| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | minE | 1000972 = | 54 (0.920) | 4 (0.080) | 3/90 | NT | 8.2% | coding (221/366 nt) | mdtJ | multidrug efflux system transporter |
| ? | minE | 1001000 = | 42 (0.810) | coding (193/366 nt) | mdtJ | multidrug efflux system transporter | |||||
CGACCAGGGTGGTTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAAACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGTAATAAATAAAATACCGATACCTTCCCACAGCGCATAAGCTACGCCTAAGGCGATTTTTTTAA > minE/1000904‑1001038 | cGACCAGGGTGGTTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAAACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACa < 1:3306740/69‑1 (MQ=255) aCCAGGGTGGTTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAAACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAg > 1:635776/1‑69 (MQ=255) ccAGGGTGGTTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAAACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGt > 1:3270274/1‑70 (MQ=255) tcgtatatatttctctctttcgccgttaaaaaaatcgccttaggcgtagcttatgcgctgtgggAAGGta > 1:3262726‑M1/65‑70 (MQ=255) gcgtatatatttctctctttcgccgttaaaaaaatcgccttaggcgtagcttatgcgctgtgggAAGGtaa < 1:3228926‑M1/7‑1 (MQ=255) gcgtatatatttctctctttcgccgttaaaaaaatcgccttaggcgtagcttatgcgctgagggAAGGtaa < 1:3007029‑M1/7‑1 (MQ=255) gggTGGTTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAAACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaat > 1:982492/1‑70 (MQ=255) gggTGGTTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAAACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaat > 1:2828286/1‑70 (MQ=255) gtTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAAACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGTAataaataa < 1:2907230/71‑1 (MQ=255) ttAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAAACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa < 1:2122346/66‑1 (MQ=255) ttAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAAACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGtaataa < 1:2574179/66‑1 (MQ=255) ttAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAAACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGTAAtaaataaa < 1:542106/71‑1 (MQ=255) tAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAAACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGTAATaaataaaa > 1:1108423/1‑71 (MQ=255) aaCCCGGCAATTTTCATCAGCGATAAACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGTAAtaaaaaaa > 1:222891/1‑69 (MQ=255) aaCCCGGCAATTTTCATCAGCGATAAACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGTAATaaataaaa > 1:3084535/1‑70 (MQ=255) aaCCCGGCAATTTTCATCAGCGATAAACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGTAATaaataaaa > 1:596807/1‑70 (MQ=255) aCCCGGCAATTTTCATCAGCGATAAACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGTAATaaataaaat < 1:482998/70‑1 (MQ=255) cccGGCAATTTTCATCAGCGATAAACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGTAATAAATAAAATAc > 1:2587165/1‑71 (MQ=255) ccGGCAATTTTCATCAGCGATAAACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGTAATAAATAAAATAcc > 1:3428263/1‑71 (MQ=255) ctctttcgccgttaaaaaaatcgccttaggcgtagcttatgcgctgtgggAAGGta > 1:2591142‑M1/51‑56 (MQ=255) cGGCAATTTTCATCAGCGATAAACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGTAATAAATAAAATACCg < 1:1736615/71‑1 (MQ=255) cGGCAATTTTCATCAGCGATAAACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGTAATAAATAAAATACCg < 1:1594520/71‑1 (MQ=255) gCAATTTTCATCAGCGATAAACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGTAATAAATAAAATAc > 1:744065/1‑67 (MQ=255) cAATTTTCATCAGCGATAAACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGTAATAAATAAAATACCGATa > 1:343770/1‑71 (MQ=255) aTTTTCATCAGCGATAAACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGTTAATaaataaaataa > 1:1310998/1‑63 (MQ=255) aTTTTCATCAGCGATAAACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGTAATAAATAAAATAc > 1:3658570/1‑64 (MQ=255) ttttCATCAGCGATAAACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGTAATAAATAAAATACCGATAcc > 1:2779726/1‑70 (MQ=255) ttCATCAGCGATAAACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACaa > 1:1486956/1‑44 (MQ=255) ttCATCAGCGATAAACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACaa > 1:579763/1‑44 (MQ=255) ttCATCAGCGATAAACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGt > 1:3031150/1‑47 (MQ=255) ttCATCAGCGATAAACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGTAATAAATAAAATACCGa > 1:1779799/1‑64 (MQ=255) ttCATCAGCGATAAACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGTAATAAATAAAATACCGa > 1:1487398/1‑64 (MQ=255) ccgttaaaaaaatcgccttaggcgtagcttatgcgctgtgggAAGGTAATAAATAAAATACCGTTACCtt > 1:963846‑M1/43‑70 (MQ=255) gttaaaaaaatcgccttagtcgtagcttatgcgctgtgggAAGGTAATAAATAAAATACCg > 1:1490189‑M1/41‑61 (MQ=255) aGCGATAAACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGTAATAAATAAAATACCGATACCTTCCcaca > 1:3015280/1‑70 (MQ=255) aGCGATAAACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGTAATAAATAAAATACCGATACCTTCCcaca < 1:470469/70‑1 (MQ=255) gCGATAAACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGTAATAAATAAAATACCGATACCTTCCcaca < 1:680548/69‑1 (MQ=255) cGATAAACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGTAAtaaataaa > 1:1034783/1‑49 (MQ=255) aTAAACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGt < 1:750134/37‑1 (MQ=255) aTAAACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGt < 1:1724188/37‑1 (MQ=255) aTAAACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGt < 1:3233888/37‑1 (MQ=255) aTAAACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGTAATAAATAAAATACCGATACCTTCCCACAGCGCa < 1:1510787/71‑1 (MQ=255) aTAAACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGTAATAAATAAAATACCGATACCTTCCCACAGCGCa > 1:871599/1‑71 (MQ=255) tAAACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGTAATAAATAAAATACCGATACCTTCCCACAGCGCa < 1:3687268/70‑1 (MQ=255) aaaCTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGTAATAAATAAAATACCGATACCTTCCCACAGCGCAt > 1:230443/1‑70 (MQ=255) cgtcgAATAACAAAACGCTAAACAAGGTAATaaataaaa > 1:2886448/1‑39 (MQ=255) cgtcgAATAACAAAACGCTAAACAAGGTAATaaataaaa > 1:3737645/1‑39 (MQ=255) cgtcgAATAACAAAACGCTAAACAAGGTAATaaataaaa > 1:2010636/1‑39 (MQ=255) cgtcgAATAACAAAACGCTAAACAAGGTAATaaataaaa > 1:3263991/1‑39 (MQ=255) cgtcgAATAACAAAACGCTAAACAAGGTAATAAATAAAATACCg < 1:1653330/44‑1 (MQ=255) cgtcgAATAACAAAACGCTAAACAAGGTAATAAATAAAATACCGATACCTTCCCACAGCGCATAAGCTAc < 1:1039388/70‑1 (MQ=255) cgAATAACAAAACGCTAAACAAGGTAATAAATAAAATACCGATACCTTCCCACAGCGCATAAGCTACGcc > 1:1955784/1‑70 (MQ=255) gtagcttatgcgctgtgggAAGGTAATAAATAAAATACCGATAcc > 1:2886292‑M1/20‑45 (MQ=255) gtagcttatgcgctgtgggAAGGTAATAAATAAAATACCGATAcc > 1:853580‑M1/20‑45 (MQ=255) gAATAACAAAACGCTAAACAAGGTAATAAATAAAATACCGATACCTTCCCACAGCGCATAAGCTACGCCTa < 1:694894/71‑1 (MQ=255) gAATAACAAAACGCTAAACAAGGTAATAAATAAAATACCGATACCTTCCCACAGCGCATAAGCTACGCCTa < 1:668962/71‑1 (MQ=255) aaTAACAAAACGCTAAACAAGGTAATAAATAAAATACCGATACCTTCCCACAGCGCATAAGCTACGCCt < 1:3404649/69‑1 (MQ=255) aaTAACAAAACGCTAAACAAGGTAATAAATAAAATACCGATACCTTCCCACAGCGCATAAGCTACGCCt < 1:3690004/69‑1 (MQ=255) aaTAACAAAACGCTAAACAAGGTAATAAATAAAATACCGATACCTTCCCACAGCGCATAAGCTACGCCTaa < 1:855095/71‑1 (MQ=255) aaTAACAAAACGCTAAACAAGGTAATAAATAAAATACCGATACCTTCCCACAGCGCATAAGCTACGCCTaa < 1:1125592/71‑1 (MQ=255) aTAACAAAACGCTAAACAAGGTAATAAATAAAATACCGATACCTTCCCACAGCGCATAAGCTACGCCTAAg < 1:2982584/71‑1 (MQ=255) tAACAAAACGCTAAACAAGGTAATAAATAAAATACCGATACCTTCCCACAGCGCATAAGCTACGCCTaa > 1:1807542/1‑69 (MQ=255) aCAAAACGCTAAACAAGGTAATAAATAAAATACCGATACCTTCCCACAGCGCATAAGCTACGCCTAAGGc < 1:2456244/70‑1 (MQ=255) aCAAAACGCTAAACAAGGTAATAAATAAAATACCGATACCTTCCCACAGCGCATAAGCTACGCCTAAGGc > 1:2139777/1‑70 (MQ=255) cAAAACGCTAAACAAGGTAATAAATAAAATACCGATACCTTCCCACAGCGCATAAGCTACGCCTAAGGCGa > 1:324311/1‑71 (MQ=255) aaaCGCTAAACAAGGTAATAAATAAAATACCGATACCTTCCCACAGCGCATAAGCTACGCCTAAgg > 1:1851518/1‑66 (MQ=255) aaaCGCTAAACAAGGTAATAAATAAAATACCGATACCTTCCCACAGCGCATAAGCTACGCCTAAGGCGAtt > 1:1214694/1‑71 (MQ=255) aCGCTAAACAAGGTAATAAATAAAATACCGATACCTTCCCACAGCGCATAAGCTACGCCTAAGGCGAtttt > 1:1427518/1‑71 (MQ=255) gCTAAACAAGGTAATAAATAAAATACCGATACCTTCCCACAGCGCATAAGCTACGCCTaa < 1:2689594/60‑1 (MQ=255) gCTAAACAAGGTAATAAATAAAATACCGATACCTTCCCACAGCGCATAAGCTACGCCTaa < 1:3445014/60‑1 (MQ=255) cTAAACAAGGTAATAAATAAAATACCGATACCTTCCCACAGCGCATAAGCTACGCCTAAGGCGAttttttt < 1:220762/71‑1 (MQ=255) tAAACAAGGTAATAAATAAAATACCGATACCTTCCCACAGCGCATAAGCTACGCCTAAgg > 1:2026410/1‑60 (MQ=255) aaCAAGGTAATAAATAAAATACCGATACCTTCCCACAGCGCATAAGCTACGCCTAAGGCGATTTTTTTaa < 1:1037241/70‑1 (MQ=255) | CGACCAGGGTGGTTAACCCGGCAATTTTCATCAGCGATAAACTTTCGTCGAATAACAAAACGCTAAACAAGGTAATAAATAAAATACCGATACCTTCCCACAGCGCATAAGCTACGCCTAAGGCGATTTTTTTAA > minE/1000904‑1001038 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |