| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,222,933 | G→A | 23.9% | V15V (GTG→GTA) | panF → | pantothenate:sodium symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,222,933 | 0 | G | A | 23.9% | 85.0 / 25.5 | 46 | V15V (GTG→GTA) | panF | pantothenate:sodium symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (17/18); new base A (9/2); total (26/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.21e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
CGCGATATCCCACTGGAGGATGACGATGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGTTCGGTATCTCGGTTTATGCGATGCGTAAACGGAGCACCGGCACCTTCCTTAATGAGTATTTCCT > minE/2222864‑2223001 | cgcgATATCCCACTGGAGGATGACGATGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCtggtggtgg > 1:2761686/1‑71 (MQ=255) gATATCCCACTGGAGGATGACGATGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGgtgt < 1:1753617/71‑1 (MQ=255) cTGGAGGATGACGATGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGTTCGGTAtct < 1:1034095/71‑1 (MQ=255) cTGGAGGATGACGATGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTAGTGTTCGGTAtct < 1:1668027/71‑1 (MQ=255) tGGAGGATGACGATGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTTGGCGCCTATCTGGTGGTGGTGTTc < 1:1709455/63‑1 (MQ=255) tGGAGGATGACGATGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGTTc < 1:1177093/63‑1 (MQ=255) tGGAGGATGACGATGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGTTCGGTAtctc > 1:1778994/1‑71 (MQ=255) gaggaTGACGATGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGTTCGGTAtctc < 1:2528163/69‑1 (MQ=255) gaTGACGATGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGTTCGGTATCTCGGtt > 1:102265/1‑70 (MQ=255) gaTGACGATGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGTTCGGTATCTCGGtt > 1:583188/1‑70 (MQ=255) gaTGACGATGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTAGTGTTCGGTa > 1:2825591/1‑62 (MQ=255) aTGACGATGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGTTCGGTATCTCGGTTTa < 1:3242316/71‑1 (MQ=255) tGACGATGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGTTCGGTATCTCGGTTTat > 1:1059524/1‑71 (MQ=255) aCGATGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTggtggtggt < 1:679315/50‑1 (MQ=255) aTGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGTTCGGTATCTCGGTTTatgcgat > 1:1919110/1‑71 (MQ=255) aGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGgtggtggtg < 1:106958/44‑1 (MQ=255) aGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGtt < 1:2640067/46‑1 (MQ=255) aGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGtt < 1:3732088/46‑1 (MQ=255) cTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGTTCGGTATCTCGGTTTATGCGATGCGTa > 1:3113825/1‑70 (MQ=255) ttGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGTTc < 1:1713983/44‑1 (MQ=255) gAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGTTCGGTa > 1:1865343/1‑46 (MQ=255) gAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGTTCGGTa > 1:183498/1‑46 (MQ=255) gAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGTTCGGTATCTCGGTTTATGCGATGCGTAAAc < 1:1918789/70‑1 (MQ=255) aaGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGTTCGGTATCTCGGTTTATGCGATGCGTAAACg < 1:2931194/70‑1 (MQ=255) aaGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTAGTGTTCGGTATCTCGGTTTATGCGATGCGTAAACg > 1:1209961/1‑70 (MQ=255) gTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGTTCGGTATCTCGGTTTATGCGATGCGTAAACg < 1:2145056/68‑1 (MQ=255) aTTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGtt > 1:46518/1‑35 (MQ=255) aTTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGtt > 1:2448299/1‑35 (MQ=255) aTTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGtt > 1:1487700/1‑35 (MQ=255) aTTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGtt > 1:2607012/1‑35 (MQ=255) tCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGTTCGGTATCTCGGTTTATGCGATGCGTAAAc > 1:1171865/1‑62 (MQ=255) aCCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTAGTGTTCGGTATCTCGGTTTatgcga > 1:2513592/1‑50 (MQ=255) aCCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTAGTGTTCGGTATCTCGGTTTatgcga > 1:1390145/1‑50 (MQ=255) aCCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTAGTGTTCGGTATCTCGGTTTatgcga > 1:2992845/1‑50 (MQ=255) gCTGGTCGCCTATCTGGTGGTAGTGTTCGGTATCTCGGTTTATGCGATGCGTAAACGGAGCACCGGCAcct < 1:3599625/71‑1 (MQ=255) cTGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGTTCGGTATCTCGGTTTatgcgatg > 1:2650981/1‑48 (MQ=255) cTGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGTTCGGTATCTCGGTTTATGCGATGCGTAAACGGAGCACCGGCAcctt < 1:2937976/71‑1 (MQ=255) tGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGTTCGGTATCTCGGTTTATGCGATGCGTAAACGGAGc < 1:1564481/59‑1 (MQ=255) tGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGTTCGGTATCTCGGTTTATGCGATGCGTAAACGGAGc < 1:568526/59‑1 (MQ=255) cGCCTATCTGGTGGTAGTGTTCGGTATCTCGGTTTATGCGATGCGTAAACGGAGCAcc > 1:73584/1‑58 (MQ=255) cGCCTATCTGGTGGTAGTGTTCGGTATCTCGGTTTATGCGATGCGTAAACGGAGCAcc > 1:3228621/1‑58 (MQ=255) cGCCTATCTGGTGGTAGTGTTCGGTATCTCGGTTTATGCGATGCGTAAACGGAGCAc > 1:1349625/1‑57 (MQ=255) gCCTATCTGGTGGTGGTGTTCGGTATCTCGGTTTATGCGATGCGTAAACGGAGCACCGGCACCTTCCTTa < 1:3667714/70‑1 (MQ=255) cTATCTGGTGGTGGTGTTAGGTATCTCGGTTTATGCGATGCGTAAACGGAGCACCGGCACCTTCCTTAAt > 1:2496898/1‑70 (MQ=255) tATCTGGTGGTGGTGTTCGGTATCTCGGTTTATGCGATGCGTAAACGGAGCACCGGCACCTTCCTTAAt > 1:552837/1‑69 (MQ=255) aTCTGGTGGTGGTGTTCGGTATCTCGGTTTATGCGATGCGTAAACGGAGCACCGGCACCTTCCTTAAt > 1:1259873/1‑68 (MQ=255) tCTGGTGGTGGTGTTCGGTATCTCGGTTTATGCGATGCGTAAACGGAg < 1:3320640/48‑1 (MQ=255) tCTGGTGGTGGTGTTCGGTATCTCGGTTTATGCGATGCGTAAACGGAg < 1:488888/48‑1 (MQ=255) tCTGGTGGTAGTGTTCGGTATCTCGGTTTatgcga > 1:2135163/1‑35 (MQ=255) ggtggtggtGTTCGGTATCTCGGTTTATGCGATGCGTAAACGGAGCACCGGCACCTTCCTTAATGAGTAtt > 1:298643/1‑71 (MQ=255) gtggtagtgTTCGGTATCTCGGTTTATGCGATGCGTAAACGGAGCACCGGCACCTTCCTTAATGAGTAtt > 1:1769135/1‑70 (MQ=255) gtggtgTTCGGTATCTCGGTTTATGCGATGCGTAAACGGAGCACCGGCACCTTCCTTAATGAGTATTTCCt < 1:2448891/71‑1 (MQ=255) gtggtgTTCGGTATCTCGGTTTATGCGATGCGTAAACGGAGCACCGGCACCTTCCTTAATGAGTATTTCCt < 1:1231823/71‑1 (MQ=255) | CGCGATATCCCACTGGAGGATGACGATGCAGCTTGAAGTAATTCTACCGCTGGTCGCCTATCTGGTGGTGGTGTTCGGTATCTCGGTTTATGCGATGCGTAAACGGAGCACCGGCACCTTCCTTAATGAGTATTTCCT > minE/2222864‑2223001 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |