| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | minE | 2542293 = | 41 (0.700) | 8 (0.160) | 6/86 | NT | 18.9% | coding (131/1074 nt) | rfaK | lipopolysaccharide core biosynthesis |
| ? | minE | 2542315 = | 34 (0.680) | coding (153/1074 nt) | rfaK | lipopolysaccharide core biosynthesis | |||||
CTTTACTATAAAGTTCACGATAAATCGAACTTAATACAATTAGATCACCAAGTTTATTATT‑A‑TCATGAATAATAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < minE/2542367‑2542293‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aataataaACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGAACTTTATAGTAAAGGGGTTAAAATAACTCT > minE/2542315‑2542383 CTTTACTATAAAGTTCACGATAAATCGAACTTAATACAATTAGATCACCAAGTTTATTATT‑A‑TCATGAAT > 1:757170/1‑70 TTTACTATAAAGTTCACGATAAATCGAACTTAATACAATTAGATCACCAAGTTTATTATT‑A‑TCATGAA < 1:2145559/68‑1 TTTACTATAAAGTTCACGATAAATCGAACTTAATACAATTAGATCACCAAGTTTATTATT‑A‑TCATGAA < 1:1719156/68‑1 TACTATAAAGTTCACGATAAATCGAACTTAATACAATTAGATCACCAAGTTTATTATT‑A‑TCATGAATAAT > 1:976261/1‑70 TACTATAAAGTTCACGATAAATCGAACTTAATACAATTAGATCACCAAGTTTATTATT‑A‑TCATGAATAAT < 1:202911/70‑1 TACTATAAAGTTCACGATAAATCGAACTTAATACAATTAGATCACCAAGTTTATTATT‑A‑TCATGAATAAT < 1:2289803/70‑1 TAAAGTTCACGATAAATCGAACTTAATACAATTAGATCACCAAGTTTATTATTCA‑TGAT‑AATAATAAAC < 1:336542/69‑1 TAAAGTTCACGATAAATCGAACTTAATACAATTAGATCACCAAGTTTATTATT‑A‑TCATGAATAAT > 1:3736632/1‑65 AAGTTCACGATAAATCGAACTTAATACAATTAGATCACCAAGTTTATTATTCA‑TGAT‑AATAATAAA > 1:1839495/1‑66 AGTTCACGATAAATCGAACTTAATACAATTAGATCACCAAGTTTATTATT‑A‑TCATGAAaa < 1:3051870/60‑3 AGTTCACGATAAATCGAACTTAATACAATTAGATCACCAAGTTTATTATT‑A‑TCATGAATA < 1:3101294/60‑1 AGTTCACGATAAATCGAACTTAATACAATTAGATCACCAAGTTTATTATT‑A‑TCATGAATA < 1:2111516/60‑1 TTCACGATAAATCGAACTTAATACAATTAGATCACCAAGTTTATTATT‑A‑TCATGAATA < 1:1146217/58‑1 TTAATACAATTAGATCACCAATTTTATTATT‑ATTCATGAta < 1:2091702/41‑3 TTAATACAATTAGATCACCAAGTTTATTATT‑ATTCATGAta < 1:2393543/41‑3 TTAATACAATTAGATCACCAAGTTTATTATT‑ATTCATGAta < 1:1949472/41‑3 gtgTATTATT‑A‑TCATGAATAATAAACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGAACTTTA > 1:1596930/4‑69 TATTATT‑A‑TCATGAATAATAAACTTGGTGATCTAATTGTt < 1:2792735/40‑2 TATTATT‑A‑TCATGAATAATAAACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGAACTTTA > 1:158030/1‑66 TATTATT‑A‑TCATGAATAATAAACTTGGTGATCTAATTGTA < 1:3377231/40‑1 TATTATT‑A‑TCATGAATAATAAACTTGGTGATCTAATTGTA < 1:2207059/40‑1 TATTATT‑A‑TCATGAATAATAAACTTGGTGATCTAATTGTA < 1:2759419/40‑1 TTATT‑A‑TCATGAATAATAAACTTGGTGATCTAATTGTATT > 1:740851/1‑40 A‑TCATGAATAATAAACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTAT > 1:3634532/1‑48 ATAATAAACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGAACTTTATAGTAAAGGGGTTAAAAT > 1:205548/1‑70 ATAATAAACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGAACTTTATAGTAAAGGGGTTAAAAT > 1:1929240/1‑70 TAATAAACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGAACTTTATAGTAAAGGGGTTAAAATAA > 1:2120694/1‑71 TAATAAACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGAACTTTATAGTAAAGGGGTTAAAATAA > 1:2626246/1‑71 TAATAAACTTAGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGAACTTTATAGTAAAGGGGTTAAAATAA > 1:1412267/1‑71 AATAAACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCTATTT < 1:1027451/37‑1 AATAAACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGAACTTTATAGTAAAGGGGTTAAAATAAC > 1:3208263/1‑71 AATAAACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGAACTTTATAGTAAAGGGGTTAAAATAAC > 1:38097/1‑71 ATAAACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGAACTTTA < 1:1934269/49‑1 TAAACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGAACTTTATAGTAAAGGGGTTAAAATAACTC > 1:2098493/1‑71 TAAACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGAACTTTATAGTAAAGGGGTTAAAATAACTC < 1:2018464/71‑1 TAAACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGAACTTTATAGTAAAGGGGTTAAAATAACTC > 1:1243554/1‑71 TAAACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGAACTTTATAGTAAAGGGGTTAAAATAACTC > 1:1239069/1‑71 AAACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGAACTTTATAGTAAAGGGGTTAAAATAACTCT > 1:112631/1‑71 CTTTACTATAAAGTTCACGATAAATCGAACTTAATACAATTAGATCACCAAGTTTATTATT‑A‑TCATGAATAATAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < minE/2542367‑2542293‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aataataaACTTGGTGATCTAATTGTATTAAGTTCGATTTATCGTGAACTTTATAGTAAAGGGGTTAAAATAACTCT > minE/2542315‑2542383 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |