| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,551,927 | A→C | 8.3% | K178N (AAA→AAC) | yibD → | predicted glycosyl transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,551,927 | 0 | A | C | 8.3% | 149.4 / 9.4 | 60 | K178N (AAA→AAC) | yibD | predicted glycosyl transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/28); new base C (2/3); total (29/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.53e-01 | |||||||||||
GGGCTTTCTTCGCGCCGTTGGACTCACGTTGTCTGGATGGGGGTTTATCGCCGTGATGTTATTGTTAAAAATAACATTAAATTTATTGCCGGATTACATCATCAGGATATTGTCTGGACAACAGAATTCATGTTTAA > minE/2551859‑2551995 | gggCTTTCTTCGCGCCGTTGGACTCACGTTGTCTGGATGGGGGTTTATCGCCGTGATGTTATTGTTaaaa < 1:2443717/70‑1 (MQ=255) ggCTTTCTTCGCGCCGTTGGACTCACGTTGTCTGGATGGGGGTTTATCGCCGTGATGTTATTGTTAAAAAt < 1:3233518/71‑1 (MQ=255) gCTTTCTTCGCGCCGTTGGACTCACGTTGTCTGGATGGGGGTTTATCGCCGTGATGTTATTGTTAAAAATa < 1:2310621/71‑1 (MQ=255) cTTTCTTCGCGCCGTTGGACTCACGTTGTCTGGATGGGGGTTTATCGCCGTGATGTTATTGTTAAAAATaa > 1:892137/1‑71 (MQ=255) ttcttcGCGCCGTTGGACTCACGTTGTCTGGATGGGGGTTTATCGCCGTGATGTTATTGTTAAAAATAACa > 1:155422/1‑71 (MQ=255) ttcGCGCCGTTGGACTCACGTTGTCTGGATGGGGGTTTATCGCCGTGATGTTATTGTTAAAAATaa > 1:3218329/1‑66 (MQ=255) ttcGCGCCGTTGGACTCACGTTGTCTGGATGGGGGTTTATCGCCGTGATGTTATTGTTAAAAATa > 1:2098230/1‑65 (MQ=255) ttcgcCGTTGGACTCACGTTGTCTGGATGGGGGTTTATCGCCGTGATGTTATTGTTAAAAATaa > 1:1582568/3‑64 (MQ=255) cgcCGTTGGACTCACGTTGTCTGGATGGGGGTTTATCGCCGTGATGTTATTTTTAACAATa < 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GGGCTTTCTTCGCGCCGTTGGACTCACGTTGTCTGGATGGGGGTTTATCGCCGTGATGTTATTGTTAAAAATAACATTAAATTTATTGCCGGATTACATCATCAGGATATTGTCTGGACAACAGAATTCATGTTTAA > minE/2551859‑2551995 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |