| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,581,803 | T→G | 5.3% | intergenic (+293/‑77) | gadA → / → gadX | glutamate decarboxylase A, PLP‑dependent/DNA‑binding transcriptional dual regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,581,803 | 0 | T | G | 5.3% | 212.7 / 5.6 | 76 | intergenic (+293/‑77) | gadA/gadX | glutamate decarboxylase A, PLP‑dependent/DNA‑binding transcriptional dual regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (35/37); new base G (2/2); total (37/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.51e-01 | |||||||||||
AATCCAGTCATCCTGCCCGTAGAACATCACACATTATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTAAGAGGGCGGCGTGCTACATTAATAAACAGTAATATGTTTATGTAATATT > minE/2581734‑2581870 | aaTCCAGTCATCCTGCCCGTAGAACATCACACATTATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAatttattt < 1:939819/70‑1 (MQ=255) aTCCAGTCATCCTGCCCGTAGAACATCACACATTATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATttatttat < 1:3205585/71‑1 (MQ=255) aTCCAGTCATCCTGCCCGTAGAACATCACACATTATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATttatttat < 1:895811/71‑1 (MQ=255) aTCCAGTCATCCTGCCCGTAGAACATCACACATTATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATttatttat < 1:68060/71‑1 (MQ=255) cAGTCATCCTGCCCGTAGAACATCACACATTATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTatcaa < 1:3229019/71‑1 (MQ=255) cAGTCATCCTGCCCGTAGAACATCACACATTATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTatcaa < 1:2771824/71‑1 (MQ=255) cAGTCATCCTGCCCGTAGAACATCACACATTATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTatca < 1:40766/70‑1 (MQ=255) aGTCATCCTGCCCGTAGAACATCACACATTATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTatcaat < 1:1216110/71‑1 (MQ=255) gTCATCCTGCCCGTAGAACATCACACATTATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTatcaat > 1:2574002/1‑70 (MQ=255) gTCATCCTGCCCGTAGAACATCACACATTATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTatcaat > 1:691215/1‑70 (MQ=255) tCATCCTGCCCGTAGAACATCACACATTATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTatcaatc > 1:3135680/1‑70 (MQ=255) ccTGCCCGTAGAACATCACACATTATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTATcaatcaat < 1:1824903/69‑1 (MQ=255) ccTGCCCGTAGAACATCACACATTATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTATcaatcaat < 1:2005816/69‑1 (MQ=255) cTGCCCGTAGAACATCACACATTATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTatca > 1:909311/1‑62 (MQ=255) cTGCCCGTAGAACATCACACATTATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAAttt < 1:2127895/70‑1 (MQ=255) cTGCCCGTAGAACATCACACATTATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAAttt > 1:3390287/1‑70 (MQ=255) cTGCCCGTAGAACATCACACATTATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTg < 1:565818/71‑1 (MQ=255) cTGCCCGTAGAACATCACACATTATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTGATTGATAAATAAAttt < 1:1425912/70‑1 (MQ=38) cTGCCCGTAGAACATCACACATTATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTGATTGATAAATAAAttt < 1:1306927/70‑1 (MQ=38) cccGTAGAACATCACACATTATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGAc < 1:1445837/70‑1 (MQ=255) ccGTAGAACATCACACATTATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACtt < 1:367114/71‑1 (MQ=255) gTAGAACATCACACATTATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAAttt < 1:2538563/64‑1 (MQ=255) tAGAACATCACACATTATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGTCTTAag < 1:2191790/71‑1 (MQ=255) tAGAACATCACACATTATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACtt > 1:3290008/1‑68 (MQ=255) tAGAACATCACACATTATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTAag < 1:2890386/71‑1 (MQ=255) aCATCACACATTATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAAtt > 1:1098002/1‑58 (MQ=255) aCATCACACATTATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTAAGAggg < 1:3294031/71‑1 (MQ=255) aCATCACACATTATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTAAGAggg < 1:3197294/71‑1 (MQ=255) aCATCACACATTATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTAAGAggg > 1:904483/1‑71 (MQ=255) aCATCACACATTATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTAAGAggg > 1:1044403/1‑71 (MQ=255) aCATCACACATTATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTAAGAgg > 1:2060597/1‑70 (MQ=255) aTCACACATTATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATATATCAATCAATTTGACTTAAGAGggcg < 1:272094/71‑1 (MQ=255) acacaTTATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTAAGAGGgcggcg < 1:178817/71‑1 (MQ=255) acacaTTATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTAAGAGGgcggcg > 1:3411042/1‑71 (MQ=255) cacaTTATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTAAGAGGGCGGCGt > 1:580942/1‑71 (MQ=255) acaTTATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTatcaa > 1:3397778/1‑45 (MQ=255) acaTTATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTatcaa > 1:10237/1‑45 (MQ=255) acaTTATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTAAGAGGGCGGCGTg > 1:1666089/1‑71 (MQ=255) ttATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTaa < 1:19377/56‑1 (MQ=255) ttATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTaa < 1:1974741/56‑1 (MQ=255) ttATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTAAGAGGGCGGCGTGCTa < 1:1851042/71‑1 (MQ=255) ttATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTAAGAGGGCGGCGTGCTa > 1:1086867/1‑71 (MQ=255) ttATCATCCTGTTCTCCCCCTTCGTTTAAATTTATTTATCAGTCAATTTGACTTAAGAGGGCGGCGt < 1:3165491/67‑1 (MQ=255) tATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTa > 1:2690292/1‑54 (MQ=255) atcatcCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTAaga > 1:1798870/1‑56 (MQ=255) atcatcCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTAAGAGGGCGGCGTGc > 1:2153784/1‑67 (MQ=255) tGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTAAGAGGGCGGCGTGCTACATtaata > 1:2970776/1‑70 (MQ=255) gTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTaa < 1:1059924/46‑1 (MQ=255) ttCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACtt < 1:1021886/43‑1 (MQ=255) ttCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACtt < 1:2667430/43‑1 (MQ=255) ttCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTAAGAGGGCGGCGTGCTACATtaataa < 1:3655348/69‑1 (MQ=255) tctcCCGCTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTaa > 1:3555259/1‑44 (MQ=255) tctcCCGCTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTaa > 1:771254/1‑44 (MQ=255) cccGCTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTa > 1:2952734/1‑40 (MQ=255) cccGCTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTa > 1:1140470/1‑40 (MQ=255) ccGCTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTAAGAGGGCGGCGTGCTACATTAATAAACAGt < 1:1554057/69‑1 (MQ=255) ccGCTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTAAGAGGGCGGCGTGCTACATTAATAAACAGTaa > 1:3233771/1‑71 (MQ=255) cGCTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGAc < 1:831075/35‑1 (MQ=255) gCTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTAAGAGGGCGGCGTGCTACATTAATAAACAGTa < 1:2293343/68‑1 (MQ=255) gCTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTAAGAGGGCGGCGTGCTACATTAATAAACAGTAata > 1:1848056/1‑71 (MQ=255) cTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTaa < 1:3255857/37‑1 (MQ=255) cTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTaa < 1:1804412/37‑1 (MQ=255) cTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTaa < 1:276182/37‑1 (MQ=255) cTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTaa < 1:2467362/37‑1 (MQ=255) cTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTAAGAGGGCGGCGTGCTACATTAATAAACAGTAatat < 1:3225349/71‑1 (MQ=255) cTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTAAGAGGGCGGCGTGCTACATTAATAAACAGTAatat < 1:2079968/71‑1 (MQ=255) cTTCGTTAAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTaa < 1:1204978/37‑1 (MQ=255) tCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTAaga > 1:2005608/1‑37 (MQ=255) tCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTAaga > 1:982889/1‑37 (MQ=255) tCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTAAGAGGGCGGCGTGCTACATTAATAAACAGTAATATGt > 1:1535474/1‑71 (MQ=255) cGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTAAGAGGGCGGCGTGCTACa > 1:3379044/1‑51 (MQ=255) cGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTAAGAGGGCGGCGTGCTACa > 1:146752/1‑51 (MQ=255) gTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTAAGAGGGCGGCGTGCTACATTAATAAACAGTAATATGttt < 1:3117727/71‑1 (MQ=255) tttAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTAAGAGGGCGGCGTGCTACATtaa < 1:969475/53‑1 (MQ=255) tAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTAAGAGGGCGGCGTGCTACATtaata > 1:3535823/1‑53 (MQ=255) tAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTAAGAGGGCGGCGTGCTACATTAATAAACAGTAATATg > 1:2097384/1‑65 (MQ=255) tAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTAAGAGGGCGGCGTGCTACATTAATAAACAGTAATATGTTTATg > 1:2567956/1‑71 (MQ=255) tAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTAAGAGGGCGGCGTGCTACATTAATAAACAGTAATATGTTTATg > 1:2548744/1‑71 (MQ=255) aaTTGATTGATAAATAAATTTGACTTAAGAGGGCGGCGTGCTACa > 1:1288572/1‑45 (MQ=18) aaTTGATTGATAAATAAATTTGACTTAAGAGGGCGGCGTGCTACa > 1:2798134/1‑45 (MQ=18) atttatttATCAATCAATTTGACTTAAGAGGGCGGCGTGCTACATTAATaaa < 1:622334/52‑1 (MQ=255) tatttatCAATCAATTTGACTTAAGAGGGCGGCGTGCTACATTAATAAACAGTAATATGTTTATGTAatat > 1:122147/1‑71 (MQ=255) tatttatCAATCAATTTGACTTAAGAGGGCGGCGTGCTACATTAATAAACAGTAATATGTTTATGTAata > 1:3379099/1‑70 (MQ=255) tttatCAATCAATTTGACTTAAGAGGGCGGCGTGCTACATTAATAAACAGTAATATGTTTATGTAATAtt > 1:817241/1‑70 (MQ=255) tatCAATCAATTTGACTTAAGAGGGCGGCGTGCTACATTAATAAACAGTAATATGTTTATGTAATAtt < 1:3512723/68‑1 (MQ=255) | AATCCAGTCATCCTGCCCGTAGAACATCACACATTATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTAAGAGGGCGGCGTGCTACATTAATAAACAGTAATATGTTTATGTAATATT > minE/2581734‑2581870 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |