| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 151,149 | C→T | 60.0% | S560S (AGC→AGT) | mrcB → | fused glycosyl transferase and transpeptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 151,149 | 0 | C | T | 60.0% | 57.3 / 105.3 | 90 | S560S (AGC→AGT) | mrcB | fused glycosyl transferase and transpeptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (14/22); new base T (24/30); total (38/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.66e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.34e-01 | |||||||||||
GCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTGCCGACGGTAAATCTGGGGATG > minE/151084‑151215 | gcgcTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCa < 1:3420959/70‑1 (MQ=255) cgcTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCaga < 1:2884314/71‑1 (MQ=255) gcTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCaga < 1:2526191/70‑1 (MQ=255) gcTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCagag < 1:1448224/71‑1 (MQ=255) tGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCa > 1:2639229/1‑66 (MQ=255) gCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCa > 1:2848568/1‑65 (MQ=255) gTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGt > 1:3115389/1‑67 (MQ=255) gTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATg > 1:3119488/1‑71 (MQ=255) aGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCtg > 1:1005096/1‑71 (MQ=255) aGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCtg > 1:3071831/1‑71 (MQ=255) aGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCtg < 1:3573147/71‑1 (MQ=255) aGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCtg < 1:3253672/71‑1 (MQ=255) aGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACAACAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCtg > 1:1591886/1‑71 (MQ=255) gCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTgg > 1:3389023/1‑57 (MQ=255) gCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTgg > 1:970070/1‑57 (MQ=255) gCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCtgg > 1:1478485/1‑71 (MQ=255) ccGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCtggt > 1:37422/1‑71 (MQ=255) ccGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCtggt > 1:264299/1‑71 (MQ=255) ccGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCtggt > 1:1300366/1‑71 (MQ=255) ccGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCtggt < 1:454651/71‑1 (MQ=255) gAATGGCCAGGTCTGGTCCCCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCtggtg > 1:1564714/1‑70 (MQ=255) aTGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGAt < 1:3054389/71‑1 (MQ=255) aTGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGAt < 1:648397/71‑1 (MQ=255) gCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGc < 1:1285959/70‑1 (MQ=255) gCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCg > 1:1061286/1‑71 (MQ=255) ccAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGAt < 1:1919499/57‑1 (MQ=255) cAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGt < 1:1018719/70‑1 (MQ=255) aGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGtt > 1:1958321/1‑70 (MQ=255) aGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTg < 1:2486562/71‑1 (MQ=255) tCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCtggtgg < 1:794395/60‑1 (MQ=255) tCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCtggtgg < 1:1266420/60‑1 (MQ=255) tCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGt < 1:1848388/49‑1 (MQ=255) tCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGAt < 1:1787578/52‑1 (MQ=255) tGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGt < 1:2795422/47‑1 (MQ=255) gTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCg < 1:821490/69‑1 (MQ=255) gTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCg < 1:2634537/69‑1 (MQ=255) gTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGt < 1:838049/70‑1 (MQ=255) tCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGtt > 1:1226565/1‑70 (MQ=255) tCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGtt > 1:1739091/1‑70 (MQ=255) cACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGtt > 1:114221/1‑61 (MQ=255) cACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGtt > 1:2104715/1‑61 (MQ=255) cACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTc > 1:1625489/1‑70 (MQ=255) aCCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGa < 1:242008/71‑1 (MQ=255) aCCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGt > 1:617207/1‑42 (MQ=255) aCCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCg < 1:3173171/70‑1 (MQ=255) aCCGCAGAATGATGACCGTCATTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGa < 1:3686041/71‑1 (MQ=255) cGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCg < 1:508019/68‑1 (MQ=255) gCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGa < 1:2958804/71‑1 (MQ=255) gCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATg > 1:2205028/1‑70 (MQ=255) cAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATgga > 1:2460450/1‑69 (MQ=255) cAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGaa > 1:2580372/1‑71 (MQ=255) aGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAAc < 1:720610/71‑1 (MQ=255) atgatgACCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAAc > 1:2169235/1‑68 (MQ=255) atgatgACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCg < 1:2409357/58‑1 (MQ=255) atgatgACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCg < 1:3504239/58‑1 (MQ=255) atgatgACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCg < 1:204143/58‑1 (MQ=255) atgatgACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCg < 1:3281534/58‑1 (MQ=255) atgatgACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCg < 1:406854/58‑1 (MQ=255) atgatgACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCg < 1:3171600/58‑1 (MQ=255) atgatgACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTg > 1:1308925/1‑71 (MQ=255) atgatgACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTg > 1:3238853/1‑71 (MQ=255) atgatgACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTg < 1:3686678/71‑1 (MQ=255) atgatgACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTg < 1:1172463/71‑1 (MQ=255) tgatgaCCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGc > 1:2884610/1‑48 (MQ=255) gatgaCCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGtt > 1:2930139/1‑58 (MQ=255) gatgaCCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCg < 1:2922733/60‑1 (MQ=255) gatgaCCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCg < 1:2918646/60‑1 (MQ=255) gatgaCCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCg < 1:334049/60‑1 (MQ=255) atgaCCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTg < 1:682215/50‑1 (MQ=255) atgaCCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTGcc < 1:2814514/70‑1 (MQ=255) atgaCCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTGcc < 1:12225/70‑1 (MQ=255) atgaCCGTCGTTATAGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTGcc < 1:2737984/70‑1 (MQ=255) tgaCCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTGCCGa < 1:1088118/71‑1 (MQ=255) tgaCCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTGCCGa < 1:2673274/71‑1 (MQ=255) cgtcgtTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTGCCGACgg < 1:2827437/70‑1 (MQ=255) ttATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTGCCGa < 1:2311152/62‑1 (MQ=255) ataGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTGCCGACGGTAAATCTg > 1:848255/1‑71 (MQ=255) ataGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTGCCGACGGTAAATCTg > 1:3235881/1‑71 (MQ=255) ataGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTGCCGACGGTAAATCTg > 1:3696374/1‑71 (MQ=255) ataGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTGCCGACGGTAAATCTg > 1:411181/1‑71 (MQ=255) ataGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTGCCGACGGTAAATCTg > 1:2334063/1‑71 (MQ=255) ataGAGAAAGCGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGt > 1:18378/1‑55 (MQ=255) taGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGAc < 1:2871588/39‑1 (MQ=255) taGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGAc < 1:2685989/39‑1 (MQ=255) taGCGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGAc < 1:1445381/39‑1 (MQ=255) cGAAAGTGGCTGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTGCCGACGGTAAATCTGGGGa > 1:1312551/1‑71 (MQ=255) cGAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTGCCGACGGTAAATCTGGGGa > 1:1232000/1‑71 (MQ=255) gAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTGCCGACgg < 1:1139849/58‑1 (MQ=255) gAAAGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTGCCGACgg < 1:1170994/58‑1 (MQ=255) aaaGTGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTGCCGACGGTAAATCTGGGGATg < 1:3617179/71‑1 (MQ=255) | GCGCTGCGTCAGCCGAATGGCCAGGTCTGGTCACCGCAGAATGATGACCGTCGTTATAGCGAAAGCGGCAGAGTGATGCTGGTGGATGCGTTGACCCGTTCGATGAACGTGCCGACGGTAAATCTGGGGATG > minE/151084‑151215 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |