| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 835,046 | T→C | 5.1% | R1168R (CGT→CGC) | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 835,046 | 0 | T | C | 5.1% | 225.9 / 2.7 | 78 | R1168R (CGT→CGC) | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (41/33); new base C (2/2); total (43/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
ACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGCGTGGTGGTATCCATAACTCGGTCACCCGTATCA > minE/834978‑835116 | aCTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTa < 1:3343759/70‑1 (MQ=255)aCTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTAt < 1:2340125/71‑1 (MQ=255)aCTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTAt < 1:3157499/71‑1 (MQ=255)aCTGCCCGCGCGGTGGTCAGCCAACGTGTACCGCCGGGCATGACCATGATGTATCACGCCCAGGAACGCAt > 1:2705619/1‑71 (MQ=255) cTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATc < 1:3439265/71‑1 (MQ=255) cTGCCCGCGCGGTGGTCAGCCAACGTGTACCGCCGGGCATGACCATGATGTATCACGCCCAGGAACGCAtt < 1:2391046/71‑2 (MQ=255) cTGCCCGCGCGGTGGTCAGCCAACGTGTACCGCCGGGCATGACCATGATGTATCACGCCCAGGAACGCAtt < 1:1094271/71‑2 (MQ=255) cTGCCCGCGCGGTGGTCAGCCAACGTGTACCGCCGGGCATGACCATGATGTATCACGCCCAGGAACGCAt > 1:1391483/1‑70 (MQ=255) tGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCg > 1:3326240/1‑71 (MQ=255) tGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCg > 1:1554806/1‑71 (MQ=255) cccGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGtt < 1:3189789/71‑1 (MQ=255) cccGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGtt < 1:3282058/71‑1 (MQ=255) cccGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGtt < 1:3185670/71‑1 (MQ=255) ccGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTa < 1:1291355/71‑1 (MQ=255) ccGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTa < 1:2400344/71‑1 (MQ=255) gTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAAc > 1:243385/1‑71 (MQ=255) tGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAAcc > 1:3059265/1‑71 (MQ=255) tGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAAcc > 1:218630/1‑71 (MQ=255) cGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAAcctg > 1:3925061/1‑71 (MQ=255) cGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAAcctg < 1:104930/71‑1 (MQ=255) ttGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGt < 1:2749344/56‑1 (MQ=255) ttGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGt < 1:1402295/56‑1 (MQ=255) ttGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTa > 1:1742048/1‑57 (MQ=255) ttGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAAcctgcc < 1:456491/70‑1 (MQ=255) tCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGt < 1:2091218/71‑1 (MQ=255) agccagcGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTc > 1:3278299/1‑71 (MQ=255) agccagcGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTc > 1:1489476/1‑71 (MQ=255) agccagcGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTc > 1:3273817/1‑71 (MQ=255) ggcagcGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTa < 1:1995826/55‑1 (MQ=255) ccagcGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCgg < 1:835364/71‑1 (MQ=255) ccagcGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCg > 1:525714/1‑70 (MQ=255) cagcGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGa < 1:3941251/71‑1 (MQ=255) cagcGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGa < 1:3403729/71‑1 (MQ=255) agcGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCGTGGTTCGGa > 1:3309073/1‑70 (MQ=255) agcGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGa > 1:2686197/1‑70 (MQ=255) gcGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGaaa > 1:1025423/1‑71 (MQ=255) gcGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGaaa > 1:452458/1‑71 (MQ=255) gcGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGaa > 1:2592330/1‑70 (MQ=255) tgtTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCg < 1:1959701/47‑1 (MQ=255) ttCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTAcc < 1:3672553/71‑1 (MQ=255) tCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTAcc > 1:1647102/1‑70 (MQ=255) gCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCaa > 1:1402724/1‑69 (MQ=255) cAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTAcc > 1:221613/1‑65 (MQ=255) gggATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGCg < 1:844662/71‑1 (MQ=255) gATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTgg > 1:2793152/1‑48 (MQ=255) gATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTgg > 1:2874356/1‑48 (MQ=255) gATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTgg > 1:2290329/1‑48 (MQ=255) gATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTgg > 1:2200799/1‑48 (MQ=255) aTGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGCgtgg < 1:1101220/71‑1 (MQ=255) aTGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGCgtgg < 1:3771756/71‑1 (MQ=255) aTGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGCgtgg < 1:2164449/71‑1 (MQ=255) aTGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGCgtgg < 1:3122065/71‑1 (MQ=255) cATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAAtt < 1:1157023/52‑1 (MQ=255) cATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGCGTGGTGGTa < 1:1234739/71‑1 (MQ=255) tgatgTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGCGTGGTGGTATc > 1:1000756/1‑71 (MQ=255) tgatgTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGCGTGGTGGTATc > 1:3120981/1‑71 (MQ=255) tgatgTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGCGTGGTGGTATc > 1:2986390/1‑71 (MQ=255) atgTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCgg > 1:2121662/1‑43 (MQ=255) atgTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCgg > 1:3721370/1‑43 (MQ=255) ccACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCg > 1:3728666/1‑37 (MQ=255) ccACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGCGTGGTGGTATCCATAACt > 1:3900272/1‑71 (MQ=255) aCGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGCGTGGTGGTATCCATAACt > 1:3390/1‑69 (MQ=255) aCGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGCGTGGTGGTATCCATAACTCg < 1:3071074/71‑1 (MQ=255) aCGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGCGTGGTGGTATCCATAACTCg < 1:3034869/71‑1 (MQ=255) aCGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGCGTGGTGGTATCCATAACTCg > 1:1893101/1‑71 (MQ=255) cgcgCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGCGTGGTGGTATCCATAACTCg > 1:823588/1‑70 (MQ=255) cgagcAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGCGTGGTGGTATCCATAACTCgg > 1:3067996/4‑71 (MQ=255) gcAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGCGTGGTGGTATCCATAACTCGGTCa < 1:2804203/71‑1 (MQ=255) gcAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGCGTGGTGGTATCCATAACTCGGTCa > 1:111648/1‑71 (MQ=255) aGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCa < 1:575152/40‑1 (MQ=255) aGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGCGTGGTGGTATCCATAACTCGGTCAcc > 1:3657662/1‑71 (MQ=255) gAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGCgtgg < 1:1760047/47‑1 (MQ=255) gAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGCGTGGTGGTATCCATAACTCGGTCACCCg > 1:1021844/1‑71 (MQ=255) aCGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGCGTGGTGGTATCCATAACTCGGTCACCCGTa < 1:194337/71‑1 (MQ=255) aCGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGCGTGGTGGTATCCATAACTCGGTCACCCGTa < 1:28592/71‑1 (MQ=255) aCGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGCGTGGTGGTATCCATAACTCGGTCACCCGTa > 1:2401252/1‑71 (MQ=255) gTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGCGTGGTGGTATCCATAACTCGGTCACCCGTa < 1:1276510/69‑1 (MQ=255) gTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGCGTGGTGGTATCCATAACTCGGTCACCCGTAt > 1:1782926/1‑70 (MQ=255) gTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGCGTGGTGGTATCCATAACTCGGTCACCCGTAt > 1:1372738/1‑70 (MQ=255) gTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGCGTGGTGGTATCCATAACTCGGTCACCCGTAt > 1:1394368/1‑70 (MQ=255) tATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGCGTGGTGGTATCCATAACTCGGTCACCCGTATCa < 1:1998595/71‑1 (MQ=255) tATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGCGTGGTGGTATCCATAACTCGGTCACCCGTATCa > 1:1146928/1‑71 (MQ=255) tATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGCGTGGTGGTATCCATAACTCGGTCACCCGTATCa < 1:1061586/71‑1 (MQ=255) | ACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTTAACCTGCCTGGTTCGGAAATTACCCAACAGCGTGGTGGTATCCATAACTCGGTCACCCGTATCA > minE/834978‑835116 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |