| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,321,783 | G→A | 12.3% | intergenic (‑237/+257) | gnd ← / ← galF | gluconate‑6‑phosphate dehydrogenase, decarboxylating/predicted subunit with GalU |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,321,783 | 0 | G | A | 12.3% | 178.0 / 14.7 | 65 | intergenic (‑237/+257) | gnd/galF | gluconate‑6‑phosphate dehydrogenase, decarboxylating/predicted subunit with GalU |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (28/29); new base A (2/6); total (30/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.70e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.02e-01 | |||||||||||
CTCAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAATTCAAACGCTAATTGTC > minE/1321715‑1321851 | ctcAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTg > 1:1259626/1‑71 (MQ=255)ctcAATTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGt > 1:1686174/1‑70 (MQ=255) tcAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGt < 1:2156508/69‑1 (MQ=255) tcAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTg > 1:703305/1‑70 (MQ=255) aGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCa < 1:1975190/70‑1 (MQ=255) tttGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGc > 1:1824001/1‑71 (MQ=255) gATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTa > 1:3581105/1‑71 (MQ=255) aTTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTat < 1:3208997/71‑1 (MQ=255) ttAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTat > 1:3587669/1‑70 (MQ=255) agGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGAc > 1:384082/1‑71 (MQ=255) ggTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGAc > 1:1731709/1‑70 (MQ=255) ggTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCATGCATGCCTATGATGTGACg < 1:65953/71‑1 (MQ=255) ttAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCg < 1:955032/71‑1 (MQ=255) tAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGt > 1:2648475/1‑71 (MQ=255) tAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGt > 1:3085113/1‑71 (MQ=255) aTGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGa > 1:2491610/1‑65 (MQ=255) aTGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGtt < 1:846411/70‑1 (MQ=255) tGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTAc < 1:2145209/71‑1 (MQ=255) gCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTAcc > 1:1128269/1‑71 (MQ=255) atgCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCATGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCa > 1:458105/3‑71 (MQ=255) cGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCAc > 1:3065811/1‑71 (MQ=255) cTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTc < 1:3466152/71‑1 (MQ=255) tACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTc < 1:469986/70‑1 (MQ=255) gCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCt < 1:412757/71‑1 (MQ=255) gCCCCTGGCTTTACAGCTACAAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCgcgc > 1:3491008/1‑70 (MQ=255) ccccTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTa < 1:1247147/71‑1 (MQ=255) cTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCAc < 1:3216122/60‑1 (MQ=255) ggCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAg > 1:1531043/1‑48 (MQ=255) ggCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCa > 1:405739/1‑57 (MQ=255) tttACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTc < 1:2329509/57‑1 (MQ=255) tttACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTc < 1:263252/57‑1 (MQ=255) tttACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTc < 1:1820766/57‑1 (MQ=255) tttACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTc < 1:1151567/57‑1 (MQ=255) tACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTcg > 1:2522753/1‑56 (MQ=255) tACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTcg > 1:679205/1‑56 (MQ=255) tACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTcg > 1:3119198/1‑56 (MQ=255) tACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTcg > 1:3473387/1‑56 (MQ=255) tACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTcg > 1:754921/1‑56 (MQ=255) tACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTcg > 1:1314199/1‑56 (MQ=255) aCAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAg > 1:1745353/1‑42 (MQ=255) aCAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAg > 1:1392784/1‑42 (MQ=255) aCAGCTACCAGAGCACTGCGTCCATGCCTATGATGTGACGAg > 1:2924080/1‑42 (MQ=255) aGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAAtt < 1:3286013/71‑1 (MQ=255) aGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAAtt < 1:2920767/71‑1 (MQ=255) aGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAAtt < 1:1314832/71‑1 (MQ=255) aGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAAtt < 1:819760/71‑1 (MQ=255) cTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTa < 1:302151/56‑1 (MQ=255) cTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTa < 1:903412/56‑1 (MQ=255) cTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTa < 1:433748/56‑1 (MQ=255) cTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAAtt < 1:1391121/69‑1 (MQ=255) cTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAATTc > 1:2994782/1‑70 (MQ=255) tACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTa < 1:3593941/55‑1 (MQ=255) cAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAATTCAAACg > 1:997433/1‑71 (MQ=255) gagCACTGCATGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTaa < 1:3192127/51‑1 (MQ=255) gagCACTGCATGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTaa < 1:1766211/51‑1 (MQ=255) gagCACTGCATGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTaa < 1:2049097/51‑1 (MQ=255) gagCACTGCATGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTaa < 1:3609611/51‑1 (MQ=255) gagCACTGCATGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAATTCAAACGCt < 1:2520629/71‑1 (MQ=255) gCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAATTCAAACGCTaa < 1:2578808/71‑1 (MQ=255) gCACTGCATGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAAc > 1:2808104/1‑51 (MQ=255) cACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAATTCAAACGCTAAt < 1:1886836/71‑1 (MQ=255) tGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCt < 1:2789703/43‑1 (MQ=255) cGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTaa > 1:2400645/1‑43 (MQ=255) cGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAATTCAAACGCTAATTGTc < 1:552992/70‑1 (MQ=255) cGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAATTCAAACGCTAATTGTc < 1:1190884/70‑1 (MQ=255) | CTCAGTTTGATTAATAGAGGTATTAATGCACGCTACCGCCCCTGGCTTTACAGCTACCAGAGCACTGCGTGCATGCCTATGATGTGACGAGCGTTACCCACTCGCGCTAAACCCGAAAAATTCAAACGCTAATTGTC > minE/1321715‑1321851 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |