| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,973,690 | A→T | 55.7% | K29I (AAA→ATA) | nadR → | bifunctional DNA‑binding transcriptional repressor and NMN adenylyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,973,690 | 0 | A | T | 55.7% | 30.6 / 106.0 | 79 | K29I (AAA→ATA) | nadR | bifunctional DNA‑binding transcriptional repressor and NMN adenylyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (17/18); new base T (21/23); total (38/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
CCTGAAAACTGCCATCAAGCAACAGGGCTGCACGCTACAGCAGGTAGCTGATGCCAGCGGTATGACCAAAGGGTATTTAAGCCAGTTACTGAATGCCAAAATCAAAAGCCCCAGCGCGCAAAAGCTGGAGGCGTTG > minE/2973622‑2973757 | ccTGAAAACTGCCATCAAGCAACAGGGCTGCACGCTACAGCAGGTAGCTGATGCCAGCGGTATGACCaaa < 1:563701/70‑1 (MQ=255)ccTGAAAACTGCCATCAAGCAACAGGGCTGCACGCTACAGCAGGTAGCTGATGCCAGCGGTATGACCaaa < 1:3694170/70‑1 (MQ=255) gAAAACTGCCATCAAGCAACAGGGCTGCACGCTACAGCAGGTAGCTGATGCCAGCGGTATGACCAAAggg > 1:1055027/1‑70 (MQ=255) gAAAACTGCCATCAAGCAACAGGGCTGCACGCTACAGCAGGTAGCTGATGCCAGCGGTATGACCAAAggg > 1:1060603/1‑70 (MQ=255) aaaCTGCCATCAAGCAACAGGGCTGCACGCTACAGCAGGTAGCTGATGCCAGCGGTATGACCATAGGGTAt > 1:384931/1‑71 (MQ=255) aCTGCCATCAAGCAACAGGGCTGCACGCTACAGCAGGTAGCTGATGCCAGCGGTATGACCAAAGGGTAttt < 1:107230/71‑1 (MQ=255) aCTGCCATCAAGCAACAGGGCTGCACGCTACAGCAGGTAGCTGATGCCAGCGGTATGACCAAAGGGTAttt < 1:3345689/71‑1 (MQ=255) ccATCAAGCAACAGGGCTGCACGCTACAGCAGGTAGCTGATGCCAGCGGTATGACCATAGGGTATTTaa < 1:1354414/69‑1 (MQ=255) ccATCAAGCAACAGGGCTGCACGCTACAGCAGGTAGCTGATGCCAGCGGTATGACCATAGGGTATTTaa < 1:2518960/69‑1 (MQ=255) cATCAAGCAACAGGGCTGCACGCTACAGCAGGTAGCTGATGCCAGCGGTATGACCATAGGGTATTTAAGcc < 1:2471283/71‑1 (MQ=255) tCAAGCAACAGGGCTGCACGCTACAGCAGGTAGCTGATGCCAGCGGTATGACCATAGGGTATTTAAGCCAg > 1:2217592/1‑71 (MQ=255) aGCAACAGGGCTGCACGCTACAGCAGGTAGCTGATGCCAGCGGTATGACCAAAGGGTATTTAAGCCAGTTa > 1:2387074/1‑71 (MQ=255) gCAACAGGGCTGCACGCTACAGCAGGTAGCTGATGCCAGCGGTATGACCATAGGGTATTTAAGCCAGTTa > 1:173983/1‑70 (MQ=255) gCAACAGGGCTGCACGCTACAGCAGGTAGCTGATGCCAGCGGTATGACCAAAGGGTATTTAAGCCAGTTAc > 1:2687423/1‑71 (MQ=255) gCAACAGGGCTGCACGCTACAGCAGGTAGCTGATGCCAGCGGTATGACCAAAGGGTATTTAAGCCAGTTAc > 1:3287556/1‑71 (MQ=255) cAGGGCTGCACGCTACAGCAGGTAGCTGATGCCAGCGGTATGACCATAGGGTATTTAAGCCAGTTACTGaa < 1:2362100/71‑1 (MQ=255) ggCTGCACGCTACAGCAGGTAGCTGATGCCAGCGGTATGACCAAAGGGTATTTAAGCCAGt < 1:2807300/61‑1 (MQ=255) cTGCACGCTACAGCAGGTAGCTGATGCCAGCGGTATGACCATAGGGTATTTAAGCCAGTTACTGaa > 1:1769551/1‑66 (MQ=255) cTGCACGCTACAGCAGGTAGCTGATGCCAGCGGTATGACCATAGGGTATTTAAGCCAGTTACTGaa > 1:2492161/1‑66 (MQ=255) cTGCACGCTACAGCAGGTAGCTGATGCCAGCGGTATGACCATAGGGTATTTAAGCCAGTTACTGAATGCCa < 1:2763432/71‑1 (MQ=255) cTGCACGCTACAGCAGGTAGCTGATGCCAGCGGTATGACCATAGGGTATTTAAGCCAGTTACTGAATGCCa < 1:2050460/71‑1 (MQ=255) gCACGCTACAGCAGGTAGCTTATGCCAGCGGTATGACCAAAGGGTATTTAAGCCAGTTACTGAATGCCa > 1:2830832/1‑69 (MQ=255) gCACGCTACAGCAGGTAGCTGATGCCAGCGGTATGACCAAAGGGTATTTAAGCCAGTTACTGAATGCCa > 1:3103050/1‑69 (MQ=255) cACGCTACAGCAGGTAGCTGATGCCAGCGGTATGACCATAGGGTATTTAAGCCAGTTACTGAATGCCaaa < 1:71493/70‑1 (MQ=255) aggCTACAGCAGGTAGCTGATGCCAGCGGGATGACCAAAGGGTa < 1:2275915/42‑1 (MQ=38) aCGCTACAGCAGGTAGCTGATGCCAGCGGTATGACCATAGGGTATTTAAGCCAGTTACTGaa > 1:2649642/1‑62 (MQ=255) aCGCTACAGCAGGTAGCTGATGCCAGCGGTATGACCAAAGGGTa < 1:3194962/44‑1 (MQ=255) aCGCTACAGCAGGTAGCTGATGCCAGCGGTATGACCAAAGGGTa < 1:2868149/44‑1 (MQ=255) aCGCTACAGCAGGTAGCTGATGCCAGCGGTATGACCAAAGGGTa < 1:3693999/44‑1 (MQ=255) aCGCTACAGCAGGTAGCTGATGCCAGCGGTATGACCAAAGGGTa < 1:1320838/44‑1 (MQ=255) cGCTACAGCAGGTAGCTGATGCCAGCGGTATGACCAAAGGGTATTTAAGCCAGTTACTGAATGCCAAAATc < 1:1219814/71‑1 (MQ=255) gCTACAGCAGGTAGCTGATGCCAGCGGTATGACCATAGGGTATTTAAGCCAGTTACTGAATGCCAAAATCa < 1:401423/71‑1 (MQ=255) gCTACAGCAGGTAGCTGATGCCAGCGGTATGACCAAAGGGTATTTAAGCCAGTTACTg < 1:2447591/58‑1 (MQ=255) tACAGCAGGTAGCTGATGCCAGCGGTATGACCATAGGGTATTTAAGCCAGTTACTGAATGCCAAAATCaa > 1:240232/1‑70 (MQ=255) tACAGCAGGTAGCTGATGCCAGCGGTATGACCATAGGGTATTTAAGCCAGTTACTGAATGCCAAAATCaa > 1:2622909/1‑70 (MQ=255) tACAGCAGGTAGCTGATGCCAGCGGTATGACCATAGGGTATTTAAGCCAGTTACTGAATGCCAAAATCaa > 1:1521683/1‑70 (MQ=255) tACAGCAGGTAGCTGATGCCAGCGGTATGACCAAAGGGTATTTaa > 1:1737205/1‑45 (MQ=255) tACAGCAGGTAGCTGATGCCAGCGGTATGACCAAAGGGTATTTAAGCCAg > 1:884078/1‑50 (MQ=255) tACAGCAGGTAGCTGATGCCAGCGGTATGACCAAAGGGTATTTAAGCCAg > 1:1193365/1‑50 (MQ=255) tACAGCAGGTAGCTGATGCCAGCGGTATGACCAAAGGGTATTTAAGCCAg > 1:1740142/1‑50 (MQ=255) aCAGCAGGTAGCTGATGCCAGCGGTATGACCATAGGGTATTTAAGCGAGt > 1:2863608/1‑50 (MQ=255) aCAGCAGGTAGCTGATGCCAGCGGTATGACCATAGGGTATTTAAGCCAGt > 1:1726543/1‑50 (MQ=255) aCAGCAGGTAGCTGATGCCAGCGGTATGACCATAGGGTATTTAAGCCAGt > 1:3464696/1‑50 (MQ=255) aCAGCAGGTAGCTGATGCCAGCGGTATGACCATAGGGTATTTAAGCCAGt > 1:1124875/1‑50 (MQ=255) aCAGCAGGTAGCTGATGCCAGCGGTATGACCATAGGGTATTTAAGCCAGt > 1:2765590/1‑50 (MQ=255) aCAGCAGGTAGCTGATGCCAGCGGTATGACCAAAGGGTATTTAAGCCAGTTACTGAATGCCAAAATCaa > 1:545714/1‑69 (MQ=255) cagcagGTAGCTGATGCCAGCGGTATGACCATAGGGTATTTAAGCCAGTTACTGAATGCCAAAATCAAAAg > 1:2244515/1‑71 (MQ=255) cagcagGTAGCTGATGCCAGCGGTATGACCAAAGGGTATTTAAGCCAGt > 1:1228954/1‑49 (MQ=255) cagcagGTAGCTGATGCCAGCGGTATGACCAAAGGGTATTTAAGCCAGt > 1:1253116/1‑49 (MQ=255) cagcagGTAGCTGATGCCAGCGGTATGACCAAAGGGTATTTAAGCCAGt > 1:2989565/1‑49 (MQ=255) gcagGTAGCTGATGCCAGCGGTATGACCAAAGGGTATTTAAGCCAGTTACTGAATGCCAAAATCAAAAGcc > 1:1858373/1‑71 (MQ=255) agGTAGCTGATGCCAGCGGTATGACCATAGGGTATTTAAGCCAGTTACTGAATGCCAAAATCAAAAGcccc < 1:1027880/71‑1 (MQ=255) gTAGCTGATGCCAGCGGTATGACCAAAGGGTATTTAAGCCAGt < 1:3723553/43‑1 (MQ=255) gTAGCTGATGCCAGCGGTATGACCAAAGGGTATTTAAGCCAGt < 1:181582/43‑1 (MQ=255) aGCTGATGCCAGCGGTATGACCAAAGGGTATTTAAGCCAGTTACTGAATGCCAAAAt > 1:921068/1‑57 (MQ=255) aGCTGACGCCAGCGGTATGACCATAGGGTATTTAAGCCAGTTACTGAATGCCAAAATCAAAAGCCCCAgcg > 1:295072/1‑71 (MQ=255) gCTGATGCCAGCGGTATGACCATAGGGTATTTAAGCCAGTTACTGAATGCCAAAATCa < 1:98894/58‑1 (MQ=255) gCTGATGCCAGCGGTATGACCAAAGGGTATTTAAGCCAGTTACTGAATGCCAAAATCAAAAGCCCCAgcg < 1:1733277/70‑1 (MQ=255) tGATGCCAGCGGTATGACCATAGGGTATTTAAGCCAGTTACTGAATGCCAAAAt < 1:820820/54‑1 (MQ=255) tGATGCCAGCGGTATGACCATAGGGTATTTAAGCCAGTTACTGAATGCCAAAATCAAAAGCCCCAgcgcg > 1:3396382/1‑70 (MQ=255) gATGCCAGCGGTATGACCATAGGGTATTTAAGCCAGTTACTGAATGCCAAAAt < 1:587144/53‑1 (MQ=255) aTGCCAGCGGTATGACCATAGGGTATTTAAGCCAGTTACTGAATGCCAAAATCAAAAGCCCCAGCGCGCaa < 1:2117566/71‑1 (MQ=255) aTGCCAGCGGTATGACCAAAGGGTATTTAAGCCAGTTACTGAATGCCAAAATCAAAAGCCCCAGCGCGCaa < 1:3070744/71‑1 (MQ=255) ccAGCGGTATGACCATAGGGTATTTAAGCCAGTTACTGAATGCCAAAATCAAAAGCCCCAGCGCGCaaaa < 1:2112138/70‑1 (MQ=255) ccAGCGGTATGACCAAAGGGTATTTAAGCCAGTTACTGAATGCCAAAATCAAAAGCCCCAGCGCGCaaaa < 1:508107/70‑1 (MQ=255) gCGGTATGACCAAAGGGTATTTAAGCCAGTTACTGAATGCCAAAATCAAAAGCCCCAGCGCGCAAAAGCTg < 1:1403841/71‑1 (MQ=255) cGGTATGACCATAGGGTATTTAAGCCAGTTACTGAATGCCaaaa < 1:2959301/44‑1 (MQ=255) cGGTATGACCATAGGGTATTTAAGCCAGTTACTGAATGCCaaaa < 1:1296024/44‑1 (MQ=255) cGGTATGACCATAGGGTATTTAAGCCAGTTACTGAATGCCaaaa < 1:1386328/44‑1 (MQ=255) cGGTATGACCATAGGGTATTTAAGCCAGTTACTGAATGCCaaaa < 1:2413490/44‑1 (MQ=255) cGGTATGACCATAGGGTATTTAAGCCAGTTACTGAATGCCaaaa < 1:2511294/44‑1 (MQ=255) cGGTATGACCATAGGGTATTTAAGCCAGTTACTGAATGCCaaaa < 1:2517054/44‑1 (MQ=255) gTATGACCATAGGGTATTTAAGCCAGTTACTGAATGCCAAAATc > 1:3119305/1‑44 (MQ=255) tATGACCATAGGGTATTTAAGCCAGTTACTGAATGCCAAAATCAAAAGCCCCAGCGCGCAAAAGCTGGAgg > 1:1912464/1‑71 (MQ=255) tGACCAAAGGGTATTTAAGCCAGTTACTGAATGCCAAAATCAAAAGCCCCAGCGCGCAAAAGCTGGAGGc < 1:429552/70‑1 (MQ=255) gACCATAGGGTATTTAAGCCAGTTACTGAATGCCAAAATCAAAAGCCCCAGCGCGCAAAAGCTGGAGGCGt > 1:2207571/1‑71 (MQ=255) gACCATAGGGTATTTAAGCCAGTTACTGAATGCCAAAATCAAAAGCCCCAGCGCGCAAAAGCTGGAGGCGt > 1:2827725/1‑71 (MQ=255) gACCAAAGGGTATTTAAGCCAGTTACTGAATGCCAAAATc < 1:3083011/40‑1 (MQ=255) ccATAGGGTATTTAAGCCAGTTACTGAATGCCAAAATCAAAAGCCCCAGCGCGCAAAAGCTGGAGGCGtt < 1:1225801/70‑1 (MQ=255) ccATAGGGTATTTAAGCCAGTTACTGAATGCCAAAATCAAAAGCCCCAGCGCGCAAAAGCTGGAGGCGTTg < 1:2979872/71‑1 (MQ=255) ccATAGGGTATTTAAGCCAGTTACTGAATGCCAAAATCAAAAGCCCCAGCGCGCAAAAGCTGGAGGCGTTg < 1:3115420/71‑1 (MQ=255) | CCTGAAAACTGCCATCAAGCAACAGGGCTGCACGCTACAGCAGGTAGCTGATGCCAGCGGTATGACCAAAGGGTATTTAAGCCAGTTACTGAATGCCAAAATCAAAAGCCCCAGCGCGCAAAAGCTGGAGGCGTTG > minE/2973622‑2973757 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |