| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,460,541 | T→G | 10.0% | intergenic (+159/‑220) | mioC → / → gidA | FMN‑binding protein MioC/glucose‑inhibited cell‑division protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,460,541 | 0 | T | G | 10.0% | 218.7 / 20.5 | 90 | intergenic (+159/‑220) | mioC/gidA | FMN‑binding protein MioC/glucose‑inhibited cell‑division protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (29/52); new base G (3/6); total (32/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.61e-01 | |||||||||||
TTTGAGTTGTGTATAACCCCTCATTCTGATCCCAGCTTATACGGTCCAGGATCACCGATCATTCACAGTTAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATCTTAAAAGCCGGATCCTTGTTATCCACAGGGCAGTGCGATCCTA > minE/2460472‑2460609 | tttGAGTTGTGTATAACCCCTCATTCTGATCCCAGCTTATACGGTCCAGGATCACCGATCATTCACAGtt > 1:171261/1‑70 (MQ=255)tttGAGTTGTGTATAACCCCTCATTCTGATCCCAGCTTATACGGTCCAGGATCACCGATCATTCACAGtt < 1:2105709/70‑1 (MQ=255) ttGTGTATAACCCCTCATTCTGATCCCAGCTTATACGGTCCAGGATCACCGATCATTAACTGTGAATGATc < 1:3549979/71‑1 (MQ=39) ttGTGTATAACCCCTCATTCTGATCCCAGCTTATACGGTCCAGGATCACCGATCATTAACTGTGAATGATc < 1:367646/71‑1 (MQ=39) gtgtATAACCCCTCATTCTGATCCCAGCTTATACGGTCCAGGATCACCGATCATTCACAGTTAATGATCCt > 1:377912/1‑71 (MQ=255) tgtATAACCCCTCATTCTGATCCCAGCTTATACGGTCCAGGATCACCGATCATTCACAGTTAATGATCCt < 1:2137029/70‑1 (MQ=255) tataACCCCTCATTCTGATCCCAGCTTATACGGTCCAGGATCACCGATCATTCACAGTTAATGATCCTTTc < 1:677538/71‑1 (MQ=255) tataACCCCTCATTCTGATCCCAGCTTATACGGTCCAGGATCACCGATCATTCACAGTTAATGATCCTTTc < 1:2407355/71‑1 (MQ=255) tataACCCCTCATTCTGATCCCAGCTTATACGGTCCAGGATCACCGATCATTCACAGTTAATGATCCTTTc < 1:3387845/71‑1 (MQ=255) tataACCCCTCATTCTGATCCCAGCTTATACGGTCCAGGATCACCGATCATTCACAGTTAATGATCCTTTc < 1:1860000/71‑1 (MQ=255) ataACCCCTCATTCTGATCCCAGCTTATACGGTCCAGGATCACCGATCATTCACAGTTAATGATCCTTTc > 1:2405665/1‑70 (MQ=255) ataACCCCTCATTCTGATCCCAGCTTATACGGTCCAGGATCACCGATCATTCACAGTTAATGATCCTTTc > 1:3409398/1‑70 (MQ=255) ataACCCCTCATTCTGATCCCAGCTTATACGGTCCAGGATCACCGATCATTCACAGTTAATGATCCTTTc > 1:2478203/1‑70 (MQ=255) ataACCCCTCATTCTGATCCCAGCTTATACGGTCCAGGATCACCGATCATTCACAGTTAATGATCCTTTc > 1:2874339/1‑70 (MQ=255) ataACCCCTCATTCTGATCCCAGCTTATACGGTCCAGGATCACCGATCATTCACAGATAATGATCCTTTc > 1:2540650/1‑70 (MQ=255) taACCCCTCATTCTGATCCCAGCTTATACGGTCCAGGATCACCGATCATTCACAGTTAATGATCCTTTc > 1:495852/1‑69 (MQ=255) aaCCCCTCATTCTGATCCCAGCTTATACGGTCCAGGATCACCGATCATTCACAGTTAATGAt < 1:2124301/62‑1 (MQ=255) aCCCCTCATTCTGATCCCAGCTTATACGGTCCAGGATCACCGATCATTCACAGTTAATGATCCTTTCCAgg < 1:620297/71‑1 (MQ=255) aCCCCTCATTCTGATCCCAGCTTATACGGTCCAGGATCACCGATCATTCACAGTTAATGATCCTTTCCAgg < 1:983127/71‑1 (MQ=255) aCCCCTCATTCTGATCCCAGCTTATACGGTCCAGGATCACCGATCATTCACAGTTAATGATCCTTTCCAg < 1:703904/70‑1 (MQ=255) cccTCATTCTGATCCCAGCTTATACGGTCCAGGATCACCGATCATTCACAGTTAATGATCCTTTCCAGgtt < 1:2514603/71‑1 (MQ=255) ccTCATTCTGATCCCAGCTTATACGGTCCAGGATCACCGATCATTCACAGTTAATGATCCTTTcc < 1:337209/65‑1 (MQ=255) ccTCATTCTGATCCCAGCTTATACGGTCCAGGATCACCGATCATTCACAGTTAATGATCCTTTcc < 1:1663440/65‑1 (MQ=255) ccTCATTCTGATCCCAGCTTATACGGTCCAGGATCACCGATCATTCACAGTTAATGATCCTTTCCAGgttg < 1:1163588/71‑1 (MQ=255) cTCATTCTGATCCCAGCTTATACGGTCCAGGATCACCGATCATTCACAGTTAATGATCCTTTCCAGgttgt > 1:1717186/1‑71 (MQ=255) cTCATTCTGATCCCAGCTTATACGGTCCAGGATCACCGATCATTCACAGTTAATGATCCTTTCCAGgttgt > 1:245900/1‑71 (MQ=255) aTTCTGATCCCAGCTTATACGGTCCAGGATCACCGATCATTCACAGTTAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGa > 1:749467/1‑71 (MQ=255) cTGATCCCAGCTTATACGGTCCAGGATCACCGATCATTCACAGTTAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATc < 1:2912112/70‑1 (MQ=255) aTCCCAGCTTATACGGTCCAGGATCACCGATCATTCACAGTTAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATCTTaa < 1:2715870/71‑1 (MQ=255) aTCCCAGCTTATACGGTCCAGGATCACCGATCATTCACAGTTAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATCTTaa < 1:3558506/71‑1 (MQ=255) ccAGCTTATACGGTCCAGGATCACCGATCATTCACAGTTa < 1:2880580/40‑1 (MQ=255) ccAGCTTATACGGTCCAGGATCACCGATCATTCACAGTTa < 1:152805/40‑1 (MQ=255) ccAGCTTATACGGTCCAGGATCACCGATCATTCACAGTTAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATCTTaaaa < 1:992486/70‑1 (MQ=255) ccAGCTTATACGGTCCAGGATCACCGATCATTCACAGTTAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATCTTAAAAg < 1:3044816/71‑1 (MQ=255) gCTTATACGGTCCAGGATCACCGATCATTCACAGTTa > 1:786773/1‑37 (MQ=255) gCTTATACGGTCCAGGATCACCGATCATTCACAGTTAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATCTTAAAAGCCg > 1:727487/1‑71 (MQ=255) cTTATACGGTCCAGGATCACCGATCATTCACAGTTAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATCTTAAAAGCCg > 1:2316318/1‑70 (MQ=255) ataCGGTCCAGGATCACCGATCATTCACAGTTAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATCTTAAAAGCCGGa < 1:2748717/69‑1 (MQ=255) ataCGGTCCAGGATCACCGATCATTCACAGTTAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATCTTAAAAGCCGGa < 1:1865724/69‑1 (MQ=255) taCGGTCCAGGATCACCGATCATTCACAGTTAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATCTTAAAAGCCGGAta < 1:2450134/70‑2 (MQ=255) aCGGTCCAGGATCACCGATCATTCACAGTTTATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATCTTAAAAGCCGGATctt > 1:2881554/1‑69 (MQ=255) aCGGTCCAGGATCACCGATCATTCACAGTTAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATCTTAAAAGCCGGa < 1:2008965/67‑1 (MQ=255) aCGGTCCAGGATCACCGATCATTCACAGTTAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATCTTAAAAGCCGGATctt > 1:3250974/1‑69 (MQ=255) cGGTCCAGGATCACCGATCATTCACAGTTAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATCTTAAAAGCCGGATCCt < 1:992122/70‑1 (MQ=255) cGGTCCAGGATCACCGATCATTCACAGTTAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATCTTAAAAGCCGGATCCt < 1:705751/70‑1 (MQ=255) cGGTCCAGGATCACCGATCATTCACAGTTAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATCTTAAAAGCCGGATCCt < 1:3062997/70‑1 (MQ=255) tCCAGGATCACCGATCATTCACAGTTAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATCTTAAAAGCCGGATCCTTGtt < 1:1486331/71‑1 (MQ=255) cAGGATCACCGATCATTCAGAGTTAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATCTTAAAAGCCGGa < 1:1453862/61‑1 (MQ=255) cAGGATCACCGATCATTCACAGTTAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATCTTAAAAGCCGGATCCTTGtt < 1:1040926/69‑1 (MQ=255) cAGGATCACCGATCATTCACAGTTAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATCTTAAAAGCCGGATCCTTGTTa < 1:278424/70‑1 (MQ=255) ggATCACCGATCATTCACAGTTAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATCTTAAAAGCCGGATCCTTGTTATc > 1:2435129/1‑70 (MQ=255) gATCACCGATCATTCACAGTTAATGATCCTTTCCAGgttgt < 1:619702/41‑1 (MQ=255) gATCACCGATCATTCACAGTTAATGATCCTTTCCAGgttgt < 1:3179785/41‑1 (MQ=255) gATCACCGATCATTCACAGTTAATGATCCTTTCCAGgttgt < 1:2952612/41‑1 (MQ=255) gATCACCGATCATTCACAGTTAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATCTTAAAAGcc < 1:2730616/55‑1 (MQ=255) gATCACCGATCATTCACAGTTAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATCTTAAAAGCCGGATCCTTGTTATCca > 1:552584/1‑71 (MQ=255) gATCACCGATCATTCACAGTTAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATCTTAAAAGCCGGATCCTTGTTATCca > 1:2693514/1‑71 (MQ=255) aTCACCGATCATTCACAGTTAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATCTTAAAAGCCGGATCCTTGTTATCcac < 1:2205723/71‑1 (MQ=255) aTCACCGATCATTCACAGTTAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATCTTAAAAGCCGGATCCTTGTTATCcac < 1:3441014/71‑1 (MQ=255) aTCACCGATCATTCACAGTTAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATCTTAAAAGCCGGATCCTTGTTATCca > 1:3107661/1‑70 (MQ=255) tCACCGATCATTCACAGTTAATGATCCTTTCCAGGttgttg > 1:3551329/1‑41 (MQ=255) tccGATCATTCACAGTTAATGATCCCTTCCAGgttgt < 1:2694646/36‑1 (MQ=255) aCCGATCATTCACAGTTAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATCTTaa < 1:3218198/46‑1 (MQ=255) aCCGATCATTCACAGTTAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATCTTaa < 1:1188125/46‑1 (MQ=255) aCCGATCATTCACAGTTAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATCTTaa < 1:2784009/46‑1 (MQ=255) gATCATTCACAGTTAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATCtt < 1:3492452/41‑1 (MQ=255) gATCATTCACAGTTAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATCTTAAAAGCCGGATCCTTGTTATCCACAggg > 1:2087854/1‑69 (MQ=255) aTCATTCACAGTTAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATCtt < 1:505806/40‑1 (MQ=255) cATTCACAGTTAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATCTTAAAAGCCGGATCCTTGTTATCCACAGGGCAGTg > 1:9120/1‑71 (MQ=255) cATTCACAGTTAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATCTTAAAAGCCGGATCCTTGTTATCCACAGGGCAGTg > 1:2186796/1‑71 (MQ=255) cATTAACTGTGAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATCt > 1:707858/1‑37 (MQ=21) cATTAACTGTGAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATCt > 1:1785338/1‑37 (MQ=21) cATTAACTGTGAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATCt > 1:1293796/1‑37 (MQ=21) cATTAACTGTGAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATCTTAAAAg < 1:3617489/43‑1 (MQ=25) aTTAACTGTGAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATCTTAAAAGCCGTATCCTTGTTATCCACAGGGCAGTg < 1:464127/70‑1 (MQ=255) aTTAACTGTGAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATCTTAAAAGCCGGATCCTTGTTATCCACAGGGCAGTg < 1:3403779/70‑1 (MQ=255) aTTAACTGTGAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATCTTAAAAGCCGGATCCTTGTTATCCACAGGGCAGTg < 1:3706567/70‑1 (MQ=255) ttCACAGTTAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATCTTAAAAGCCGGATCCTTGTTATCCACAGGGCAGTGCg < 1:2104211/71‑1 (MQ=255) tCACAGTTAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATCTTAAAAGCCGGATCCt < 1:3563039/49‑1 (MQ=255) tCACAGTTAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATCTTAAAAGCCGGATCCt < 1:2295619/49‑1 (MQ=255) tCACAGTTAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATCTTAAAAGCCGGATCCt < 1:1847744/49‑1 (MQ=255) cacaGTTAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATCTTAAAAGCCGGATCCTTGTTATCCACAGGGCAGTGCGa < 1:2221108/70‑1 (MQ=255) acaGTTAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATCTTAAAAGCCGGATCCTTg > 1:3640017/1‑49 (MQ=255) acaGTTAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATCTTAAAAGCCGGATCCTTGTTATCCACAGGGCAGTGCGa < 1:1529369/69‑1 (MQ=255) aGTTAATGATCCTTTCCAGGTTTTTGATCTTAAAAGCCGGATCCTTGTTATCCACAGGGCAGTGCGATcc > 1:2113949/1‑70 (MQ=255) aGTTAATGATCCTTTCCAGGTTTTTGATCTTAAAAGCCGGATCCTTGTTATCCACAGGGCAGTGCGATcc > 1:2109616/1‑70 (MQ=255) aGTTAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATCTTAAAAGCCGGATcc < 1:3318294/44‑1 (MQ=255) aGTTAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATCTTAAAAGCCGGATCCTTGTTATCCACAGGGCAGTGCGATc > 1:1262687/1‑69 (MQ=255) aGTTAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATCTTAAAAGCCGGATCCTTGTTATCCACAGGGCAGTGCGATc > 1:1668278/1‑69 (MQ=255) aGTTAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATCTTAAAAGCCGGATCCTTGTTATCCACAGGGCAGTGCGATCCt < 1:994412/71‑1 (MQ=255) aGTTAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATCTTAAAAGCCGGATCCTTGTTATACACAGGGCAGTGCGATc > 1:173599/1‑69 (MQ=255) gTTAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATCTTAAAAGCCGGATCCTTGTTATCCACAGGGCAGTGCGATCCta < 1:2975756/71‑1 (MQ=255) | TTTGAGTTGTGTATAACCCCTCATTCTGATCCCAGCTTATACGGTCCAGGATCACCGATCATTCACAGTTAATGATCCTTTCCAGGTTGTTGATCTTAAAAGCCGGATCCTTGTTATCCACAGGGCAGTGCGATCCTA > minE/2460472‑2460609 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |