| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 834,986 | T→C | 12.8% | R1148R (CGT→CGC) | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 834,986 | 0 | T | C | 12.8% | 220.5 / 20.8 | 86 | R1148R (CGT→CGC) | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/51); new base C (4/7); total (28/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.43e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
AAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACC > minE/834918‑835056 | aaaGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGc < 1:2125921/71‑1 (MQ=255) aaGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCg > 1:1180998/1‑71 (MQ=255) aGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCgg < 1:2988767/71‑1 (MQ=255) aGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCgg < 1:938874/71‑1 (MQ=255) aGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCgg < 1:2819798/71‑1 (MQ=255) aGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCgg > 1:2575661/1‑71 (MQ=255) aGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCgg < 1:2842143/71‑1 (MQ=255) aGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCgg < 1:2011002/71‑1 (MQ=255) aGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCgg < 1:268631/71‑1 (MQ=255) tCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTg > 1:2342417/1‑71 (MQ=255) tGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGtt < 1:2064173/68‑1 (MQ=255) ggTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGtt < 1:859070/66‑1 (MQ=255) tATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTcagc > 1:1908517/1‑70 (MQ=255) tCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTcagcca < 1:602215/70‑1 (MQ=255) tCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTcagcca < 1:1781224/70‑1 (MQ=255) cGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTcagccagc > 1:2241864/1‑71 (MQ=255) gCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCg > 1:646800/1‑71 (MQ=255) tcGATAACGACTGGGTGGAAGTATTCAACGCCAACGGCGCGCTGACTGCCCGCGCGGTGGTCAGCCAACg < 1:193340/69‑1 (MQ=255) ccGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCgt < 1:3605062/71‑1 (MQ=255) cGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCgtg < 1:3817949/71‑1 (MQ=255) cGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCgtg < 1:737673/71‑1 (MQ=255) gATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTcagcca > 1:3554393/1‑65 (MQ=255) gATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTca > 1:2322669/1‑61 (MQ=255) gATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCgtgt > 1:584115/1‑71 (MQ=255) gATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCgtgt > 1:345795/1‑71 (MQ=255) aTAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTcagcca < 1:1569443/64‑1 (MQ=255) tAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTc < 1:2633304/71‑1 (MQ=255) tAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTc < 1:1020665/71‑1 (MQ=255) aCGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTcc < 1:1988737/70‑1 (MQ=255) cGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCgg < 1:422534/71‑1 (MQ=255) tGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGa > 1:120265/1‑71 (MQ=255) aaGTCTTCAACAGCAACGGTGCACTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGc < 1:2488119/61‑1 (MQ=255) aGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCgg < 1:2297830/59‑1 (MQ=255) aGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCa < 1:2098452/71‑1 (MQ=255) aGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCa < 1:3099332/71‑1 (MQ=255) aGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCa < 1:992511/71‑1 (MQ=255) aGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCa < 1:3534834/71‑1 (MQ=255) gtattCAACGCCAACGGCGCGCTGACTGCCCGCGCGGTGGTCAGCCAACGTGTACCGCCGGGCATGACCat < 1:2917968/68‑1 (MQ=255) gTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCat > 1:3940907/1‑71 (MQ=255) gTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCat < 1:1371996/71‑1 (MQ=255) ttCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTcc > 1:2716712/1‑53 (MQ=255) ttCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCatgat > 1:2106827/1‑71 (MQ=255) ttCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCat < 1:1945452/68‑1 (MQ=255) ttCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCat < 1:1572509/68‑1 (MQ=255) atCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCatga < 1:755669/69‑1 (MQ=255) tCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCatgatg > 1:2692629/1‑71 (MQ=255) cAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCatgatg < 1:2265125/70‑1 (MQ=255) cAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCatgatg < 1:2167323/70‑1 (MQ=255) cAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCatgatg < 1:1467150/70‑1 (MQ=255) cAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCatga < 1:1150338/68‑1 (MQ=255) aCAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTAc < 1:2522119/71‑1 (MQ=255) cAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTAcc < 1:465427/71‑1 (MQ=255) cAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTAc > 1:3352417/1‑70 (MQ=255) cAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTAc > 1:1048619/1‑70 (MQ=255) cAACGGCGCGCTGACTGCCCGCGCGGTGGTCAGCCAACGTGTACCGCCGGGCATGACCATGATGTATCAc < 1:1064500/70‑1 (MQ=255) aaCGGCGCGCTGACTGCCCGCGCGGTGGTCAGCCAACGTGTACCGCCGGGCATGACCATGATGTATCAcgc > 1:2375329/1‑71 (MQ=255) aaCGGCGCGCTGACTGCCCGCGCGGTGGTCAGCCAACGTGTACCGCCGGGCATGACCATGATGTATCAcgc < 1:2197837/71‑1 (MQ=255) aCGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCAcgcg < 1:2606534/71‑1 (MQ=255) aCGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCAcgcg < 1:2548474/71‑1 (MQ=255) cGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCAcgcg < 1:999822/70‑1 (MQ=255) cGGCGCGCTGACTGCCCGCGCGGTGGTCAGCCAACGTGTACCGCCGGGCATGACCATGATGTATCAcgcc > 1:2651998/1‑69 (MQ=255) tGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAgg < 1:1451599/71‑1 (MQ=255) gCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAgg > 1:2691125/1‑70 (MQ=255) ctctGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCTCAGGa < 1:2769790/70‑1 (MQ=255) ctctGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGa < 1:3419235/70‑1 (MQ=255) ctGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACg > 1:2245694/1‑71 (MQ=255) ctGACTGCCCGCGCGGTGGTCAGCCAACGTGTACCGCCGGGCATGACCatg < 1:1404635/51‑1 (MQ=255) tGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACg > 1:2452496/1‑70 (MQ=255) aCTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTa < 1:3343759/70‑1 (MQ=255) aCTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTAt < 1:3157499/71‑1 (MQ=255) aCTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTAt < 1:2340125/71‑1 (MQ=255) aCTGCCCGCGCGGTGGTCAGCCAACGTGTACCGCCGGGCATGACCATGATGTATCACGCCCAGGAACGCAt > 1:2705619/1‑71 (MQ=255) cTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAgg > 1:3412902/1‑37 (MQ=255) cTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATc < 1:3439265/71‑1 (MQ=255) cTGCCCGCGCGGTGGTCAGCCAACGTGTACCGCCGGGCATGACCATGATGTATCACGCCCAGGAACGCAtt < 1:2391046/71‑2 (MQ=255) cTGCCCGCGCGGTGGTCAGCCAACGTGTACCGCCGGGCATGACCATGATGTATCACGCCCAGGAACGCAtt < 1:1094271/71‑2 (MQ=255) cTGCCCGCGCGGTGGTCAGCCAACGTGTACCGCCGGGCATGACCATGATGTATCACGCCCAGGAACGCAt > 1:1391483/1‑70 (MQ=255) tGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCg > 1:3326240/1‑71 (MQ=255) tGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCg > 1:1554806/1‑71 (MQ=255) cccGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGtt < 1:3282058/71‑1 (MQ=255) cccGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGtt < 1:3189789/71‑1 (MQ=255) cccGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGtt < 1:3185670/71‑1 (MQ=255) ccGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTa < 1:2400344/71‑1 (MQ=255) ccGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTa < 1:1291355/71‑1 (MQ=255) cGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCatg < 1:3121471/42‑1 (MQ=255) gTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAAc > 1:243385/1‑71 (MQ=255) tGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCatgatg < 1:2912819/43‑1 (MQ=255) tGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTa < 1:71734/45‑1 (MQ=255) tGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCAcgcg < 1:1470713/52‑1 (MQ=255) tGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAAcc > 1:218630/1‑71 (MQ=255) tGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAAcc > 1:3059265/1‑71 (MQ=255) | AAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACC > minE/834918‑835056 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |