| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,014,677 | G→A | 29.6% | G464G (GGC→GGT) | fumA ← | aerobic Class I fumarate hydratase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,014,677 | 0 | G | A | 29.6% | 76.1 / 37.9 | 54 | G464G (GGC→GGT) | fumA | aerobic Class I fumarate hydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (15/23); new base A (5/11); total (20/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.98e-01 | |||||||||||
ACCACCGATACTGCCAAGGTAGAAGCCGCCGTGTTTTTTACAGGCATCCGTCACCTGCTGGCTGCGGTTGCCTTTCGCCAGCATGATCATACTTCCGCCCTGCGCTTGCAGTTGATCGACATAAGAATCCATCCGT > minE/1014608‑1014743 | accaccGATACTGCCAAGGTAGAAGCCGCCGTGTTTTTTACAGGCATCCGTCACCTGCTGGCTGCGGTTGc < 1:1255534/71‑1 (MQ=255)accaccGATACTGCCAAGGTAGAAGCCGCCGTGTTTTTTACAGGCATCCGTCACCTGCTGGCTGCGGTTGc < 1:2117837/71‑1 (MQ=255)accaccGATACTGCCAAGGTAGAAGCCGCCGTGTTTTTTACAGGCATCCGTCACCTGCTGGCTGCGGTTGc > 1:2014914/1‑71 (MQ=255) gccGATGCTACCGAGGTAGAAGCCGCCGTGTTTATGACACGCGTCGGTAACCTGCTGACTGCGGTTACCtt < 1:1882317/70‑1 (MQ=255) ccGATGCTACCGAGGTAGAAGCCGCCGTGTTTATGACACGCGTCGGTAACCTGCTGACTGCGGTTACCttt > 1:3632253/1‑71 (MQ=255) cGATACTGCCAAGGTAGAAGCCGCCGTGTTTTTTACAGGCATCCGTCACCTGCTGGCTGCGGTTGCCTTTc < 1:3375926/71‑1 (MQ=255) cGATACTGCCAAGGTAGAAGCCGCCGTGTTTTTTACAGGCATCCGTCACCTGCTGGCTGCGGTTGCCTTTc < 1:3852099/71‑1 (MQ=255) tACTGCCAAGGTAGAAGCCGCCGTGTTTTTTACAGGCATCCGTCACCTGCTGGCTGCGGTTGCCTTTCGcc < 1:1266158/71‑1 (MQ=255) tGCCAAGGTAGAAGCCGCCGTGTTTTTTACAGGCATCCGTCACCTGCTGGCTGCGGTTGCCtt < 1:65776/63‑1 (MQ=255) ccgaGGTAGAAGCCGCCGTGTTTATGACACGCGTCGGTAACCTGCTGACTGCGGTTACCTTTCGCCAGCAt < 1:2384966/68‑1 (MQ=255) ccgaGGTAGAAGCCGCCGTGTTTATGACACGCGTCGGTAACCTGCTGACTGCGGTTACCTTTCGCCAGCAt < 1:1872678/68‑1 (MQ=255) ccAAGGTAGAAGCCGCCGTGTTTTTTACAGGCATCCGTCACCTGCTGGCTGCGGTTGCCTTTCGCCAGCAt > 1:1803096/1‑71 (MQ=255) cAAGGTAGAAGCCGCCGTGTTTTTTACAGGCATCCGTCACCTGCTGGCTGCGGTTGCCTTTCGCCAGCATg < 1:208981/71‑1 (MQ=255) aGGTAGAAGCCGCCGTGTTTTTTACAGGCATCCGTCACCTGCTGGCTGCGGTTGCCTTTCGCCAGCATGAt < 1:113469/71‑1 (MQ=255) ggTAGAAGCCGCCGTGTTTTTTACAGGCATCCGTCACCTGCTGGCTGCGGTTGCCTTTCGCCAGCATGAt > 1:2152047/1‑70 (MQ=255) aGAAGCCGCCGTGTTTATGACACGCGTCGGTAACCTGCTGACTGCGGTTACCTTTCGCCAGCATGATCa < 1:1381217/69‑1 (MQ=255) aGAAGCCGCCGTGTTTATGACACGCGTCGGTAACCTGCTGACTGCGGTTACCTTTCGCCAGCATGATCAtg > 1:2552918/1‑70 (MQ=255) gAAGCCGCCGTGTTTATGACACGCGTCGGTAACCTGCTGACTGCGGTTACCTTTCGCCAGCATGATCAtgc > 1:582794/1‑69 (MQ=255) aGCCGCCGTGTTTTTTACAGGCATCCGTCACCTGCTGGCTGCGGTTGCCTTTCGCCAGCATGATCATACtt < 1:2708418/71‑1 (MQ=255) gccgccGTGTTTATGACACGCGTCGGTAACCTGCTGACTGCGGTTACCTTTCGCCAGCATGATCATGCtgc > 1:2210878/1‑69 (MQ=255) cgccgTGTTTTTTACAGGCATCCGTCACCTGCTGGCTGCGGTTGCCTTTCGCCAGCATGATCATACTTCCg > 1:3283334/1‑71 (MQ=255) cgccgTGTTTATGACACGCGTCGGTAACCTGCTGACTGCGGTTACCTTTCGCCAGCATGATCATGCTGCCg > 1:520368/1‑71 (MQ=255) cgTGTTTATGACACGCGTCGGTAACCTGCTGACTGCGGTTACCTTTCGCCAGCAt < 1:971827/55‑1 (MQ=255) gtgtTTTTTACAGGCATCCGTCACCTGCTGGCTGCGGTTGCCTTTCGCCAGCATGATCATACTTCCGCCCt < 1:2036719/71‑1 (MQ=255) gtgtTTTTTACAGGCATCCGTCACCTGCTGGCTGCGGTTGCCTTTCGCCAGCATGATCATACTTCCGCCCt > 1:3815333/1‑71 (MQ=255) ttttttACAGGCATCCGTCACCTGCTGGCTGCGGTTGCCTTTCGCCAGCATGATCATACTTCCg > 1:434409/1‑64 (MQ=255) ttttACAGGCATCCGTCACCTGCTGGCTGCGGTTGCCTTTCGCCAGCATGATCATACTTCCGCCCt > 1:2609980/1‑66 (MQ=255) ttACAGGCATCCGTCACCTGCTGGCTGCGGTTGCCTTTCGCCAGCATGATCATACTTc > 1:3651580/1‑58 (MQ=255) tACAGGCATCCGTCACCTGCTGGCTGCGGTTGCCTTTCGCCAGCATGATCATACTTCCGCCCTGCGCTTg < 1:407881/70‑1 (MQ=255) acacGCGTCGGTAACCTGCTGACTGCGGTTACCTTTCGCCAGCATGATCATGCTGCCGCCGTGGGATTGc < 1:3720889/70‑1 (MQ=255) aCAGGCATCCGTCACCTGCTGGCTGCGGTTGCCTTTCGCCAGCATGATCATACTTCCGCCCTGCGCTTGc < 1:1571079/70‑1 (MQ=255) aCAGGCATCCGTCACCTGCTGGCTGCGGTTGCCTTTCGCCAGCATGATCATACTTCCGCCCTGCCCTTGc < 1:2075309/70‑1 (MQ=255) gCATCCGTCACCTGCTGGCTGCGGTTGCCTTTCGCCAGCATGATCATACTTCCGCCCTGCGCTTGCAGtt > 1:3113426/1‑70 (MQ=255) gCATCCGTCACCTGCTGGCTGCGGTTGCCTTTCGCCAGCATGATCATACTTCCGCCCTGCGCTTGCAGt > 1:1543762/1‑69 (MQ=255) cATCCGTCACCTGCTGGCTGCGGTTGCCTTTCGCCAGCATGATCATACTTCCGCCCTGCGCTTGCAGTTGa < 1:3804464/71‑1 (MQ=255) aTCCGTCACCTGCTGGCTGCGGTTGCCTTTCGCCAGCATGATCATACTTCCGCCCTGCGCTTGCAGtt < 1:3298396/68‑1 (MQ=255) tCCGTCACCTGCTGGCTGCGGTTGCCTTTCGCCAGCATGATCATACTTCCGCCCTGCGCTTGCAGTTGATc > 1:2074443/1‑71 (MQ=255) taaCCTGCTGACTGCGGTTACCTTTCGCCAGCATGATCATGCTGCCGCCGTGGGATTGCAGCAGATCCAcg < 1:3545738/69‑2 (MQ=255) aCCTGCTGACTGCGGTTACCTTTCGCCAGCATGATCATGCTGCCGCCGTGGGATTGCAGCAGATCCACGTa < 1:928210/71‑1 (MQ=255) ctgctgGCTGCGGTTGCCTTTCGCCAGCATGATCATACTTCCGCCCTGCGCtt > 1:3947847/1‑53 (MQ=255) gctggctgCGGTTGCCTTTCGCCAGCATGATCATACTTCCGCCCTGCGCTTGCAGTTGATCGACATAAGaa > 1:345416/1‑71 (MQ=255) ctggctgCGGTTGCCTTTCGCCAGCATGATCATACTTCCGCCCTGCGCTTGCAGTTGATCGACATAAGa < 1:3414534/69‑1 (MQ=255) ctggctgCGGTTGCCTTTCGCCAGCATGATCATACTTCCGCCCTGCGCTTGCAGTTGATCGACATAAGa < 1:3387460/69‑1 (MQ=255) ctggctgCGGTTGCCTTTCGCCAGCATGATCATACTTCCGCCCTGCGCTTGCAGTTGATCGACATAAGa < 1:3302231/69‑1 (MQ=255) gctgCGGTTGCCTTTCGCCAGCATGATCATACTTCCGCCCTGCGCTTGCAGTTGATCGa < 1:2970784/59‑1 (MQ=255) gctgCGGTTGCCTTTCGCCAGCATGATCATACTTCCGCCCTGCGCTTGCAGTTGATCGACATAAGAatcc < 1:664677/70‑1 (MQ=255) actgCGGTTACCTTTCGCCAGCATGATCATGCTGCCGCCGTGGGATTGCAGCAGATCCACGTAGGAgtcca < 1:3597046/70‑1 (MQ=255) ctgCGGTTACCTTTCGCCAGCATGATCATGCTGCCGCCGTGGGATTGCAGCAGATCCACGTAGGAgtccat < 1:1565129/71‑1 (MQ=255) tgCGGTTGCCTTTCGCCAGCATGATCATACTTCCGCCCTGCGCTTGCAGTTGATCGACATAAGAatccgtc > 1:453332/1‑71 (MQ=255) tgCGGTTACCTTTCGCCAGCATGATCATGCTGCCGCCGTGGGATTGCAGCAGATCCACGTAGGAgtcc < 1:1060785/68‑1 (MQ=255) cGGTTGCCTTTCGCCAGCATGATCATACTTCCGCCCTGCGCTTGCAGTTGATCGACATAAGAATCCAtccg > 1:2532283/1‑71 (MQ=255) ggTTGCCTTTCGCCAGCATGATCATACTTCCGCCCTGCGCTTGCAGTTGATCGACATAAGAATCCAtccgt < 1:816599/71‑1 (MQ=255) ttGCCTTTCGCCAGCATGATCATACTTCCGCCCTg < 1:2417451/35‑1 (MQ=255) ttGCCTTTCGCCAGCATGATCATACTTCCGCCCTg < 1:2065873/35‑1 (MQ=255) gCCTTTCGCCAGCATGATCATACTTCCGCCCTGCGCTTGCAGTTGATCGACATAAGAatc < 1:2955553/60‑1 (MQ=255) | ACCACCGATACTGCCAAGGTAGAAGCCGCCGTGTTTTTTACAGGCATCCGTCACCTGCTGGCTGCGGTTGCCTTTCGCCAGCATGATCATACTTCCGCCCTGCGCTTGCAGTTGATCGACATAAGAATCCATCCGT > minE/1014608‑1014743 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |