| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 836,323 | T→C | 29.6% | Y347Y (TAT→TAC) | narH → | nitrate reductase 1, beta (Fe‑S) subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 836,323 | 0 | T | C | 29.6% | 71.9 / 39.6 | 54 | Y347Y (TAT→TAC) | narH | nitrate reductase 1, beta (Fe‑S) subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/15); new base C (8/8); total (31/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
CCGCACAGCAGTCGCCGGTTTATAAAATGGCAATGGAATGGAAACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGT > minE/836253‑836389 | ccGCACAGCAGTCGCCGGTTTATAAAATGGCAATGGAATGGAAACTGGCGCTGCCGCTGCATCAGGAatat < 1:2303493/71‑1 (MQ=255) gCACAGCAGTCGCCGGTTTGTAAAATGGCAATGGAATGGAAACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCg < 1:3517377/71‑1 (MQ=255) acaGCAGTCGCCGGTTTATAAAATGGCAATGGAATGGAAACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGca > 1:3552912/1‑71 (MQ=255) acaGCAGTCGCCGGTTTATAAAATGGCAATGGAATGGAAACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGca > 1:3843525/1‑71 (MQ=255) acaGCAGTCGCCGGTTTATAAAATGGCAATGGAATGGAAACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGca > 1:2114912/1‑71 (MQ=255) tCGCCGGTTTATAAAATGGCAATGGAATGGAAACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGcc < 1:177900/71‑1 (MQ=255) gCCGGTTTATAAAATGGCAATGGAATGGAAACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGCCg < 1:1710379/70‑1 (MQ=255) ggTTTATAAAATGGCAATGGAATGGAAACTGGCGCTGCCGCTGCATCCTGAATATCGCacac > 1:1663398/1‑62 (MQ=255) tttATAAAATGGCAATGGAATGGAAACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTc < 1:2415971/71‑1 (MQ=255) tataAAATGGCAATGGAATGGAAACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTg > 1:1321571/1‑71 (MQ=255) tacaaaaTGGCGATGGACTGGAAACTGGCACTACCGTTGCACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTg > 1:1724754/4‑71 (MQ=255) taAAATGGCAATGGAATGGAAACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGt < 1:3414898/66‑1 (MQ=255) caaaaTGGCGATGGACTGGAAACTGGCACTACCGTTGCACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCt < 1:3323974/67‑1 (MQ=255) aaaaTGGCAATGGAATGGAAACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCt < 1:760994/67‑1 (MQ=255) aTGGCAATGGAATGGAAACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGt < 1:3284045/71‑1 (MQ=255) gatggactggaAACTGGCACTACCGTTGCACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTtcct < 1:2973165/69‑2 (MQ=255) aatggaatggAAACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGCCGAttg < 1:1455029/56‑3 (MQ=255) atggaatggaAACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGcc > 1:294193/1‑50 (MQ=255) tggaatggaaACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGcc > 1:3773178/1‑49 (MQ=255) tggaatggaaACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCct > 1:2348671/1‑71 (MQ=255) tggaatggaaACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCct < 1:1179151/71‑1 (MQ=255) ggactggaaACTGGCACTACCGTTGCACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATgg < 1:124990/53‑1 (MQ=16) gaatggaaACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCctct > 1:1978771/1‑71 (MQ=255) aatggaaACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATc > 1:1488579/1‑36 (MQ=255) aatggaaACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATc > 1:929345/1‑36 (MQ=255) aatggaaACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTg > 1:702912/1‑55 (MQ=255) gaaACTGGCACTACCGTTGCACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGtcac > 1:2646398/1‑69 (MQ=255) gaaACTGGCACTACCGTTGCACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGtcac > 1:1016794/1‑69 (MQ=255) aaaCTGGCACTACCGTTGCACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGtcac < 1:351759/70‑3 (MQ=255) aaaCTGGCACTACCGTTGCACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCAcc < 1:1189360/71‑1 (MQ=255) 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1:938035/71‑1 (MQ=255) ctgccgctgcATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTc < 1:2020396/71‑1 (MQ=255) taccgttgcACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGATTCAGTcc > 1:2225747/3‑70 (MQ=255) ccgctgcATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGAtt > 1:3817749/1‑63 (MQ=255) cATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTgcagca < 1:2173391/69‑1 (MQ=255) ccGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGAcgc > 1:2260819/1‑71 (MQ=255) ccGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGAcgc > 1:3561121/1‑71 (MQ=255) cGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGAcgcg > 1:1220806/1‑71 (MQ=255) cGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGAcgc < 1:1796500/70‑1 (MQ=255) aaTATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGt > 1:2036560/1‑54 (MQ=255) aaTATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGt > 1:3003653/1‑54 (MQ=255) aaTATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGt > 1:821570/1‑54 (MQ=255) aaTACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGATTCAGTCCTACGCAGATGCgggc < 1:1275251/71‑2 (MQ=255) aaTACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGATTCAGTCCTACGCAGATGCggg < 1:3741691/70‑1 (MQ=255) aaTACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGATTCAGTCCTACGCAGATGCggg < 1:3119297/70‑1 (MQ=255) atatCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGt > 1:2564366/1‑70 (MQ=255) tCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGAcgc < 1:3129493/63‑1 (MQ=255) | CCGCACAGCAGTCGCCGGTTTATAAAATGGCAATGGAATGGAAACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGT > minE/836253‑836389 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |