| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 834,851 | C→T | 8.7% | S1103S (AGC→AGT) | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 834,851 | 0 | C | T | 8.7% | 236.0 / 9.6 | 80 | S1103S (AGC→AGT) | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (46/27); new base T (3/4); total (49/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.21e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01 | |||||||||||
CGGCAACCAGGAAAAAGCGCTCAACTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAG > minE/834782‑834921 | cGGCAACCAGGAAAAAGCGCTCAACTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGc > 1:1278335/1‑70 (MQ=255) cccggAAAAAGCACTTAACTTCCTGACGCCGCACCAGAAATGGGGCATTCACTCAACCTACAGTGaaaa < 1:502034/66‑1 (MQ=255) ccAGGAAAAAGCGCTCAACTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAAcc > 1:2987851/1‑71 (MQ=255) aGGATAAAGCGCTCAACTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCg < 1:3719383/63‑1 (MQ=255) aGGAAAAAGCGCTCAACTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACctg < 1:1647254/71‑1 (MQ=255) ggAAAAAGCGCTCAACTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACctgc > 1:3222517/1‑71 (MQ=255) ggAAAAAGCGCTCAACTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACctg > 1:1773966/1‑70 (MQ=255) gAAAAAGCGCTCAACTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACctgct < 1:3359566/71‑1 (MQ=255) aaaaaGCGCTCAACTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACctgct > 1:1239461/1‑70 (MQ=255) aaaaGCGCTCAACTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCtgctga > 1:3368332/1‑71 (MQ=255) aGCGCTCAACTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCtgctgatgc > 1:471461/1‑71 (MQ=255) cttaaCTTCCTGACGCCGCACCAGAAATGGGGCATTCACTCAACCTACAGTGAAAACCTGCTAATGCTGAc > 1:92381/4‑71 (MQ=255) cTCAACTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACct > 1:2632749/1‑59 (MQ=255) ttaaCTTCCTGACGCCGCACCAGAAATGGGGCATTCACTCAACCTACAGTGAAAACCtgctaatgctga < 1:3420312/67‑1 (MQ=255) tCAACTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGAc > 1:1547893/1‑53 (MQ=255) tCAACTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGAc > 1:3593428/1‑53 (MQ=255) tCAACTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGAc > 1:3270975/1‑53 (MQ=255) accTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACtt < 1:1784542/68‑1 (MQ=255) aaCTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCttctgatgct > 1:1950809/1‑65 (MQ=255) aaCTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCtgctgatgct < 1:3065896/65‑1 (MQ=255) aaCTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCtgctgatgct > 1:1164855/1‑65 (MQ=255) aaCTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCtgctga < 1:3378406/61‑1 (MQ=255) aaCTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCtgctga < 1:3809407/61‑1 (MQ=255) aaCTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCtgctga < 1:3414901/61‑1 (MQ=255) aaCTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACttt < 1:2880739/71‑1 (MQ=255) aaCTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACttt < 1:1815356/71‑1 (MQ=255) aaCTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACtt > 1:2004276/1‑70 (MQ=255) aaCTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACtt < 1:2077079/70‑1 (MQ=255) aaCTTCCTGACGCCGCACCAGAAATGGGGCATTCACTCAACCTACAGTGAAAACCTGCTAATGCTGAcgct > 1:3011110/1‑68 (MQ=255) aaCTTCCTGACGCCGCACCAGAAATGGGGCATTCACTCAACCTACAGTGAAAACCTGCTAATGCTGAcgct > 1:1137890/1‑68 (MQ=255) aaCTTCCTGACGCCGCACCAGAAATGGGGCATTCACTCAACCTACAGTGAAAACCTGCTAATGCTGAcg < 1:3897939/69‑2 (MQ=255) aCTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACttt < 1:3239949/70‑1 (MQ=255) ttCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAgg > 1:523305/1‑71 (MQ=255) tCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCtgctgatg > 1:3638768/1‑59 (MQ=255) tCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGAc > 1:2403516/1‑64 (MQ=255) ccTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGt < 1:2850014/70‑1 (MQ=255) cTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTcg < 1:910813/71‑1 (MQ=255) aCGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGc > 1:3915758/1‑39 (MQ=255) aCGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGgcgctg < 1:440874/71‑3 (MQ=255) aCGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGcgg < 1:2389547/71‑1 (MQ=255) aCGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGcgg < 1:404062/71‑1 (MQ=255) aCGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGcgg < 1:3023732/71‑1 (MQ=255) ccgcACCAGAAATGGGGCATTCACTCAACCTACAGTGAAAACCTGCTAATGCTGACGCTCTCTCGcggtgg < 1:1357948/71‑1 (MQ=255) gcACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTa > 1:3388997/1‑58 (MQ=255) gcACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTa > 1:3895735/1‑58 (MQ=255) gcACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGcggtggt > 1:1028919/1‑70 (MQ=255) aCCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAgg > 1:3117071/1‑58 (MQ=255) aCCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAgg > 1:3205978/1‑58 (MQ=255) ccAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGcggtggtccgg < 1:1066846/71‑1 (MQ=255) aGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGcggtggtccggtg > 1:1695133/1‑71 (MQ=255) gAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTcgcg > 1:1823140/1‑59 (MQ=255) gAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGcggtggtccggtgg > 1:850214/1‑71 (MQ=255) gAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGcggtggtccggtgg > 1:256754/1‑71 (MQ=255) gTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCt > 1:1006801/1‑71 (MQ=255) ggggTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTTATGCTGACTTTAGGTCGcggt < 1:2391963/56‑1 (MQ=255) gggTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGt > 1:290169/1‑71 (MQ=255) ggTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGtt < 1:374674/71‑1 (MQ=255) ggTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGGCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGtt < 1:2154210/71‑1 (MQ=255) aTCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAg > 1:1400834/1‑71 (MQ=255) aTCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAg > 1:1911405/1‑71 (MQ=255) tccactccacCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAg > 1:3227962/1‑70 (MQ=255) tccactccacCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGt > 1:815610/1‑71 (MQ=255) cactccacCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACtt < 1:2898683/37‑1 (MQ=255) cactccacCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTg > 1:1199259/1‑70 (MQ=255) cactccacCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGa < 1:134539/71‑1 (MQ=255) cactccacCTACAGCGACAACCTGCTGATGATGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTg < 1:2986588/70‑1 (MQ=255) actccacCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTg > 1:1251685/1‑69 (MQ=255) actacacCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGa > 1:3088452/1‑66 (MQ=255) ctccacCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAg > 1:389281/1‑71 (MQ=255) ccacCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGcc > 1:2838486/1‑71 (MQ=255) cacCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGcc > 1:2405061/1‑70 (MQ=255) cacCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGcc < 1:1595924/70‑1 (MQ=255) cacCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGcc > 1:2409675/1‑70 (MQ=255) cacCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGc > 1:822365/1‑69 (MQ=255) ccTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCAGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGAt > 1:1985097/1‑71 (MQ=255) cTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATg > 1:3515933/1‑71 (MQ=255) tACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATg > 1:1537513/1‑70 (MQ=255) tACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGc > 1:1452382/1‑71 (MQ=255) aCAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAg > 1:1689172/1‑58 (MQ=255) aCAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGc > 1:1028700/1‑64 (MQ=255) cAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGcc > 1:3432029/1‑70 (MQ=255) cAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCa < 1:47024/71‑1 (MQ=255) cGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGc > 1:938608/1‑60 (MQ=255) cGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCa > 1:3762694/1‑68 (MQ=255) cGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAg < 1:1243612/71‑1 (MQ=255) | CGGCAACCAGGAAAAAGCGCTCAACTTCCTGACGCCGCACCAGAAGTGGGGTATCCACTCCACCTACAGCGACAACCTGCTGATGCTGACTTTAGGTCGCGGTGGTCCGGTGGTCTGGTTGAGTGAAGCCGATGCCAAAG > minE/834782‑834921 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |