| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,605,853 | T→C | 46.1% | V14V (GTT→GTC) | yhiO → | predicted universal stress (ethanol tolerance) protein B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,605,853 | 0 | T | C | 46.1% | 18.6 / 144.2 | 102 | V14V (GTT→GTC) | yhiO | predicted universal stress (ethanol tolerance) protein B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (35/20); new base C (35/12); total (70/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.45e-01 | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
CGCGGGCAGGTCGCCGGGGAGGAGGTATGATAAGCACCGTCGCATTATTTTGGGCTTTATGTGTCGTTTGCATTGTTAACATGGCGCGCTATTTCTCATCACTACGCGCGTTGTTAGTGGTACTGCGTAACTGCGATC > minE/2605786‑2605923 | cgcgGGCAGGTCGCCGGGGAGGAGGTATGATAAGCACCGTCGCATTATTTTGGGCTTTATGTGTCGTCTg > 1:1470556/1‑70 (MQ=255) gggCAGGTCGCCGGGGAGGAGGTATGATAAGCACCGTCGCATTATTTTGGGCTTTATGTGTCGTTTGCAtt < 1:1147724/71‑1 (MQ=255) ggCAGGTCGCCGGGGAGGAGGTATGATAAGCACCGTCGCATTATTTTGGGCTTTACGTGTCGTCTGCATTg < 1:1612935/71‑1 (MQ=255) aGGTCGCCGGGGAGGAGGTATGATAAGCACCGTCGCATTATTTTGGGCTTTATGTGTCGTTTGCATTGtt < 1:1877216/70‑1 (MQ=255) aGGTCGCCGGGGAGGAGGTATGATAAGCACCGTCGCATTATTTTGGGCTTTATGTGTCGTCTGCATTGtt > 1:808079/1‑70 (MQ=255) gTCGCCGGGGAGGAGGTATGATAAGCACCGTCGCATTATTTTGGGCTTTATGTGTCGTTTGCATTGt < 1:2700510/67‑1 (MQ=255) gCCGGGGAGGAGGTATGATAAGCACCGTCGCATTATTTTGGGCTTTATGTGTCGTTTGCATTGTTAACATg > 1:3368339/1‑71 (MQ=255) gCCGGGGAGGAGGTATGATAAGCACCGTCGCATTATTTTGGGCTTTATGTGTCGTCTGCATTGTTAACAt < 1:3288583/70‑1 (MQ=255) gCCGGGGAGGAGGTATGATAAGCACCGTCGCATTATTTTGGGCTTTATGTGTCGTCTGCATTGTTAACAt < 1:3681382/70‑1 (MQ=255) ccGGGGAGGAGGTATGATAAGCACCGTCGCATTATTTTGGGCTTTATGTGTCGTTTGCATTGTTa < 1:2848461/65‑1 (MQ=255) ccGGGGAGGAGGTATGATAAGCACCGTCGCATTATTTTGGGCTTTATGTGTCGTTTGCATTGTTa < 1:440826/65‑1 (MQ=255) ccGGGGAGGAGGTATGATAAGCACCGTCGCATTATTTTGGGCTTTATGTGTCGTTCGCATTGTTa < 1:3394982/65‑1 (MQ=255) gggAGGAGGTATGATAAGCACCGTCGCATTATTTTGGGCTTTATGTGTCGTTTGCATTGTTAACATGgcgc > 1:324377/1‑71 (MQ=255) gggAGGAGGTATGATAAGCACCGTCGCATTATTTTGGGCTTTATGTGTCGTCTGCATTGTTAACATGgcgc < 1:1870114/71‑1 (MQ=255) aggaggTATGATAAGCACCGTCGCATTATTTTGGGCTTTATGTGTCGTCTGCATTGTTAACATGgcgcgc > 1:1525632/1‑70 (MQ=255) ggaggTATGATAAGCACCGTCGCATTATTTTGGGCTTTATGTGTCGTTTGCATTGTTAACATGGCGCGCTa > 1:1898725/1‑71 (MQ=255) gaggTATGATAAGCACCGTCGCATTATTTTGGGCTTTATGTGTCGTTTg < 1:15810/49‑1 (MQ=255) gaggTATGATAAGCACCGTCGCATTATTTTGGGCTTTATGTGTCGTTTg < 1:1721369/49‑1 (MQ=255) gaggTATGATAAGCACCGTCGCATTATTTTGGGCTTTATGTGTCGTCTGCATTGTTAACATGGCGCGCt < 1:3461400/69‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |