| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 834,689 | C→T | 17.6% | H1049H (CAC→CAT) | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 834,689 | 0 | C | T | 17.6% | 194.6 / 31.7 | 86 | H1049H (CAC→CAT) | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (36/34); new base T (7/8); total (44/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.82e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.10e-01 | |||||||||||
TTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGA > minE/834620‑834756 | ttACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCAc > 1:1316801/1‑70 (MQ=255) acacCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCa < 1:3838051/70‑1 (MQ=255) acCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCAcc < 1:7733/67‑1 (MQ=255) acCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTg < 1:3906863/71‑1 (MQ=255) cAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGa > 1:107192/1‑71 (MQ=255) cAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGa > 1:1683362/1‑71 (MQ=255) gTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGc > 1:2720589/1‑70 (MQ=255) gTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCg > 1:3904524/1‑71 (MQ=255) tCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGt > 1:1241453/1‑70 (MQ=255) tCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGt > 1:2369895/1‑70 (MQ=255) cACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAg > 1:2554934/1‑60 (MQ=255) cGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGAtt < 1:269066/71‑1 (MQ=255) cGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGAtt < 1:2117088/71‑1 (MQ=255) cGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGAtt < 1:202207/71‑1 (MQ=255) gAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGAttt < 1:205397/71‑1 (MQ=255) cTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGAttt < 1:906536/68‑1 (MQ=255) gATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCg < 1:519447/68‑1 (MQ=255) aTCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTg < 1:2906606/53‑1 (MQ=255) aTCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGt < 1:1306503/69‑1 (MQ=255) aTCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGa < 1:3213661/71‑1 (MQ=255) tCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGa > 1:1478975/1‑54 (MQ=255) tCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGa > 1:1831850/1‑54 (MQ=255) tCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGa > 1:3933976/1‑70 (MQ=255) ccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAg > 1:3103255/1‑71 (MQ=255) cATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGc > 1:3604711/1‑71 (MQ=255) aTGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGcc > 1:1294340/1‑71 (MQ=255) tGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCAcc < 1:3759842/43‑1 (MQ=255) tGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCAcc < 1:631000/43‑1 (MQ=255) tGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCct > 1:649083/1‑71 (MQ=255) tGGCGCACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCct < 1:3139982/71‑1 (MQ=255) gcgcACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGa < 1:3624194/63‑1 (MQ=255) gcgcACGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGa < 1:598416/63‑1 (MQ=255) gCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCctgc < 1:1219791/71‑1 (MQ=255) cGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCctg < 1:2218364/69‑1 (MQ=255) gTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCctgctg < 1:2237273/71‑1 (MQ=255) aCGCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCCtggtggc > 1:2513776/1‑70 (MQ=255) cGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGt > 1:1391373/1‑56 (MQ=255) cGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGtt < 1:1766230/71‑1 (MQ=255) cGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGt < 1:1069052/70‑1 (MQ=255) gCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCCtggtggct > 1:1339550/1‑68 (MQ=255) gCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCCtggtggct > 1:921693/1‑68 (MQ=255) gCTGTCGGGACGCCAGCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCCTGGTGGctt < 1:1594662/71‑1 (MQ=255) gCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGtt > 1:3119623/1‑70 (MQ=255) ctctctGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGAttt > 1:1459784/1‑50 (MQ=255) ctctctGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGAttt > 1:602307/1‑50 (MQ=255) ctctctGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGAttt > 1:1865375/1‑50 (MQ=255) ctctctGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTa < 1:211357/71‑1 (MQ=255) ctGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGaaa > 1:2364691/1‑54 (MQ=255) ctGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGt > 1:372095/1‑71 (MQ=255) tGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTc > 1:1663510/1‑71 (MQ=255) tcgtcAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGc < 1:2082184/35‑1 (MQ=255) gtcAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTccgccg < 1:3034171/71‑1 (MQ=255) gtcAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTccgccg < 1:432688/71‑1 (MQ=255) agcagcTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCct < 1:463309/49‑1 (MQ=255) aGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTccgcc > 1:1179273/1‑67 (MQ=255) aGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTccgcc > 1:3103029/1‑67 (MQ=255) gCAGCTCTATCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCct < 1:2479820/48‑1 (MQ=255) gCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATTCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCg < 1:2242873/60‑1 (MQ=255) gCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAg > 1:3530863/1‑45 (MQ=255) gCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCg < 1:1606177/71‑1 (MQ=255) cAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCGTGCTGGTTTa > 1:3890062/1‑56 (MQ=255) aCTGTATCAGGATCACCAGTGGATGGGTGATTTCGGTGAAAGc > 1:2328104/1‑43 (MQ=255) aCTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGaca > 1:817567/1‑71 (MQ=255) aCTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGa < 1:3585401/69‑1 (MQ=255) cTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGacac > 1:838356/1‑71 (MQ=255) tGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATc < 1:3039403/65‑1 (MQ=255) gTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACAccc > 1:719501/1‑71 (MQ=255) aTCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCCTGGTGGCTTATCGCCCGCCTATCGACACCCg > 1:1853893/1‑70 (MQ=255) tCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCCTGGTGGCTTATCGCCCGCCTATCGACACCCg > 1:1281944/1‑69 (MQ=255) tCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCCTGGTGGCTTATCGCCCGCCTATCGACACCCGta < 1:3874277/71‑2 (MQ=255) tCAGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCCTGGTGGCTTATCGCCCGCCTATCGACACCCGta < 1:309197/71‑2 (MQ=255) tCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTc > 1:576257/1‑53 (MQ=255) tCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTc > 1:580911/1‑53 (MQ=255) tCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGtt < 1:3686967/71‑1 (MQ=255) aGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATc > 1:44742/1‑48 (MQ=255) aGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTc < 1:984172/70‑1 (MQ=255) aGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTc < 1:426008/70‑1 (MQ=255) ggATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCCTGGTGGCTTATCGCCCGCCTATCGACACCCGtag > 1:2337017/1‑67 (MQ=255) ggATCAACCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCCTGGTGGCTTATCGCCCGCCTATCg > 1:192/1‑59 (MQ=255) gATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGCCTGGTGGCTTATCgcc > 1:3401231/1‑47 (MQ=255) gATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGt < 1:2205433/71‑1 (MQ=255) gATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGt < 1:2155285/71‑1 (MQ=255) tCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCctgctg < 1:1399864/37‑1 (MQ=255) tCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTccg < 1:3398889/49‑1 (MQ=255) tCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTccg < 1:1893049/49‑1 (MQ=255) tCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGa < 1:3705689/71‑1 (MQ=255) cACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGttt < 1:2154747/40‑1 (MQ=255) aCCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTccgcc > 1:3233194/1‑49 (MQ=255) aCCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTccgcc > 1:2888313/1‑49 (MQ=255) aCCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTccgcc > 1:2883648/1‑49 (MQ=255) ccAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGac < 1:1158622/55‑1 (MQ=255) | TTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACCCGTTCGGTGA > minE/834620‑834756 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |