| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,951,011 | A→T | 6.2% | K170* (AAA→TAA) | bglJ → | DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,951,011 | 0 | A | T | 6.2% | 329.1 / 10.6 | 112 | K170* (AAA→TAA) | bglJ | DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (62/43); new base T (3/4); total (65/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
GTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGATATTCTG > minE/2950946‑2951079 | gTGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAAttt < 1:2817799/71‑1 (MQ=255) tGGCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAAttt > 1:581073/1‑70 (MQ=255) ggCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTaa > 1:959391/1‑71 (MQ=255) ggCTACTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTaa > 1:2369565/1‑71 (MQ=255) cTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAAtgt < 1:3258305/69‑1 (MQ=255) cTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGa > 1:1305902/1‑71 (MQ=255) cTCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGa > 1:1549068/1‑71 (MQ=255) tCAATGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGAt > 1:2804141/1‑71 (MQ=255) aaTGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGt > 1:817898/1‑71 (MQ=255) aTGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATaaa < 1:2873015/57‑1 (MQ=255) tGACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAAtgt < 1:245845/64‑1 (MQ=255) gACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCg > 1:3055843/1‑70 (MQ=255) gACACAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCg > 1:3051355/1‑70 (MQ=255) acacAAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGa > 1:255619/1‑64 (MQ=255) cacaAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGaaa > 1:2499140/1‑71 (MQ=255) cacaAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGaaa < 1:3100491/71‑1 (MQ=255) acaAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATaa < 1:844735/51‑1 (MQ=255) acaAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATaa < 1:226207/51‑1 (MQ=255) acaAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAAc > 1:1448833/1‑71 (MQ=255) acaAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAAc > 1:345916/1‑71 (MQ=255) caAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACt < 1:3510728/71‑1 (MQ=255) caAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACt > 1:254684/1‑71 (MQ=255) caAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACt < 1:1821489/71‑1 (MQ=255) caAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACt < 1:2315471/71‑1 (MQ=255) caAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACt < 1:707355/71‑1 (MQ=255) caAATTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACt < 1:4525/71‑1 (MQ=255) aaaTTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTg > 1:2143847/1‑71 (MQ=255) aaaTTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTg > 1:2148302/1‑71 (MQ=255) aaaTTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTg < 1:2978378/71‑1 (MQ=255) aaTTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTa < 1:3518967/53‑1 (MQ=255) aaTTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTgg < 1:2763927/71‑1 (MQ=255) aaTTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTgg > 1:3003925/1‑71 (MQ=255) aaTTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTgg < 1:1569219/71‑1 (MQ=255) aaTTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTgg > 1:1456267/1‑71 (MQ=255) aTTGCCGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTa < 1:2617405/52‑1 (MQ=255) ccGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGt > 1:3595935/1‑70 (MQ=255) ccGAGCAGCTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGt > 1:3163739/1‑70 (MQ=255) agcagcTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGt > 1:3026605/1‑71 (MQ=255) gcagcTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGtt > 1:1015467/1‑71 (MQ=255) gcagcTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGt > 1:2695094/1‑70 (MQ=255) cagcTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGa < 1:1846873/55‑1 (MQ=255) cagcTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGa < 1:2412261/55‑1 (MQ=255) cagcTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTc > 1:2990725/1‑71 (MQ=255) agcTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTgg < 1:317946/60‑1 (MQ=255) agcTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTgg < 1:2834274/60‑1 (MQ=255) gcTTAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCt > 1:3017538/1‑70 (MQ=255) ttAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGa < 1:427479/51‑1 (MQ=255) ttAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGa < 1:2563989/51‑1 (MQ=255) tAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTa > 1:2654971/1‑38 (MQ=255) tAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAAtgt > 1:963073/1‑42 (MQ=255) tAAACGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACg > 1:2155150/1‑71 (MQ=255) aaaCGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGAc < 1:442014/69‑1 (MQ=255) aaCGCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGaaa > 1:2545701/1‑50 (MQ=255) gCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAggg > 1:1254262/1‑71 (MQ=255) gCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAggg > 1:2490706/1‑71 (MQ=255) gCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAggg > 1:2495166/1‑71 (MQ=255) gCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAggg < 1:3189585/71‑1 (MQ=255) gCAATATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAgg > 1:1925344/1‑70 (MQ=255) aaTATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTTGGCGTCAGTTCt < 1:2223777/60‑1 (MQ=255) aaTATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGt > 1:1359809/1‑53 (MQ=255) aaTATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCt < 1:1354561/60‑1 (MQ=255) aaTATCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAggg > 1:1890011/1‑69 (MQ=255) atatCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGgttg < 1:1867583/71‑1 (MQ=255) atatCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGgttg < 1:3255054/71‑1 (MQ=255) atCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGgttgtt > 1:2939484/1‑71 (MQ=255) atCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGgttgtt > 1:732793/1‑71 (MQ=255) tCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGgttgtt < 1:2239390/70‑1 (MQ=255) tCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGttgttg > 1:2435603/1‑71 (MQ=255) tCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGttgttg > 1:1283465/1‑71 (MQ=255) tCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGttgttg < 1:877472/71‑1 (MQ=255) tCAAAACGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGttgttg > 1:3600156/1‑71 (MQ=255) aaCGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGtt < 1:3099319/50‑1 (MQ=255) aaCGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAgg < 1:2272111/71‑1 (MQ=255) aaCGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAgg < 1:2029022/71‑1 (MQ=255) aaCGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAgg > 1:2607760/1‑71 (MQ=255) aaCGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAgg > 1:592060/1‑71 (MQ=255) aaCGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAgg < 1:3626756/71‑1 (MQ=255) aaCGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGAACTGACGcc > 1:1393180/1‑57 (MQ=39) aCGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGc > 1:3593364/1‑71 (MQ=255) cGATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCt > 1:2955893/1‑50 (MQ=255) gATCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCg < 1:1929056/71‑1 (MQ=255) tCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCg > 1:2355273/1‑69 (MQ=255) tCCGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCg > 1:2615497/1‑69 (MQ=255) ccGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCg > 1:1001391/1‑68 (MQ=255) cagTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCg > 1:1146078/3‑68 (MQ=255) cGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAg < 1:1185474/52‑1 (MQ=255) cGTGCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCata > 1:1411260/1‑69 (MQ=255) tcacaTTAAATTTATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTc < 1:1070937/40‑1 (MQ=21) tcacaTTAAATTTATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTc < 1:429708/40‑1 (MQ=21) tcacaTTAAATTTATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTc < 1:3661211/40‑1 (MQ=21) tcacaTTAAATTTATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTc < 1:3289853/40‑1 (MQ=21) tcacaTTAAATTTATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGatat > 1:2942933/2‑71 (MQ=255) gCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGTTCTGACGCAGGGTTGTTGGAGGCCGCAGatat > 1:2739620/1‑71 (MQ=255) gCACATAAATTTAATGTGATGTCGAAACTGGGCGTCAGAACTGACg < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |