| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 45,536 | G→A | 9.1% | S30S (TCG→TCA) | kefC → | potassium:proton antiporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 45,536 | 0 | G | A | 9.1% | 154.8 / 5.4 | 55 | S30S (TCG→TCA) | kefC | potassium:proton antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/25); new base A (2/3); total (26/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.85e-01 | |||||||||||
TTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGACTGGTGACCGATGCCGAA > minE/45466‑45605 | ttCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCg > 1:3183284/1‑71 (MQ=255) aGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTa > 1:967011/1‑71 (MQ=255) aGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTa > 1:962402/1‑71 (MQ=255) gcgcTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACt > 1:2039160/1‑71 (MQ=255) cgcTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACtt < 1:250416/71‑1 (MQ=255) cgcTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGAACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACt < 1:2012809/70‑1 (MQ=255) gcTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTg < 1:1137258/71‑1 (MQ=255) aTTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCt < 1:228612/70‑1 (MQ=255) aTTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTa > 1:2602478/1‑71 (MQ=255) tttATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTAc > 1:3620075/1‑71 (MQ=255) tttATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTAc < 1:271774/71‑1 (MQ=255) aTCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCt < 1:2444530/70‑1 (MQ=255) ggTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATc < 1:3865706/69‑1 (MQ=255) ggTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGc > 1:846332/1‑71 (MQ=255) tCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTg > 1:2994989/1‑55 (MQ=255) tCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTg > 1:131868/1‑55 (MQ=255) tCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTg > 1:547353/1‑55 (MQ=255) cGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCTGTAc < 1:3174273/51‑1 (MQ=255) ggCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTg < 1:1698615/53‑1 (MQ=255) gCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTg > 1:3711037/1‑71 (MQ=255) cAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGa > 1:2886568/1‑60 (MQ=255) cAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGc < 1:847219/71‑1 (MQ=255) gcgcTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCat < 1:1109944/71‑1 (MQ=255) gcgcTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCAGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCat < 1:668701/71‑1 (MQ=255) gcTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCatta < 1:1043563/71‑1 (MQ=255) tGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCt < 1:831084/52‑1 (MQ=255) gATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCg > 1:3074674/1‑59 (MQ=255) ttGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCAGTACTTGGCTACCTGAt > 1:2674875/1‑52 (MQ=255) gTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGccc > 1:514272/1‑71 (MQ=255) tACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGAt > 1:616980/1‑49 (MQ=255) tACCCATAGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTg > 1:1449492/1‑58 (MQ=255) cATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTg > 1:539878/1‑69 (MQ=255) aTTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCattat > 1:756484/1‑59 (MQ=255) aTTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCg < 1:1785828/66‑1 (MQ=255) ttGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCg < 1:3146522/65‑1 (MQ=255) gCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCatta < 1:2674020/55‑1 (MQ=255) gCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGc < 1:2629508/70‑1 (MQ=255) cGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCt < 1:3916433/70‑1 (MQ=255) cGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTg < 1:3196545/71‑1 (MQ=255) gTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGAt > 1:1285263/1‑38 (MQ=255) gTACGTCTTGGTCTGGGATCAGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTg < 1:1361073/62‑1 (MQ=255) tACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATc < 1:3584501/38‑1 (MQ=255) cGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGAc > 1:59904/1‑70 (MQ=255) cGTCTTGGTCTGGGATCAGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGAc < 1:3118610/70‑1 (MQ=255) tCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCt < 1:2053721/63‑1 (MQ=255) ttGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCattat > 1:2407110/1‑46 (MQ=255) ttGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGACTgg < 1:2003504/69‑1 (MQ=255) tCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGACTGGTGACCg < 1:1114564/71‑1 (MQ=255) tGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTgggg > 1:2219619/1‑52 (MQ=255) tGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGACTGGt > 1:1085944/1‑64 (MQ=255) tggATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGACTGGTGAc < 1:2681669/65‑1 (MQ=255) ggATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCat < 1:1143959/35‑1 (MQ=255) ggATCAGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGACTGGTGACCGATg > 1:99220/1‑70 (MQ=255) tCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGACTGGTGACCGATGCCGa < 1:2575063/71‑1 (MQ=255) cGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGACTGGTGACCGATGCCg > 1:5159/1‑69 (MQ=255) cGGTACTAGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGACTGGTGACCGATGCCGaa > 1:2162440/1‑71 (MQ=255) ggTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGACTgg > 1:2312574/1‑56 (MQ=255) ggTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGACTGGt < 1:2231653/57‑1 (MQ=255) | TTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATCGGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGACTGGTGACCGATGCCGAA > minE/45466‑45605 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |