| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,209,604 | A→C | 11.1% | M1M (ATG→CTG) † | yebN → | conserved inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,209,604 | 0 | A | C | 11.1% | 192.1 / 22.4 | 81 | M1M (ATG→CTG) † | yebN | conserved inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (32/40); new base C (4/5); total (36/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.95e-01 | |||||||||||
GTTGTTCATGTATGCATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCGATGGATGCATTTGCTGCATCAATCGGTAA > minE/1209535‑1209674 | gttgttCATGTATGCATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCa < 1:1686606/70‑1 (MQ=255) ttCATGTATGCATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAat < 1:3660069/71‑1 (MQ=255) ttCATGTATGCATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAat < 1:2207867/71‑1 (MQ=255) aTGTATGCATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAatat > 1:3393570/1‑70 (MQ=255) aTGTATGCATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAatat < 1:2441505/70‑1 (MQ=255) aTGTATGCATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAatat > 1:1909718/1‑70 (MQ=255) aTGTATGCATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATc < 1:1420789/71‑1 (MQ=255) aTGTATGCATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATc < 1:1416384/71‑1 (MQ=255) tATGCATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGaa > 1:1172031/1‑64 (MQ=255) tGCATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTg < 1:1365067/70‑1 (MQ=255) tGCATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGc < 1:3407111/71‑1 (MQ=255) tGCATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGc < 1:1950448/71‑1 (MQ=255) tGCATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGc < 1:2208625/71‑1 (MQ=255) aTGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTAc > 1:217582/1‑71 (MQ=255) aTGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTAc > 1:767951/1‑71 (MQ=255) tGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACt > 1:797423/1‑71 (MQ=255) tttGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTg < 1:20805/70‑1 (MQ=255) tttGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTg < 1:3446148/70‑1 (MQ=255) ttGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGtt > 1:1202979/1‑71 (MQ=255) gggggCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTtcttct > 1:888717/1‑71 (MQ=255) gggggCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTtcttct > 1:3375316/1‑71 (MQ=255) ggggCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGttcttc < 1:1493471/69‑1 (MQ=255) gatgatGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTa < 1:2445825/55‑1 (MQ=255) atgatgTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGttt > 1:3195865/1‑71 (MQ=255) atgatgTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGttt < 1:68203/71‑1 (MQ=255) atgatgTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGttt < 1:1259177/71‑1 (MQ=255) tgatgTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTg < 1:361226/71‑1 (MQ=255) tgatgTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTg < 1:3656178/71‑1 (MQ=255) tgatgTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTg < 1:138227/71‑1 (MQ=255) atgTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTg < 1:2370317/69‑1 (MQ=255) tgtTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTAt < 1:2804970/70‑1 (MQ=255) ttttATGGATACCCAGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTc < 1:662710/71‑1 (MQ=255) tttATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTc > 1:113890/1‑70 (MQ=255) ttATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTcttctt > 1:1473765/1‑55 (MQ=255) ttATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTcttctt > 1:565169/1‑55 (MQ=255) ttATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTg > 1:346183/1‑62 (MQ=255) ttATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCga > 1:2049963/1‑71 (MQ=255) ttATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCga > 1:421567/1‑71 (MQ=255) ttATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCga > 1:1676249/1‑71 (MQ=255) ttATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCg > 1:417144/1‑70 (MQ=255) ttATGGATACCCCGGTCACGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCg < 1:3633222/70‑1 (MQ=255) tGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCgatgg < 1:1775100/71‑1 (MQ=255) ggATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCgatgg < 1:1225832/70‑1 (MQ=255) aTACCACGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGt > 1:1855295/1‑58 (MQ=255) aCCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCGATGGATGCa > 1:2717337/1‑71 (MQ=255) ccccGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCGATGGATGCAt > 1:2089003/1‑71 (MQ=255) ccccGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCGATGGATGCAt > 1:696282/1‑71 (MQ=255) cccGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCGATGGATGCAtt < 1:1530287/71‑1 (MQ=255) cccGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCGATGGATGCAtt < 1:2266527/71‑1 (MQ=255) cGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTg < 1:1949263/35‑1 (MQ=255) ggTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCGATGGATGCATTtgc > 1:3625119/1‑71 (MQ=255) ggTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCGATGGATGCATTtgc > 1:3620630/1‑71 (MQ=255) gTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTgg < 1:209172/49‑1 (MQ=255) tCATGACAATGTCCTGAATATCACTGCTTCTGTTcttctt < 1:2896973/40‑1 (MQ=21) tCATGACAATGTCCTGAATATCACTGCTACTGTTcttctt < 1:1522551/40‑1 (MQ=25) tCATGACAATGTCCTGAATATCACTGCTACTGTTcttctt < 1:3008382/40‑1 (MQ=25) tCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGttcttc < 1:2887124/38‑1 (MQ=255) tCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCGATGGATGCATTtgctg < 1:1016760/71‑1 (MQ=255) tCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCGATGGATGCATTtgctg < 1:1228835/71‑1 (MQ=255) tCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCGATGGATGCATTtgctg < 1:300759/71‑1 (MQ=255) tCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCGATGGATGCATTtgctg < 1:1361025/71‑1 (MQ=255) tCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCGATGGATGCATTtgctg < 1:1547098/71‑1 (MQ=255) cAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTa > 1:2954304/1‑49 (MQ=255) cAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTa > 1:1698920/1‑49 (MQ=255) atgACAATGTCCTGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGc > 1:974135/3‑40 (MQ=37) atgACAATGTCCTGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGc > 1:135230/3‑40 (MQ=37) atgACAATGTCCTGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGc > 1:1533120/3‑40 (MQ=37) atgACAATGTCCTGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGc > 1:1964630/3‑40 (MQ=37) aGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCGATGGATGCATTtgctgc < 1:850048/70‑1 (MQ=255) aGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCGATGGATGCATTTGCTGCa > 1:3467839/1‑71 (MQ=255) gACAATGTCCTGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCGATGGATGCa < 1:3064541/60‑1 (MQ=255) gACAATGTCCTGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCGATGGATGCa < 1:1484716/60‑1 (MQ=255) aCATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCGATGGATGCATTTGCTGCATCa < 1:1119945/71‑1 (MQ=255) cATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCGATGGATGCATTTGCTGCATCaa > 1:2651490/1‑71 (MQ=255) cATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCGATGGATGCATTTGCTGCATCaa > 1:3287748/1‑71 (MQ=255) ttGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGttt < 1:1977963/38‑1 (MQ=255) ttGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCGATGGATGc < 1:2691765/55‑1 (MQ=255) ttGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCGATGGATGCATTTGCTGCATCAATc < 1:2489315/71‑1 (MQ=255) tGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCGATGGATGCATTTGCTGCATCAATc < 1:1581985/70‑1 (MQ=255) gTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTa > 1:559155/1‑40 (MQ=255) tCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCgat > 1:1467559/1‑46 (MQ=255) tCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCgat > 1:875383/1‑46 (MQ=255) aTGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCGATGGATGCATTTGCTGCGTCAATCGGTa > 1:1577210/1‑70 (MQ=255) aTGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCGATGGATGCATTTGCTGCATCAATCGGTaa < 1:1848745/71‑1 (MQ=255) aTGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCGATGGATGCATTTGCTGCATCAATCGGTaa < 1:7926/71‑1 (MQ=255) aTGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCGATGGATGCATTTGCTGCATCAATCGGTaa < 1:858148/71‑1 (MQ=255) aTGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCGATGGATGCATTTGCTGCATCAATCGGTa > 1:2579555/1‑70 (MQ=255) aTGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCGATGGATGCATTTGCTGCATCAATCGGTa > 1:2850230/1‑70 (MQ=255) | GTTGTTCATGTATGCATGTTTGCTGGGGGCGATGATGTGTTTTATGGATACCCCGGTCAGGACATTGTCATGAATATCACTGCTACTGTTCTTCTTGCGTTTGGTATGTCGATGGATGCATTTGCTGCATCAATCGGTAA > minE/1209535‑1209674 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |