| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 218,106 | G→T | 16.7% | E31D (GAG→GAT) | yafF → | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 218,106 | 0 | G | T | 16.7% | 241.2 / 23.1 | 83 | E31D (GAG→GAT) | yafF | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (42/27); new base T (8/6); total (50/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TAAGAAGAGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGAAACTACCTGGCGTCA > minE/218036‑218175 | tAAGAAGAGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATgag < 1:3443837/71‑1 (MQ=255) aagaGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAgg < 1:277144/71‑1 (MQ=255) agagGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGTCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAgg < 1:3413778/70‑1 (MQ=255) ggAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTAtt > 1:2187636/1‑71 (MQ=255) ggAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTAt > 1:2769298/1‑70 (MQ=255) gAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTAtt > 1:1591808/1‑70 (MQ=255) aaaCGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTAt < 1:688660/68‑1 (MQ=255) aaaCGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCa < 1:803445/71‑1 (MQ=255) aaCGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGaa > 1:3737457/1‑62 (MQ=255) aaCGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTc > 1:345098/1‑69 (MQ=255) aaCGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTc > 1:2253703/1‑69 (MQ=255) aaCGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCa > 1:1010457/1‑70 (MQ=255) aCGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTAtt > 1:1661006/1‑67 (MQ=255) agcagAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATgag > 1:1715043/1‑55 (MQ=255) agcagAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATgag > 1:3689757/1‑55 (MQ=255) cagAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAggg > 1:1426161/1‑71 (MQ=255) gAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGtt < 1:1788217/71‑1 (MQ=255) aaTTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGtt > 1:427371/1‑70 (MQ=255) attTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGAc > 1:3416680/1‑71 (MQ=255) ttttCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATaa > 1:1633385/1‑47 (MQ=255) ttttCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATaa > 1:708784/1‑47 (MQ=255) ttttCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATaa > 1:658226/1‑47 (MQ=255) ttttCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATaa > 1:2887661/1‑47 (MQ=255) ttttCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATaa > 1:1274094/1‑47 (MQ=255) ttttCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATaa > 1:2109849/1‑47 (MQ=255) ttttCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACg > 1:1796938/1‑71 (MQ=255) ttttCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACg > 1:2373337/1‑71 (MQ=255) ttttCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACg > 1:2338055/1‑71 (MQ=255) aGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAg < 1:1595530/70‑1 (MQ=255) aGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGt > 1:2244096/1‑67 (MQ=255) 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cGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTc < 1:1341432/42‑1 (MQ=255) gtcacaTTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGc < 1:3131509/44‑1 (MQ=255) ggCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCaa > 1:301589/1‑43 (MQ=255) ggCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGc < 1:2498818/46‑1 (MQ=255) gCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATACGAAAag < 1:1087306/71‑1 (MQ=255) gCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAag > 1:2822706/1‑71 (MQ=255) gCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAag > 1:3162406/1‑71 (MQ=255) cacaTTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAg > 1:2566658/1‑46 (MQ=255) cacaTTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAg > 1:2169755/1‑46 (MQ=255) acaTTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAagca < 1:326845/71‑1 (MQ=255) acaTTGCTATTAATATTTTGACGAATGATAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAagca < 1:1945226/71‑1 (MQ=255) acaTTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAagca < 1:1942349/71‑1 (MQ=255) aTTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGc < 1:3407463/41‑1 (MQ=255) ttGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGtt < 1:256468/46‑1 (MQ=255) ttGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGa > 1:2822868/1‑50 (MQ=255) ttGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGa > 1:3482741/1‑50 (MQ=255) ttGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGa > 1:1546753/1‑50 (MQ=255) ttGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAagcagc > 1:1080462/1‑70 (MQ=255) ttGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTAGTCAAGGCa > 1:2466092/1‑41 (MQ=255) tGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCa > 1:2880659/1‑71 (MQ=255) tGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCa > 1:2876374/1‑71 (MQ=255) cTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATg < 1:591557/71‑1 (MQ=255) cTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATg < 1:734523/71‑1 (MQ=255) 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ttGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATgg > 1:2709154/1‑61 (MQ=255) ttGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGa > 1:656529/1‑62 (MQ=255) ttGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGa > 1:475962/1‑62 (MQ=255) tGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGAAACTAc < 1:1953870/71‑1 (MQ=255) aCGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGAAACTACCt < 1:2056639/71‑1 (MQ=255) cGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGAAACTACCt < 1:385319/70‑1 (MQ=255) cGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGAAACTACCTg > 1:1967050/1‑71 (MQ=255) aTGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGAAAc > 1:422167/1‑62 (MQ=255) aTGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGAAACTACCTTGCg > 1:3288409/1‑71 (MQ=255) aTGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGAAACTACCTGGCg > 1:1105588/1‑71 (MQ=255) aTGAGAAGGTATTCAAGGCAGGG‑TAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGAAAc > 1:124952/1‑61 (MQ=255) gagaAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGAAACTACCt < 1:296936/65‑1 (MQ=255) agaAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGAAACTACCTGGCGTc < 1:3160707/70‑1 (MQ=255) agaAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGAAACTACCTGGCGTCa < 1:3495115/71‑1 (MQ=255) gaAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGAAACTACCt < 1:189408/63‑1 (MQ=255) | TAAGAAGAGGAAACGCAGCAGAATTATTTTCAGGGATACGGCACATTGCTATTAATATTTTGACGAATGAGAAGGTATTCAAGGCAGGGTTAAGACGTAAGATGCGAAAAGCAGCCATGGACAGAAACTACCTGGCGTCA > minE/218036‑218175 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |