| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | minE | 2684302 = | 58 (0.980) | 7 (0.130) | 3/90 | NT | 13.2% | intergenic (‑18/‑210) | greB/ompR | transcription elongation factor/DNA‑binding response regulator in two‑component regulatory system with EnvZ |
| ? | minE | 2684350 = | 41 (0.790) | intergenic (‑66/‑162) | greB/ompR | transcription elongation factor/DNA‑binding response regulator in two‑component regulatory system with EnvZ | |||||
CTCTTGTTTGAGTTTTTCATACCCTTCCCGGGTAACCAGGGGCGTTTTCATCTCGTTGATTCCCTTTGTCTGTTTGATAATGCGCACATTGGGTATAACGTGATCATATCAACAGAATCAATAATGTTTCGCCGAATA > minE/2684234‑2684371 | ctaaattgttacaaagcatattaaacagcagcttaagtatacaatttattcggcgaaacattattgatTCt > 1:78053‑M1/69‑71 (MQ=255)ctaaattgttacaaagcatattaaacagcagcttaagtatacaatttattcggcgaaacattattgatTCt > 1:1942228‑M1/69‑71 (MQ=255) taaattgttacaaagcatattaaacagcagcttaagtatacaatttattcggcgaaacattattgatTCTg < 1:1000079‑M1/4‑1 (MQ=255) aattgttacaaagcatattaaacagcagcttaagtatacaatttattcggcgaaacattattgatTCTGtt < 1:3397163‑M1/6‑1 (MQ=255) tttCATACCCTTCCCGGGTAACCAGGGGCGTTTTCATCTCGTTGATTCCCTTTGTCTGTTTGATAATgcg > 1:2946141/1‑70 (MQ=255) cATACCCTTCCCGGGTAACCAGGGGCGTTTTCATCTCGTTGATTCCCTTTGTCTGTTTGATAATGCGcac < 1:1616204/70‑1 (MQ=255) cATACCCTTCCCGGGTAACCAGGGGCGTTTTCATCTCGTTGATTCCCTTTGTCTGTTTGATAATGCGcac < 1:377645/70‑1 (MQ=255) aCCCTTCCCGGGTAACCAGGGGCGTTTTCATCTCGTTGATTCCCTTTGTCTGTTTGATAATGCGCACATTg > 1:1992109/1‑71 (MQ=255) cccTTCCCGGGTAACCAGGGGCGTTTTCATCTCGTTGATTCCCTTTGTCTGTTTGATAATGCGCACATTgg > 1:3384793/1‑71 (MQ=255) cccTTCCCGGGTAACCAGGGGCGTTTTCATCTCGTTGATTCCCTTTGTCTGTTTGATAATGCGCACATTgg > 1:3388781/1‑71 (MQ=255) ccGGGTAACCAGGGGCGTTTTCATCTCGTTGATTCCCTTTGTCTGTTTGATAATGCGCACATTGGGta > 1:432599/1‑68 (MQ=255) ccGGGTAACCAGGGGCGTTTTCATCTCGTTGATTCCCTTTGTCTGTTTGATAATGCGCACATTGGGTATaa < 1:3405685/71‑1 (MQ=255) cGGGTAACCAGGGGCGTTTTCATCTCGTTGATTCCCTTTGTCTGtt > 1:18742/1‑46 (MQ=255) ggTAACCAGGGGCGTTTTCATCTCGTTGATTCCCTTTGTCTGTTTGa > 1:3634335/1‑47 (MQ=255) gTAACCAGGGGCGTTTTCATCTCGTTGATTCCCTTTGTCTGTTTGATAATGCGCACATTGGGtat < 1:3589812/65‑1 (MQ=255) gTAACCAGGGGCGTTTTCATCTCGTTGATTCCCTTTGTCTGTTTGATAATGCGCACATTGGGTATAACGTg < 1:863740/71‑1 (MQ=255) cttaagtatacaatttattcggcgaaacattattgatTCTGTTTGATAATGCGCACATTGGGTATAACGTg > 1:3663686‑M1/38‑71 (MQ=255) tAACCAGGGGCGTTTTCATATCGTTGATTCCCTTTGTCTGTTTGATAATGCGCACATTGGGTATAACGTGa < 1:1664816/71‑1 (MQ=255) tAACCAGGGGCGTTTTCATATCGTTGATTCCCTTTGTCTGTTTGATAATGCGCACATTGGGTATAACGTGa < 1:580861/71‑1 (MQ=255) taagtatacaatttattcggcgaaacattattgatTCTGTTTGATAATGCGCACATTGGGTATAACGTGAt < 1:1786791‑M1/36‑1 (MQ=255) aaCCAGGGGCGTTTTCATCTCGTTGATTCCCTTTGTGTGTTTGATAATGCGCACAt > 1:3492119/1‑56 (MQ=255) aGGGGCGTTTTCATCTCGTTGATTACCTTTTTCTGTTTGATAATGCGCACATTGGGTATAACGTGATCat > 1:1075073/1‑70 (MQ=255) ggggCGTTTTCATCTCGTTGATTCCCTTTGTCTGTTTGATa < 1:1510252/41‑1 (MQ=255) atacaatttattcggcgaaacattattgatTCTGt < 1:1206953‑M1/5‑1 (MQ=255) caatttattcggcgaaacattattgatTCTGTTTGATAATGCGCACATTGGGTATAACGTGATCATATCa > 1:313168‑M1/28‑70 (MQ=255) caatttattcggcgaaacattattgatTCTGTTTGATAATGCGCACATTGGGTATAACGTGATCATATCa > 1:430433‑M1/28‑70 (MQ=255) caatttattcggcgaaacattattgatTCTGTTTGATAATGCGCACATTGGGTATAACGTGATCATATCa > 1:2959040‑M1/28‑70 (MQ=255) caatttattcggcgaaacattattgatTCTGTTTGATAATGCGCACATTGGGTATAACGTGATCATATCa > 1:2867466‑M1/28‑70 (MQ=255) caatttattcggcgaaacattattgatTCTGTTTGATAATGCGCACATTGGGTATAACGTGATCATATCa > 1:2115338‑M1/28‑70 (MQ=255) ttttCATCTCGTTGATTCCCTTTGTCTGTTTGATAATGCGCACATTGGGTATAACGTg < 1:3191358/58‑1 (MQ=255) ttttCATCTCGTT‑ATTCCCTTTGTCTGTTTGATAATGCGcac < 1:1417393/42‑1 (MQ=39) tttCATCTCGTTGATTCCCTTTGTCTGTTTGATAATGCGCACATTGGGTATAACGTGATCATATCAACa > 1:2596417/1‑69 (MQ=255) tttCATCTCGTTGATTCCCTTTGTCTGTTTGATAATGCGCACATTGGGTATAACGTGATCATATCAACAg > 1:2302822/1‑70 (MQ=255) ttCATCTCGTTGATTCCCTTTGTCTGTTTGATGATgc > 1:2941898/1‑37 (MQ=255) ttCATCTCGTTGATTCCCTTTGTCTGTTTGATAATgc > 1:3568627/1‑37 (MQ=255) ttCATCTCGTTGATTCCCTTTGTCTGTTTGATAATgc > 1:1155625/1‑37 (MQ=255) ttCATCTCGTTGATTCCCTTTGTCTGTTTGATAATGCGCACATTGGGTATAACGTGATCATATCAAc > 1:2274793/1‑67 (MQ=255) ttCATCTCGTTGATTCCCTTTGTCTGTTTGATAATGCGCACATTGGGTATAACGTGATCATATCAACAGaa > 1:1174600/1‑71 (MQ=255) ttCATCTCGTTGATTCCCTTTGTCTGTTTGATAATGCGCACATTGGGTATAACGTGATCATATCAACAGaa > 1:2767963/1‑71 (MQ=255) ttCATCTCGTTGATTCCCTTTGTCTGTTTGATAATGCGCACATTGGGTATAACGTGATCATATCAACAGaa > 1:2449818/1‑71 (MQ=255) ttCATCTCGTTGATTCCCTTTGTCTGTTTGATAATGCGCACATTGGGTATAACGTGATCATATCAACAGaa > 1:1848149/1‑71 (MQ=255) ttCATCTCGTTGATTCCCTTTGTCTGTTTGATAATGCGCACATTGGGTATAACGTGATCATATCAACAGaa > 1:3697468/1‑71 (MQ=255) tCATCTCGTTGATTCCCTTTGTCTGTTTGATAATGCGCACATTGGGTATAACGTGATCATATc > 1:2576150/1‑63 (MQ=255) tCATCTCGTTGATTCCCTTTGTCTGTTTGATAATGCGCACATTGGGTATAACGTGATCATATc > 1:2348384/1‑63 (MQ=255) tCATCTCGTTGATTCCCTTTGTCTGTTTGATAATGCGCACATTGGGTATAACGTGATCATATCAACATaa < 1:2355053/70‑1 (MQ=255) cATCTCGTTGATTCCCTTTGTCTGTTTGATAATGCGcac > 1:1073783/1‑39 (MQ=255) cATCTCGTTGATTCCCTTTGTCTGTTTGATAATGCGcac > 1:1982389/1‑39 (MQ=255) cATCTCGTTGATTCCCTTTGTCTGTTTGATAATGCGCACATTGGGTATAACGTGATCATATCAACAGAAt > 1:1523338/1‑70 (MQ=255) cATCTCGTTGATTCCCTTTGTCTGTTTGATAATGCGCACATTGGGTATAACGTGATCATATCAACAGAAt < 1:3704051/70‑1 (MQ=255) aTCTCGTTGATTCCCTTTGTCTGTTTGATAATGCGCACATTGGGTATAACGTGATCATATCAACAGAATc < 1:3681541/70‑1 (MQ=255) ctcGTTGATTCCCTTTGTCTGTTTGATAATGCGcaca < 1:309216/37‑1 (MQ=255) ctcGTTGATTCCCTTTGTCTGTTTGATAATGCGcaca < 1:1193353/37‑1 (MQ=255) ctcGTTGATTCCCTTTGTCTGTTTGATAATGCGcaca < 1:1843749/37‑1 (MQ=255) ctcGTTGATTCCCTTTGTCTGTTTGATAATGCGcaca < 1:3458833/37‑1 (MQ=255) ctcGTTGATTCCCTTTGTCTGTTTGATAATGCGCACATTggg > 1:896514/1‑42 (MQ=255) ctcGTTGATTCCCTTTGTCTGTTTGATAATGCGCACATTggg > 1:594398/1‑42 (MQ=255) ctcGTTGATTCCCTTTGTCTGTTTGATAATGCGCACATTggg > 1:547492/1‑42 (MQ=255) ctcGTTGATTCCCTTTGTCTGTTTGATAATGCGCACATTggg > 1:483742/1‑42 (MQ=255) ctcGTTGATTCCCTTTGTCTGTTTGATAATGCGCACATTggg > 1:3326641/1‑42 (MQ=255) ctcGTTGATTCCCTTTGTCTGTTTGATAATGCGCACATTggg > 1:3474583/1‑42 (MQ=255) ctcGTTGATTCCCTTTGTCTGTTTGATAATGCGCACATTgg > 1:2560007/1‑41 (MQ=255) ctcGTTGATTCCCTTTGTCTGTTTGATAATGCGCACATTGGGTATAACGTGATCATATCAACAGAATCaa > 1:150126/1‑70 (MQ=255) tcGTTGATTCCCTTTGTCTGTTTGATAATGCGCAAATTGGGTATAACGTGATc > 1:1670643/1‑53 (MQ=255) cGTTGATTCCCTTTGTCTGTTTGATAATGCGCACATTGGGTATAACGTGATCATATCaa > 1:2191778/1‑59 (MQ=255) cGTTGATTCCCTTTGTCTGTTTGATAATGCGCACATTGGGTATAACGTGATCATATCAACAGAATCaa > 1:3597551/1‑68 (MQ=255) ttGATTCCCTTTGTCTGTTTGATAATGCGCACATTg < 1:2567506/36‑1 (MQ=255) ttGATTCCCTTTGTCTGTTTGATAATGCGCACATTGGGTATaa < 1:3572311/43‑1 (MQ=255) ttGATTCCCTTTGTCTGTTTGATAATGCGCACATTGGGTATAACGTGATCATATCAACAGAATCAATAATg > 1:3361984/1‑71 (MQ=255) gATTCCCTTTGTCTGTTTGATAATGCGCACATTGGGTATAACg > 1:1997942/1‑43 (MQ=255) aTTCCCTTTGTCTGTTTGATAATGCGCACATTGGGTATAACGTGATCATATCAACAGAATCaata < 1:3581258/65‑1 (MQ=255) cTTTGTCTGTTTGATAATGCGCACATTGGGTATAACGTGATCATATCAACAGAATCAATAATGTTTCGcc > 1:2103456/1‑70 (MQ=255) tttGTCTGTTTGATAATGCGCACATTGGGTATAACGTg < 1:1937815/38‑1 (MQ=255) tttGTCTGTTTGATAATGCGCACATTGGGTATAACGTg < 1:1962815/38‑1 (MQ=255) tttGTCTGTTTGATAATGCGCACATTGGGTATAACGTg < 1:1518123/38‑1 (MQ=255) tttGTCTGTTTGATAATGCGCACATTGGGTATAACGTGATCATATCAACAGAATCAATAATGTTTCGCCg > 1:3121015/1‑70 (MQ=255) TCTGTTTGATAATGCGCACATTGGGTATAACGTGATCATATCAACAGAATCAATAATGTTTCGCCGAATa > 1:3435555‑M1/1‑70 (MQ=255) TCTGTTTGATAATGCGCACATTGGGTATAACGTGATCATATCAACAGAATCAATAATGTTTCGCCGAATa > 1:173536‑M1/1‑70 (MQ=255) TCTGTTTGATAATGCGCACATTGGGTATAACGTGATCATATCAACAGAATCAATAATGTTTCGCCGAATa > 1:3597539‑M1/1‑70 (MQ=255) TCTGTTTGATAATGCGCACATTGGGTATAACGTGATCATATCAACAGAATCAATAATGTTTCGCCGAATa > 1:2650461‑M1/1‑70 (MQ=255) | CTCTTGTTTGAGTTTTTCATACCCTTCCCGGGTAACCAGGGGCGTTTTCATCTCGTTGATTCCCTTTGTCTGTTTGATAATGCGCACATTGGGTATAACGTGATCATATCAACAGAATCAATAATGTTTCGCCGAATA > minE/2684234‑2684371 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |