| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 916,161 | T→A | 6.2% | R237R (CGT→CGA) | ycjF → | conserved inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 916,161 | 0 | T | A | 6.2% | 231.8 / 6.2 | 80 | R237R (CGT→CGA) | ycjF | conserved inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (39/36); new base A (2/3); total (41/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.21e-01 | |||||||||||
ACGTTGATGATTGCGGTCAGCCCGCTGGCGTTGGTCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAATCGCATCGCCACGCTGTATGGCATTGAACTGGGGTATTACAGCCGTTTGCGTCTGTTTAAGC > minE/916093‑916231 | aCGTTGATGATTGCGGTCAGCCCGCTGGCGTTGGTCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGttt < 1:3651951/71‑1 (MQ=255) cGTTGATGATTGCGGTCAGCCCGCTGGCGTTGGTCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGttt > 1:3138997/1‑70 (MQ=255) cGTTGATGATTGCGGTCAGCCCGCTGGCGTTGGTCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGttt > 1:1241727/1‑70 (MQ=255) gatgatTGCGGTCAGCCCGCTGGCGTTGGTCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTttaatt < 1:562526/70‑1 (MQ=255) gatgatTGCGGTCAGCCCGCTGGCGTTGGTCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTttaatt > 1:1306051/1‑70 (MQ=255) tgatTGCGGTCAGCCCGCTGGCGTTGGTCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGt > 1:3287945/1‑62 (MQ=255) tgatTGCGGTCAGCCCGCTGGCGTTGGTCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGt > 1:2983271/1‑62 (MQ=255) tgatTGCGGTCAGCCCGCTGGCGTTGGTCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGt > 1:2742200/1‑62 (MQ=255) tgatTGCGGTCAGCCCGCTGGCGTTGGTCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTTtaattaat > 1:774813/1‑71 (MQ=255) gatTGCGGTCAGCCCGCTGGCGTTGGTCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAatc > 1:2702434/1‑71 (MQ=255) gatTGCGGTCAGCCCGCTGGCGTTGGTCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAatc > 1:1787848/1‑71 (MQ=255) gTCAGCCCGCTGGCGTTGGTCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAatcgcatcgc > 1:2074957/1‑71 (MQ=255) aGCCCGCTGGCGTTGGTCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTTtaattaat > 1:453069/1‑60 (MQ=255) aGCCCGCTGGCGTTGGTCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAATCGCATCGCCAc > 1:1314388/1‑71 (MQ=255) aGCCCGCTGGCGTTGGTCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAATCGCATCGCCAc > 1:1256250/1‑71 (MQ=255) cccGCTGGCGTTGGTCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAatc < 1:1053024/59‑1 (MQ=255) cccGCTGGCGTTGGTCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAATCGCATCGCCACGc > 1:1992889/1‑71 (MQ=255) ccGCTGGCGTTGGTCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAatctcatc > 1:2727834/1‑63 (MQ=255) gCTGGCGTTGGTCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAATCGCATCGCCACGCTGt < 1:3356074/71‑1 (MQ=255) gCTGGCGTTGGTCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAATCGCATCGCCACGCTGt < 1:2654532/71‑1 (MQ=255) tGGCGTTGGTCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAATCGCATCGCCACGCTGt > 1:3516058/1‑69 (MQ=255) tGGCGTTGGTCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAATCGCATCGCCACGCTGTAt > 1:457189/1‑71 (MQ=255) tGGCGTTGGTCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAATCGCATCGCCACGCTGTAt > 1:668624/1‑71 (MQ=255) gCGTTGGTCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAATCGCATCGCCACGCTGTATgg > 1:1883525/1‑71 (MQ=255) gCGTTGGTCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAATCGCATCGCCACGCTGTATg < 1:2740921/70‑1 (MQ=255) gTTGGTCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAatcgcat < 1:3387416/54‑1 (MQ=255) gTTGGTCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAatcgcat < 1:3122261/54‑1 (MQ=255) gTTGGTCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAatcgc < 1:1980594/52‑1 (MQ=255) gTTGGTCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAatcgc < 1:1409352/52‑1 (MQ=255) ttGGTCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAATCGCATCGCCACGCTGTATGGCAt < 1:2469179/71‑1 (MQ=255) ttGGTCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAATCGCATCGCCACGCTGTATGGCAt < 1:3386323/71‑1 (MQ=255) ttGGTCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAATCGCATCGCCACGCTGTATGGCAt < 1:1857903/71‑1 (MQ=255) ttGGTCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAATCGCATCGCCACGCTGTATGGCAt < 1:1645219/71‑1 (MQ=255) ttGGTCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAATCGCATCGCCACGCTGTATGGCAt < 1:96240/71‑1 (MQ=255) tGGTCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAatcgcat > 1:476868/1‑52 (MQ=255) tGGTCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAatcgcat > 1:1762464/1‑52 (MQ=255) tGGTCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAatcgcat > 1:1280216/1‑52 (MQ=255) tGGTCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAatcgcat > 1:3487100/1‑52 (MQ=255) tGGTCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAatcgcat > 1:790745/1‑52 (MQ=255) tGGTCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAatcgcat > 1:3517685/1‑52 (MQ=255) tGGTCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAATCGCATCGCCACGCTGTATGGCAtt > 1:2765795/1‑71 (MQ=255) gTCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTtta < 1:3094617/39‑1 (MQ=255) gTCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTtta < 1:3262220/39‑1 (MQ=255) tCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAATCGCATCGCCACGCTGTATGGCATTGaa < 1:675051/71‑1 (MQ=255) tCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAATCGCATCGCCACGCTGTATGGCATTGaa < 1:3577546/71‑1 (MQ=255) tCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAATCGCATCGCCACGCTGTATGGCATTGaa < 1:3027172/71‑1 (MQ=255) cGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTttaat > 1:2050852/1‑39 (MQ=255) cGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAATCGCATCGCCACGCTGTATGGCATTGAAc > 1:2723359/1‑71 (MQ=255) cGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAATCGCATCGCCACGCTGTATGGCATTGAAc > 1:3070127/1‑71 (MQ=255) atatGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAATCGCATCGCCACGCTGTATGGCATTGAACTg < 1:3551916/71‑1 (MQ=255) atatGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAATCGCATCGCCACGCTGTATGGCATTGAACTg < 1:265104/71‑1 (MQ=255) atatGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAATCGCATCGCCACGCTGTATGGCATTGAACTg < 1:661366/71‑1 (MQ=255) tGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAATCGCATCGCCACGCTGTATGGCATTGAACTgggg < 1:1837987/71‑1 (MQ=255) tGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAATCGCATCGCCACGCTGTATGGCATTGAACTggg < 1:12827/70‑1 (MQ=255) gagTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAatcgca > 1:3237655/3‑40 (MQ=255) gCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAatcgcat > 1:3385077/1‑41 (MQ=255) gCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAATCGCATCGCCACGCTGTATGGCAtt > 1:2982772/1‑60 (MQ=255) gCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAATCGCATCGCCACGCTGTATGGCAtt > 1:573515/1‑60 (MQ=255) tttATCGCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAATCGCATCGCCACGCTGTATGGCATTGAACTGGGGTATTa > 1:1149616/1‑71 (MQ=255) tATCGCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAATCGCATCGCCACGCTGTATGGCATTGAACTGGGGTATTa > 1:1066468/1‑69 (MQ=255) tATCGCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAATCGCATCGCCACGCTGTATGGCATTGAACTGGGGTATTa > 1:1922347/1‑69 (MQ=255) tATCGCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAATCGCATCGCCACGCTGTATGGCATTGAACTGGGGTATTAc < 1:2036312/70‑1 (MQ=255) tATCGCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAATCGCATCGCCACGCTGTATGGCATTGAACTGGGGTATTAc < 1:2982962/70‑1 (MQ=255) tCGCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAATCGCATCGCCACGCTGTATGGCAtt > 1:686054/1‑53 (MQ=255) tCGCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAATCGCATCGCCACGCTGTATGGCAtt > 1:635520/1‑53 (MQ=255) gCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAATCGCATCGCCACGCTGTATGGCATTGAACTGGGGTATTACAGCCg < 1:2854784/71‑1 (MQ=255) gCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAATCGCATCGCCACGCTGTATGGCATTGAACTGGGGTATTACAGCCg < 1:3081853/71‑1 (MQ=255) gCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAATCGCATCGCCACGCTGTATGGCATTGAACTGGGGTATTACAGCCg > 1:2475080/1‑71 (MQ=255) gCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAATCGCATCGCCACGCTGTATGGCATTGAACTGGGGTATTACAGCCg > 1:521986/1‑71 (MQ=255) cTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAATCGCATCGCCACGCTGTATGGCATTGAACTGGGGTATTACAGCCGtt > 1:1681985/1‑71 (MQ=255) ggCGCTATCTGCGTTTAATTAATCGCATCGCCACGCTGTATGGCATTGAACTGGGGTAt < 1:1917688/59‑1 (MQ=255) cAATCTGCGTTTAATTAATGGCATCGCCACGCTGTATGGCATTGAACTGGGGTATTACAGCCGTTTGCGTc > 1:3111699/1‑71 (MQ=255) cAATCTGCGTTTAATTAATCGCATCGCCACGCTGTATGGCATTGAACTGGGGTATTACAGCCGTTTGCGTc > 1:772695/1‑71 (MQ=255) cgatGCGATTAATTAAACGCATCGCCACGCTGTATGGCATTGAACTGGGGTATTACAGCCGTTTGCGt < 1:2816070/65‑1 (MQ=38) aTCTGCGTTTAATTAATCGCATCGCCACGCTGTATGGCATTGAACTGGGGTATTACAGCCGTTTGCGTCTg < 1:1478637/71‑1 (MQ=255) tCTGCGTTTAATTAATCGCATCGCCACGCTGTATGGCATTg < 1:632629/41‑1 (MQ=255) tCTGCGTTTAATTAATCGCATCGCCACGCTGTATGGCATTg < 1:1856678/41‑1 (MQ=255) tCTGCGTTTAATTAATCGCATCGCCACGCTGTATGGCATTg < 1:2531598/41‑1 (MQ=255) tCTGCGTTTAATTAATCGCATCGCCACGCTGTATGGCATTGa < 1:2264182/42‑1 (MQ=255) atGCGATTAATTAAACGCATCGCCACGCTGTATGGCATTGAACTGGGGTATTACAGCCGTTTGCGTCt > 1:767954/2‑68 (MQ=39) atGCGATTAATTAAACGCATCGCCACGCTGTATGGCATTGAACTGGGGTATTACAGCCGTTTGCGTCt > 1:2693309/2‑68 (MQ=39) gCGTTTAATTAATCGCATCGCCACGCTGTATGGCATTGAACTGGGGTATTACAGCCGTTTGCGTCTGttt > 1:3374279/1‑70 (MQ=255) gCGATTAATTAAACGCATCGCCACGCTGTATGGCATTGAACTGGGGTATTACAGCCg < 1:774043/57‑1 (MQ=39) gCGATTAATTAAACGCATCGCCACGCTGTATGGCATTGAACTGGGGTATTACAGCCg < 1:291124/57‑1 (MQ=39) cGTTTAATTAATCGCATCGCCACGCTGTATGGCATTGAACTGGGGTATTACAGCCGTTTGCGTCTGt < 1:3018314/67‑1 (MQ=255) cGTTTAATTAATCGCATCGCCACGCTGTATGGCATTGAACTGGGGTATTACAGCCGTTTGCGTCTGt < 1:2246418/67‑1 (MQ=255) tttAATTAATCGCATCGCCACGCTGTATGGCATTGAACTGGGGTATTACAGCCGTTTGCGTCTGTTTAAGc < 1:751530/71‑1 (MQ=255) | ACGTTGATGATTGCGGTCAGCCCGCTGGCGTTGGTCGATATGGCGTTTATCGCCTGGCGCAATCTGCGTTTAATTAATCGCATCGCCACGCTGTATGGCATTGAACTGGGGTATTACAGCCGTTTGCGTCTGTTTAAGC > minE/916093‑916231 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |