| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 845,737 | T→C | 15.5% | Y178H (TAC→CAC) | tdk → | thymidine kinase/deoxyuridine kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 845,737 | 0 | T | C | 15.5% | 200.0 / 26.6 | 85 | Y178H (TAC→CAC) | tdk | thymidine kinase/deoxyuridine kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/45); new base C (6/7); total (33/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
CTGCGTCTTGATCAAGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTAACGGCTATTCAGGAAAG > minE/845668‑845807 | ctgcGTCTTGATCAAGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGAt < 1:1727565/70‑1 (MQ=255)ctgcGTCTTGATCAAGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGAt < 1:2472560/70‑1 (MQ=255)ctgcGTCTTGATCAAGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATa > 1:1837167/1‑71 (MQ=255)ctgcGTCTTGATCAAGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATa > 1:3319779/1‑71 (MQ=255)ctgcGTCTTGATCAAGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATa > 1:3916514/1‑71 (MQ=255)ctgcGTCTTGATCAAGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATa > 1:2145379/1‑71 (MQ=255) tCTTGATCAAGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGttt < 1:1654337/71‑1 (MQ=255) gATCAAGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTTGTAATGAACGATACGTTTCTg < 1:2536415/70‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGc < 1:2517442/71‑1 (MQ=255) aGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGt < 1:3236061/71‑1 (MQ=255) ggTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGtt < 1:2909637/71‑1 (MQ=255) ggTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGtt < 1:3675158/71‑1 (MQ=255) ggTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGtt < 1:3774791/71‑1 (MQ=255) gTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAagag < 1:3203871/65‑1 (MQ=255) gTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAgg > 1:3182896/1‑66 (MQ=255) gTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTa > 1:409591/1‑71 (MQ=255) tGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCg < 1:2573377/48‑1 (MQ=255) tGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCg < 1:1576448/48‑1 (MQ=255) tGAGCAGGTGGTAATTGGTGATAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCg < 1:120864/48‑1 (MQ=255) gAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCt > 1:247525/1‑39 (MQ=255) aGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCg < 1:3878341/46‑1 (MQ=255) gtggtAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGa < 1:703032/71‑1 (MQ=255) tggtAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGa > 1:928746/1‑70 (MQ=255) tggtAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGAc < 1:3874555/71‑1 (MQ=255) gtAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTc < 1:770858/71‑1 (MQ=255) gtAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTc < 1:3764517/71‑1 (MQ=255) tAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGc < 1:45891/55‑1 (MQ=255) tAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTc < 1:1073106/70‑1 (MQ=255) aaTTGGTTGTAATGAACTATAAGTTTCTGTATGCCGTAAACACtata < 1:3111250/47‑1 (MQ=255) aTTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCAtt < 1:3051913/71‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |