| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,570,272 | C→T | 5.8% | S204S (AGC→AGT) | nupC → | nucleoside (except guanosine) transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,570,272 | 0 | C | T | 5.8% | 513.6 / 13.6 | 156 | S204S (AGC→AGT) | nupC | nucleoside (except guanosine) transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (83/63); new base T (7/2); total (91/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.27e-01 | |||||||||||
Only 100 of 160 total aligned reads displayed.
TCGTTGGTGCATACATGACCATGCTGGAACCGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATCAATCCTTACCGTGTTGATGCCAGTGAAGAAAACATCCAGATGTCCA > minE/1570202‑1570342 | tGGTGCATACATGACCATGCTGGAACCGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCt > 1:595352/1‑71 (MQ=255) tGGTGCATACATGACCATGCTGGAACCGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGAACCt > 1:349978/1‑71 (MQ=255) gTGCATACATGACCATGCTGGAACCGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCttt < 1:978735/71‑1 (MQ=255) gTGCATACATGACCATGCTGGAACCGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCttt < 1:1742542/71‑1 (MQ=255) gCATACATGACCATGCTGGAACCGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTAt > 1:1462451/1‑71 (MQ=255) cATACATGACCATGCTGGAACCGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCa > 1:3364604/1‑63 (MQ=255) cATACATGACCATGCTGGAACCGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTAt < 1:1966556/70‑1 (MQ=255) cATACATGACCATGCTGGAACCGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTAt < 1:2152145/70‑1 (MQ=255) aTACATGACCATGCTGGAACCGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCg > 1:750791/1‑71 (MQ=255) aTACATGACCATGCTGGAACCGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCg > 1:2930111/1‑71 (MQ=255) aTACATGACCATGCTGGAACCGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCg > 1:1861858/1‑71 (MQ=255) tACATGACCATGCTGGAACCGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTa < 1:3333759/67‑1 (MQ=255) tACATGACCATGCTGGAACCGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTa < 1:2818028/67‑1 (MQ=255) tACATGACCATGCTGGAACCGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGt > 1:513472/1‑71 (MQ=255) aTGACCATGCTGGAACCGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCt > 1:824717/1‑71 (MQ=255) tGACCATGCTGGAACCGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTg > 1:2781353/1‑71 (MQ=255) aCCATGCTGGAACCGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGt < 1:1031370/70‑1 (MQ=255) aCCATGCTGGAACCGAAATACGTCGTTGCTGCGATGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTc < 1:3180846/71‑1 (MQ=255) ccATGCTGGAACCGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCg < 1:2957759/71‑1 (MQ=255) ccATGCTGGAACCGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCg > 1:2528537/1‑71 (MQ=255) caaTGCTGGAACCGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCg > 1:2488965/3‑63 (MQ=255) cATGCTGGAACCGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCg < 1:923518/70‑1 (MQ=255) aTGCTGGAACCGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCt < 1:2705598/71‑1 (MQ=255) aTGCTGGAACCGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCt < 1:2040007/71‑1 (MQ=255) aTGCTGGAACCGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCt < 1:2042199/71‑1 (MQ=255) aTGCTGGAACCGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCt < 1:2367431/71‑1 (MQ=255) aTGCTGGAACCGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCt < 1:561397/71‑1 (MQ=255) tgatGGAACCGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTg < 1:406274/68‑1 (MQ=255) tGCTGGAACCGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCt > 1:1972058/1‑54 (MQ=255) tGCTGGAACCGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGc > 1:2060392/1‑63 (MQ=255) tGCTGGAACCGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCt > 1:3485832/1‑70 (MQ=255) tGGAACCGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCttt > 1:2076187/1‑53 (MQ=255) gAACCGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATc < 1:2402832/69‑1 (MQ=255) gAACCGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATCaa < 1:2809945/71‑1 (MQ=255) gAACCGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATCaa < 1:2516531/71‑1 (MQ=255) aaCCGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCa > 1:3328883/1‑45 (MQ=255) aaCCGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCa > 1:3148929/1‑45 (MQ=255) ccGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCttt > 1:1311140/1‑48 (MQ=255) cGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTTAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTg < 1:2673141/62‑1 (MQ=255) cGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTCAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTg < 1:1990522/62‑1 (MQ=255) aaTACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATCAATCCTTAc < 1:1938454/71‑1 (MQ=255) aTACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTg > 1:2267128/1‑49 (MQ=255) cgtcgtTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATCAATCCTTACCgtg < 1:2932827/71‑1 (MQ=255) cgtcgtTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATCAATCCTTACCgtg < 1:1632348/71‑1 (MQ=255) cgtcgtTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATCAATCCTTACCgtg > 1:3459463/1‑71 (MQ=255) cgtcgtTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATCAATCCTTACCgtg < 1:3026836/71‑1 (MQ=255) cgtcgtTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATCAATCCTTACCgt < 1:354983/70‑1 (MQ=255) gtcgtTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTGAt < 1:960003/56‑1 (MQ=255) gtcgtTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTGAt < 1:3107756/56‑1 (MQ=255) tcgtTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATCAATCCTTACCGTGtt < 1:1211011/71‑1 (MQ=255) cgtTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTGa > 1:3734071/1‑53 (MQ=255) cgtTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTGa > 1:1512954/1‑53 (MQ=255) cgtTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTGa > 1:2291248/1‑53 (MQ=255) cgtTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTGAt > 1:1808514/1‑54 (MQ=255) cgtTGCAGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTg > 1:1722581/1‑52 (MQ=255) gtTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATCAATCCTTACCGTGTTGa > 1:1128424/1‑71 (MQ=255) ctgcGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATCAATCCTTACCGTGTTGATGc > 1:2605501/1‑70 (MQ=255) ctgcGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATCAATCCTTACCGTGTTGATGc > 1:3641766/1‑70 (MQ=255) ctgcGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATCAATCCTTACCGTGTTGATGc > 1:1583530/1‑70 (MQ=255) tgcGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATCAATCCTTACCgt < 1:2799872/61‑1 (MQ=255) cgcTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATCAATCCTTACCgtgt > 1:2387916/1‑61 (MQ=255) cgcTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATCAATCCTTACCgtgt > 1:1222356/1‑61 (MQ=255) cgcTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATCAATCCTTACCgtgt > 1:2710600/1‑61 (MQ=255) cgcTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATCAATCCTTACCgtgt > 1:353000/1‑61 (MQ=255) cgcTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATCAATCCTTACCGTGTTGATGCCAg < 1:3541611/70‑1 (MQ=255) cgcTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATCAATCCTTACCGTGTTGATGCCAGt < 1:271497/71‑1 (MQ=255) cgcTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATCAATCCTTACCGTGTTGATGCCAGt < 1:2242814/71‑1 (MQ=255) gcTGGTACTGAACATGTTCTGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATCa < 1:3359907/47‑1 (MQ=255) cTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATCAATCCTTACCGTGTTGATGCCAGTg > 1:3025146/1‑70 (MQ=255) cTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATCAATCCTTACCGTGTTGATGCCAGTg > 1:3613542/1‑70 (MQ=255) cTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATCAATCCTTACCGTGTTGATGCCAGTg > 1:487967/1‑70 (MQ=255) tGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCt > 1:3579492/1‑40 (MQ=255) ggTGCTGAACATGTTCAGTACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATCAATCCTTACCGTGTTGATGCCa < 1:1901036/65‑1 (MQ=255) gTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATCAATc > 1:10825/1‑46 (MQ=255) gTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATCAATc > 1:672377/1‑46 (MQ=255) gTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATCAATCCTTACCGTGTTGATGCCAGTgaag < 1:2709797/70‑1 (MQ=255) gTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATCAATCCTTACCGTGTTGATGCCAGTgaag < 1:1357179/70‑1 (MQ=255) gTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATCAATCCTTACCGTGTTGATGCCAGTgaag > 1:3166098/1‑70 (MQ=255) gTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATCAATCCTTACCGTGTTGATGCCAGTgaag < 1:2656112/70‑1 (MQ=255) tgcTGAACATGTTCAGTACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATCAATCCTTACCGTGTTGATGCCAGt > 1:2571159/3‑65 (MQ=255) tgcTGAACATGTTCAGTACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATCAATCCTTACCGTGTTGATGCCAGt > 1:1678950/3‑65 (MQ=255) tgcTGAACATGTTCAGTACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATCAATCCTTACCGTGTTGATGCCAGt > 1:2797578/3‑65 (MQ=255) tACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATCAATCCTTACCGTGTTGATGCCAGTgaagaa < 1:3646777/71‑1 (MQ=255) aCTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATCAATCCTTACAGTGTTGATGCCAg > 1:829643/1‑63 (MQ=255) gAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATCAATCCTTACCGTGTTGATGCCAGTGAAGAAAACa > 1:369947/1‑71 (MQ=255) gAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATCAATCCTTACCGTGTTGATGCCAGTGAAGAAAACa > 1:2025693/1‑71 (MQ=255) aaCATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATCAATCCTTACCGTGTTGATGCCAGTGAAGAAAACa > 1:1518066/1‑70 (MQ=255) aaCATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATCAATCCTTACCGTGTTGATGCCAGTGAAGAAAACAt > 1:3180295/1‑71 (MQ=255) aCATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATCAATCCTTACCGTGTTGATGCCAGTGAAGAAAACATc < 1:1728849/71‑1 (MQ=255) gaTGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATCAATCCTTACCGTGTTGATGCCAGTGAAGAAAACATc < 1:1856862/69‑1 (MQ=255) cATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATCAATCCTTACCGTGTTGATGCCAGTGAAGAAAACATcc < 1:228922/71‑1 (MQ=255) aTGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATCAATCCTTACCGTGTTGATGCCAGTgaa > 1:3318310/1‑60 (MQ=255) aTGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATCAATCCTTACCGTGTTGATGCCAGTgaa > 1:1807647/1‑60 (MQ=255) aTGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATCAATCCTTACCGTGTTGATGCCAGTgaa > 1:685/1‑60 (MQ=255) tGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATCAATCCTTACCGTGTTGATGCCAGTGAAGAAAACATc > 1:2643026/1‑68 (MQ=255) gTTCAGTACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATCAATcc > 1:1454812/1‑36 (MQ=255) gTTCAGTACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATCAATCCTTACCGTGTTGATGCCAGTgaa > 1:1440329/1‑58 (MQ=255) ttCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATCAATCCTTACCGTGTTGATGCCAGTGAAGAAAACATCCAGAt < 1:423906/71‑1 (MQ=255) cACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATCAATCCTTACCGTGTTGATGCCAGTGAAGAAAACATCCAGATGTCCa < 1:1144772/71‑1 (MQ=255) cACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATCAATCCTTACCGTGTTGATGCCAGTGAAGAAAACATCCAGATGTCCa < 1:1195671/71‑1 (MQ=255) | TCGTTGGTGCATACATGACCATGCTGGAACCGAAATACGTCGTTGCTGCGCTGGTACTGAACATGTTCAGCACCTTTATCGTGCTGTCGCTGATCAATCCTTACCGTGTTGATGCCAGTGAAGAAAACATCCAGATGTCCA > minE/1570202‑1570342 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |