| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 836,356 | T→G | 22.1% | P358P (CCT→CCG) | narH → | nitrate reductase 1, beta (Fe‑S) subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 836,356 | 0 | T | G | 22.1% | 81.5 / 36.0 | 59 | P358P (CCT→CCG) | narH | nitrate reductase 1, beta (Fe‑S) subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/22); new base G (7/6); total (31/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.51e-01 | |||||||||||
TGGAATGGAAACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAACGGCATTCTGCCAGACGTCGA > minE/836286‑836424 | tggaatggaaACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCct > 1:2348671/1‑71 (MQ=255)tggaatggaaACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCct < 1:1179151/71‑1 (MQ=255) gaatggaaACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCctct > 1:1978771/1‑71 (MQ=255) gaaACTGGCACTACCGTTGCACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGtcac > 1:1016794/1‑69 (MQ=255) gaaACTGGCACTACCGTTGCACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGtcac > 1:2646398/1‑69 (MQ=255) aaaCTGGCACTACCGTTGCACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGtcac < 1:351759/70‑3 (MQ=255) aaaCTGGCACTACCGTTGCACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCAcc < 1:1189360/71‑1 (MQ=255) aaCTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTcc > 1:2183290/1‑70 (MQ=255) aaCTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCg < 1:468770/71‑1 (MQ=255) aaCTGGCACTACCGTTGCACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTTCGTTCCTCCGCTGTCAcc > 1:1117825/1‑70 (MQ=255) aaCTGGCACTACCGTTGCACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCAcc > 1:2949734/1‑70 (MQ=255) aaCTGGCACTACCGTTGCACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCAcc > 1:193198/1‑70 (MQ=255) cTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGAt > 1:1096156/1‑71 (MQ=255) cTGGCACTACCGTTGCACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGAt > 1:2563832/1‑71 (MQ=255) gctctgccgctgcATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCa < 1:1037688/68‑1 (MQ=255) gcgcTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCa < 1:938035/71‑1 (MQ=255) ctgccgctgcATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTc < 1:2020396/71‑1 (MQ=255) taccgttgcACCCTGAATACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGATTCAGTcc > 1:2225747/3‑70 (MQ=255) ccgctgcATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGAtt > 1:3817749/1‑63 (MQ=255) cATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTgcagca < 1:2173391/69‑1 (MQ=255) ccGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGAcgc > 1:3561121/1‑71 (MQ=255) ccGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGAcgc > 1:2260819/1‑71 (MQ=255) cGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGAcgcg > 1:1220806/1‑71 (MQ=255) cGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGAcgc < 1:1796500/70‑1 (MQ=255) aaTATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGt > 1:2036560/1‑54 (MQ=255) aaTATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGt > 1:3003653/1‑54 (MQ=255) aaTATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGt > 1:821570/1‑54 (MQ=255) aaTACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGATTCAGTCCTACGCAGATGCgggc < 1:1275251/71‑2 (MQ=255) aaTACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGATTCAGTCCTACGCAGATGCggg < 1:3741691/70‑1 (MQ=255) aaTACCGCACCCTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGATTCAGTCCTACGCAGATGCggg < 1:3119297/70‑1 (MQ=255) atatCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGt > 1:2564366/1‑70 (MQ=255) tCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGAcgc < 1:3129493/63‑1 (MQ=255) cGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTg < 1:247632/52‑1 (MQ=255) gCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTg > 1:1712031/1‑71 (MQ=255) acTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTgcagca < 1:146365/52‑1 (MQ=255) cTGCCGATGGTCTGGTACGTTCCTCCGCTGTCACCGATTCAGTcc < 1:846643/45‑2 (MQ=255) cTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCa > 1:234595/1‑41 (MQ=255) tGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAg > 1:964562/1‑70 (MQ=255) ccGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGc < 1:631065/69‑1 (MQ=255) ccGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCa < 1:3462616/70‑1 (MQ=255) gATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTgg < 1:1928373/62‑1 (MQ=255) gATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAACg < 1:579703/71‑1 (MQ=255) aTGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTa > 1:2971127/1‑64 (MQ=255) aTGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTa > 1:1195306/1‑64 (MQ=255) aTGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTa > 1:3748732/1‑64 (MQ=255) aTGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTa > 1:2695018/1‑64 (MQ=255) aTGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAAc > 1:2731176/1‑69 (MQ=255) ggTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTgcagca > 1:3326930/1‑43 (MQ=255) ggTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTgcagca > 1:3379391/1‑43 (MQ=255) tGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAACGGCATTCt > 1:1183955/1‑71 (MQ=255) ggTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCaa < 1:2740904/61‑1 (MQ=255) ggTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCaa < 1:2762203/61‑1 (MQ=255) gTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGAcgc < 1:3129222/42‑1 (MQ=255) gTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGAAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAACGGCATTCTGc < 1:814513/71‑1 (MQ=255) tACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAACGGCATTCTGcc < 1:3198261/71‑1 (MQ=255) aCGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAACGGCATTCTGc > 1:1038961/1‑69 (MQ=255) cGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGc < 1:1150529/55‑1 (MQ=255) cGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAACGGCATTCTGc > 1:3051842/1‑68 (MQ=255) tGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAACGGCATTCTGCCAGAc < 1:2780234/71‑1 (MQ=255) ccgccTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAACGGCATTCTGCCAGACg < 1:1021084/70‑1 (MQ=255) ccgccTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAACGGCATTCTGCCAGACg < 1:1455609/70‑1 (MQ=255) ccTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAACGGCATTCTGCCAGACGTCg > 1:273998/1‑70 (MQ=255) ctctGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAACGGCATTCTGCCAGACGTCGa > 1:272050/1‑70 (MQ=255) | TGGAATGGAAACTGGCGCTGCCGCTGCATCCGGAATATCGCACACTGCCGATGGTCTGGTACGTGCCGCCTCTGTCTCCGATTCAGTCTGCAGCAGACGCGGGTGAGCTGGGTAGCAACGGCATTCTGCCAGACGTCGA > minE/836286‑836424 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |