MQ=255) gcgaTGTCGATGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTGCTTGGCGGCACCTGTTTAAGttt > 1:3752547/4‑71 (MQ=255) gCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACtt < 1:3367791/61‑1 (MQ=255) gCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACtt < 1:2404714/61‑1 (MQ=255) gCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCtt > 1:2286859/1‑71 (MQ=255) cAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCtt > 1:3806575/1‑70 (MQ=255) aaTGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTgg > 1:816553/1‑60 (MQ=255) tGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGa < 1:2568209/45‑1 (MQ=255) gTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTaa < 1:3395008/62‑1 (MQ=255) tCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGa < 1:1302671/71‑1 (MQ=255) aTGGTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTGCTTGGCGGCACCTGTTTAAGTTTCTACGACTg < 1:1520559/71‑1 (MQ=255) aTGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGAc < 1:2846263/69‑1 (MQ=255) tGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGAt > 1:2253290/1‑40 (MQ=255) tGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGAt > 1:2485685/1‑40 (MQ=255) ggTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTGCTTGGCGGCACCTGTTTaa > 1:83013/1‑56 (MQ=255) ggTTTCTTACGCCGCCGGAACGCGTTATCTGTCGCTGCTTGGCGGCACCTGTTTaa > 1:3128065/1‑56 (MQ=255) ggTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGc > 1:1223452/1‑52 (MQ=255) tCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACt > 1:1491344/1‑45 (MQ=255) tCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACt < 1:1480589/70‑1 (MQ=255) tCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTg > 1:2595552/1‑71 (MQ=255) ttACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTc < 1:585165/55‑1 (MQ=255) aCGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGc < 1:1296926/68‑1 (MQ=255) aCGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGa < 1:2233866/70‑1 (MQ=255) aCGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGa < 1:1987235/70‑1 (MQ=255) cGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGAc < 1:3524280/70‑1 (MQ=255) cGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACt < 1:2150949/71‑1 (MQ=255) cGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACt < 1:1830429/71‑1 (MQ=255) gCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACtt > 1:1258687/1‑71 (MQ=255) gCACCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTAc > 1:3469226/1‑54 (MQ=255) cATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTa < 1:1785476/61‑1 (MQ=255) aTCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGc > 1:396847/1‑71 (MQ=255) cGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGcc > 1:246326/1‑70 (MQ=255) gggTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGcctc < 1:3345869/71‑1 (MQ=255) gggTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGcctc < 1:2526776/71‑1 (MQ=255) gggTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGcctc > 1:2472942/1‑71 (MQ=255) ggTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACCTGcctcc > 1:2531308/1‑71 (MQ=255) gTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGTTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGcctcct < 1:2330743/71‑1 (MQ=255) tGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACt < 1:3922766/62‑1 (MQ=255) cACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGa > 1:3525635/1‑46 (MQ=255) cACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACtt > 1:1317014/1‑61 (MQ=255) cACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGCCTCCTGCg > 1:1408826/1‑71 (MQ=255) cACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGCCTCCTGCg < 1:2010019/71‑1 (MQ=255) cACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGCCTCCTGCg > 1:2483430/1‑71 (MQ=255) cACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGCCTCCTGCg > 1:2843832/1‑71 (MQ=255) cGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCtt > 1:89341/1‑38 (MQ=255) cGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCt > 1:1523585/1‑37 (MQ=255) cGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGCCTCCTGCGtc < 1:1525087/71‑1 (MQ=255) cGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGCCTCCTGCGtc > 1:1970190/1‑71 (MQ=255) cGCTATCTCTAGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCtt > 1:3912387/1‑38 (MQ=255) gCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGCCTCCTGCGtct > 1:1003353/1‑71 (MQ=255) gCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGCCTCCTGCGtct > 1:510064/1‑71 (MQ=255) gCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGCCTCCTGCGtct > 1:3778550/1‑71 (MQ=255) gCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGCCTCCTGCGtct > 1:3162483/1‑71 (MQ=255) gCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGCCTCCTGCGtc > 1:2269785/1‑70 (MQ=255) cTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGCCTCCTGCGtctc < 1:1105305/71‑1 (MQ=255) aTCTGTCGCTGCTTGGCGGCACCTGTTTAAGTTTCTACGACTGGTATTGCGACCTGccgcccgc > 1:3501843/1‑64 (MQ=255) aTCTGTCGCTGCTTGGCGGCACCTGTTTAAGTTTCTACGACTGGTATTGCGACCTGCCGCCCGCCTCGcc > 1:3292544/1‑70 (MQ=255) aTCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGAc < 1:1050555/41‑1 (MQ=255) tctgtcGCTGCTTGGCGGCACCTGTTTAAGTTTCTACGACTGGTATTGCGACCTGCCGCCCGCCTCGcc < 1:3875853/69‑1 (MQ=255) ctctcGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGCCTCCTGCGTCTCCGc > 1:2059903/1‑70 (MQ=255) ctctcGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGCCTCCTGCGTCTCCGc > 1:1599583/1‑70 (MQ=255) ctctcGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGCCTCCTGCGTCTCCGc > 1:1034909/1‑70 (MQ=255) gtcGCTGCTTGGCGGCACCTGTTTAAGTTTCTACGACTGGTATTGCGACCTGCCGCCCGCCTCGCCgat > 1:214126/2‑67 (MQ=255) tcGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGCCTCCTGCGTCTCCGCaa < 1:2128473/69‑1 (MQ=255) tcGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGCCTCCTGCGTCTCCGCAAAc > 1:3680238/1‑71 (MQ=255) tcGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGCCTCCTGCGTCTCCGCAAAc > 1:2177040/1‑71 (MQ=255) gCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGCCTCCTGCGtctc < 1:3811769/62‑1 (MQ=255) cTGATTGGCTGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGCCTCCTGCGTCTCCGCAAACCTg < 1:3590913/71‑1 (MQ=255) cTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGCCTCCTGCGTCTCCGCAAACCTg < 1:1659438/71‑1 (MQ=255) gATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGCCTCCTGCGTCTCCGCAAACCTggg > 1:1951126/1‑71 (MQ=255) aTTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGCCTCCTGCGTCTCCGCAAACCTgggg > 1:3435915/1‑71 (MQ=255) | GCTGGTTTCTCGCCAATTCCGGCAATGTCGATGGTTTCTTACGCATCGGGTGCACGCTATCTCTCGCTGATTGGCGGTACTTGCTTAAGCTTCTACGACTGGTACTGCGACTTGCCTCCTGCGTCTCCGCAAACCTGGGG > minE/832101‑832240 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |