| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 834,665 | T→A | 18.6% | G1041G (GGT→GGA) | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 834,665 | 0 | T | A | 18.6% | 152.2 / 30.9 | 70 | G1041G (GGT→GGA) | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (31/26); new base A (5/8); total (36/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.91e-01 | |||||||||||
TGAACACGTTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTC > minE/834596‑834732 | tGAACACGTTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGgtc > 1:2139387/1‑71 (MQ=255) aaCACGTTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGgtcgt < 1:552425/71‑1 (MQ=255) aaCACGTTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGgtcgt < 1:1873440/71‑1 (MQ=255) tcacGTCTCCTATAACGCGGGATACACCAACGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGgacgc > 1:1666397/2‑69 (MQ=255) acGTCTCCTATAACGCGGGATACACCAACGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGgacgc < 1:159881/68‑2 (MQ=255) acGTCTCCTATAACGCGGGATACACCAACGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAg > 1:1962048/1‑71 (MQ=255) tCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCa > 1:3565001/1‑65 (MQ=255) tCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCa > 1:3464236/1‑65 (MQ=255) tCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACt > 1:1259746/1‑71 (MQ=255) tataaCGCGGGATACACCAACGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCa < 1:2323948/59‑1 (MQ=255) aCAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTa < 1:2709250/70‑1 (MQ=255) taaCGCGGGATACACCAACGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTa < 1:3553339/68‑1 (MQ=255) aaCGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTAt > 1:2042326/1‑69 (MQ=255) aCGCGGGATACACCAACGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCa < 1:965805/70‑1 (MQ=255) aCGCGGGATACACCAACGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAg > 1:807224/1‑71 (MQ=255) cgcgGGATACACCAACGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGgacgc < 1:281607/55‑2 (MQ=255) cGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCaa < 1:2240643/61‑1 (MQ=255) cGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAgg < 1:2041313/71‑1 (MQ=255) cGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGAt > 1:1650743/1‑70 (MQ=255) ggTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTAt < 1:3104310/63‑1 (MQ=255) ggTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTAt < 1:2732990/63‑1 (MQ=255) ttACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCAc > 1:1316801/1‑70 (MQ=255) tACACCAACGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCatcc < 1:3462352/71‑4 (MQ=255) tACACCAACGTTCACGAGCTTATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCa > 1:655461/1‑50 (MQ=255) tACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACt > 1:3221082/1‑56 (MQ=255) tACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACt > 1:2049253/1‑56 (MQ=255) acacCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCa < 1:3838051/70‑1 (MQ=255) acCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCAcc < 1:7733/67‑1 (MQ=255) acCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTg < 1:3906863/71‑1 (MQ=255) cAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGgt > 1:1363833/1‑40 (MQ=255) cAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGa > 1:107192/1‑71 (MQ=255) cAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGa > 1:1683362/1‑71 (MQ=255) gTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGc > 1:2720589/1‑70 (MQ=255) gTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCg > 1:3904524/1‑71 (MQ=255) tCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGt > 1:1241453/1‑70 (MQ=255) tCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGt > 1:2369895/1‑70 (MQ=255) cACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAg > 1:2554934/1‑60 (MQ=255) cGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGAtt < 1:2117088/71‑1 (MQ=255) cGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGAtt < 1:202207/71‑1 (MQ=255) cGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGAtt < 1:269066/71‑1 (MQ=255) gAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGAttt < 1:205397/71‑1 (MQ=255) aGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCa < 1:2546258/37‑1 (MQ=255) cTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGAttt < 1:906536/68‑1 (MQ=255) gATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCg < 1:519447/68‑1 (MQ=255) aTCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTg < 1:2906606/53‑1 (MQ=255) aTCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGt < 1:1306503/69‑1 (MQ=255) aTCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGa < 1:3213661/71‑1 (MQ=255) tCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGa > 1:1478975/1‑54 (MQ=255) tCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGa > 1:1831850/1‑54 (MQ=255) tCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGa > 1:3933976/1‑70 (MQ=255) ccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAg > 1:3103255/1‑71 (MQ=255) cATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGc > 1:3604711/1‑71 (MQ=255) aTGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGcc > 1:1294340/1‑71 (MQ=255) tGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCAcc < 1:3759842/43‑1 (MQ=255) tGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCAcc < 1:631000/43‑1 (MQ=255) tGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCct > 1:649083/1‑71 (MQ=255) tGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCct < 1:3139982/71‑1 (MQ=255) gcgcACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGa < 1:3624194/63‑1 (MQ=255) gcgcACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGa < 1:598416/63‑1 (MQ=255) gCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCctgc < 1:1219791/71‑1 (MQ=255) cGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCctg < 1:2218364/69‑1 (MQ=255) gTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCctgctg < 1:2237273/71‑1 (MQ=255) aCGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCCtggtggc > 1:2513776/1‑70 (MQ=255) cGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGt > 1:1391373/1‑56 (MQ=255) cGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGtt < 1:1766230/71‑1 (MQ=255) cGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGt < 1:1069052/70‑1 (MQ=255) gCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCCtggtggct > 1:1339550/1‑68 (MQ=255) gCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCCtggtggct > 1:921693/1‑68 (MQ=255) gCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCCTGGTGGctt < 1:1594662/71‑1 (MQ=255) gCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGtt > 1:3119623/1‑70 (MQ=255) ctctctGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGAttt > 1:1459784/1‑50 (MQ=255) ctctctGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGAttt > 1:602307/1‑50 (MQ=255) ctctctGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGAttt > 1:1865375/1‑50 (MQ=255) ctctctGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTa < 1:211357/71‑1 (MQ=255) ctGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGaaa > 1:2364691/1‑54 (MQ=255) ctGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGt > 1:372095/1‑71 (MQ=255) tGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTc > 1:1663510/1‑71 (MQ=255) tcgtcAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGc < 1:2082184/35‑1 (MQ=255) | TGAACACGTTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTC > minE/834596‑834732 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |