| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,259,349 | A→C | 6.9% | I525M (ATT→ATG) ‡ | torZ ← | trimethylamine N‑oxide reductase system III, catalytic subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,259,349 | 0 | A | C | 6.9% | 186.2 / 9.0 | 73 | I525M (ATT→ATG) ‡ | torZ | trimethylamine N‑oxide reductase system III, catalytic subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (24/44); new base C (3/2); total (27/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.56e-01 | |||||||||||
AAGATCGGCAAACACGTCAAAATCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAA > minE/1259280‑1259417 | aaGATCGGCAAACACGTCAAAATCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACaa > 1:3409824/1‑71 (MQ=255) ggCAAACACGTCAAAATCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGc < 1:993649/70‑1 (MQ=255) cAAACACGTCAAAATCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTgg > 1:748662/1‑71 (MQ=255) cAAAAACATCAAAATCATTACGCGCTTCATAGCGTGGCGGCACCACTTGCTTCATCGGCACCAGATGCt < 1:2059905/69‑1 (MQ=255) cAAAAACATCAAAATCATTACGCGCTTCATAGCGTGGCGGCACCACTTGCTTCATCGGCACCAGATGCt < 1:1562751/69‑1 (MQ=255) cAAAAACATCAAAATCATTACGCGCTTCATAGCGTGGCGGCACCACTTGCTTCATCGGCACCAGATGCTga > 1:2350454/1‑70 (MQ=255) acacGTCAAAATCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGtt > 1:2282913/1‑70 (MQ=255) cacGTCAAAATCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGc < 1:2585506/71‑1 (MQ=255) gTCAAAATCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTg > 1:589862/1‑70 (MQ=255) cAAAATCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTaa > 1:2014280/1‑71 (MQ=255) aaTCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCa > 1:2416350/1‑71 (MQ=255) aaTCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCa < 1:1808705/71‑1 (MQ=255) aTCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCa < 1:3049339/70‑1 (MQ=255) aTCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCa < 1:3027357/70‑1 (MQ=255) aTCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCAc > 1:907653/1‑71 (MQ=255) aTCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCAc < 1:1884193/71‑1 (MQ=255) tCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCAcc < 1:1971258/71‑1 (MQ=255) gTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCg < 1:400416/70‑1 (MQ=255) aCGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCa > 1:1349794/1‑71 (MQ=255) cgcTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCg < 1:3067759/71‑1 (MQ=255) ttCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTc > 1:1062939/1‑70 (MQ=255) aaaTTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGt > 1:2369810/1‑71 (MQ=255) aaaTTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGt > 1:1570184/1‑71 (MQ=255) aaaTTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGt > 1:3256275/1‑71 (MQ=255) aaaTTGAGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGt > 1:1001083/1‑71 (MQ=255) aaTTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTa < 1:3103699/50‑1 (MQ=255) aaTTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTa < 1:3222856/50‑1 (MQ=255) aTTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCa < 1:3577537/71‑1 (MQ=255) cGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTgc > 1:3581823/1‑71 (MQ=255) aGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGt < 1:1525788/57‑1 (MQ=255) cAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCa < 1:1903839/62‑1 (MQ=255) cAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCa < 1:2989869/62‑1 (MQ=255) cAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCa < 1:2776741/62‑1 (MQ=255) cAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCa < 1:1822957/62‑1 (MQ=255) cAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCa < 1:1368554/62‑1 (MQ=255) aaCAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCaa < 1:119038/71‑1 (MQ=255) aCAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCaaa > 1:3193312/1‑71 (MQ=255) cAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAAc < 1:2683905/71‑1 (MQ=255) aGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAAc > 1:1480278/1‑70 (MQ=255) cTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtg < 1:1348972/71‑1 (MQ=255) cTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtg < 1:1837008/71‑1 (MQ=255) tGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATc > 1:598934/1‑45 (MQ=255) tGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTc < 1:924938/53‑1 (MQ=255) tGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTc < 1:841889/53‑1 (MQ=255) tGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTc < 1:2918853/53‑1 (MQ=255) tGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTc < 1:2881352/53‑1 (MQ=255) tGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTc < 1:447234/53‑1 (MQ=255) tGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTc < 1:2295012/53‑1 (MQ=255) gCTTCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGt > 1:993188/1‑46 (MQ=255) gCTTCATCGGCACCAGATGCTGATTACTGTAATCACCGGTCATGGt > 1:3194484/1‑46 (MQ=255) gCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCaaa < 1:2627535/64‑1 (MQ=255) gCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCaaa < 1:1419284/64‑1 (MQ=255) gCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCaaa < 1:2335830/64‑1 (MQ=255) cTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtgtg < 1:82044/70‑1 (MQ=255) cTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGAtgt < 1:271044/69‑1 (MQ=255) ttCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATgtggt > 1:3387046/1‑71 (MQ=255) ttCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATgtggt > 1:2932994/1‑71 (MQ=255) cATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGa > 1:170568/1‑71 (MQ=255) cATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGa > 1:2452701/1‑71 (MQ=255) cATCGGCACAATATGCTGGTTGATGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGa > 1:3225044/1‑71 (MQ=255) aTCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGa > 1:1353028/1‑70 (MQ=255) aTCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGAt < 1:2543152/71‑1 (MQ=255) aTCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGAt > 1:740711/1‑71 (MQ=255) aTCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGAt < 1:787420/71‑1 (MQ=255) aTCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGAt < 1:3030026/71‑1 (MQ=255) cGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCg > 1:3719212/1‑71 (MQ=255) ggCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCgg < 1:800021/71‑1 (MQ=255) gCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGt < 1:371297/71‑1 (MQ=255) gCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGt < 1:1044946/71‑1 (MQ=255) gCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGt < 1:514938/71‑1 (MQ=255) gCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGt < 1:2376862/71‑1 (MQ=255) gCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGt < 1:2164818/71‑1 (MQ=255) gCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGt < 1:78401/71‑1 (MQ=255) gCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGt < 1:181228/71‑1 (MQ=255) caATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAg < 1:1327000/38‑1 (MQ=255) caATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAg < 1:3137492/38‑1 (MQ=255) caATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTc < 1:1522335/40‑1 (MQ=255) caATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTaa > 1:970728/1‑70 (MQ=255) caATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTaa > 1:2208639/1‑70 (MQ=255) caATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTaa > 1:2526954/1‑70 (MQ=255) | AAGATCGGCAAACACGTCAAAATCGTTACGCGCTTCAAATTGCGGAGCAACAGCCTGCTTCATCGGCACAATATGCTGGTTGCTGTAATCACCGGTCATCGTCAAGTCATTGCGCTCAAACGATGTGGTGATCGGTAA > minE/1259280‑1259417 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |