| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 350,336 | C→T | 11.4% | intergenic (+63/‑37) | hyi → / → glxR | hydroxypyruvate isomerase/tartronate semialdehyde reductase, NADH‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 350,336 | 0 | C | T | 11.4% | 223.7 / 16.6 | 79 | intergenic (+63/‑37) | hyi/glxR | hydroxypyruvate isomerase/tartronate semialdehyde reductase, NADH‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (36/34); new base T (3/6); total (39/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.81e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.82e-01 | |||||||||||
ACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCATTAG > minE/350266‑350404 | aCCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTcc > 1:3691457/1‑71 (MQ=255) ccGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCg < 1:2422834/71‑1 (MQ=255) ccGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCg < 1:1341943/71‑1 (MQ=255) cGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCg > 1:2228305/1‑70 (MQ=255) cGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCg > 1:850329/1‑70 (MQ=255) cGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCg > 1:3489341/1‑70 (MQ=255) gtaaaaaCGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGaa > 1:1074704/4‑71 (MQ=255) ttAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAAt < 1:3376049/71‑1 (MQ=255) ttAAAACGTAACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAAt < 1:505636/71‑1 (MQ=255) aaaaCGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAAtt > 1:3445746/1‑70 (MQ=255) aaCGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAg > 1:2743603/1‑71 (MQ=255) aaCGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAg > 1:284764/1‑71 (MQ=255) aCGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAg > 1:3548925/1‑70 (MQ=255) cGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAgg > 1:1480461/1‑70 (MQ=255) cGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCAAATTCAgg > 1:1311952/1‑70 (MQ=255) gTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGaa < 1:312977/71‑1 (MQ=255) tGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGaa < 1:282861/70‑1 (MQ=255) gCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAAtt < 1:3634461/60‑1 (MQ=255) gCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAAtt < 1:468975/60‑1 (MQ=255) gCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAAtt < 1:2211185/60‑1 (MQ=255) ttCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGaaa < 1:3468477/70‑1 (MQ=255) ttCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGa > 1:401156/1‑68 (MQ=255) ttCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGa > 1:321773/1‑68 (MQ=255) ttCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGa > 1:637174/1‑68 (MQ=255) aGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGaa < 1:1243890/59‑1 (MQ=255) aGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAAtt > 1:99675/1‑69 (MQ=255) aGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTa < 1:2337081/71‑1 (MQ=255) cAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaaa < 1:2307650/70‑1 (MQ=255) aaTGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaa > 1:1409121/1‑68 (MQ=255) aaTGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaa > 1:1404529/1‑68 (MQ=255) aaTGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAag < 1:484929/71‑1 (MQ=255) aaTGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAag < 1:2752450/71‑1 (MQ=255) aaTGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAag < 1:2003507/71‑1 (MQ=255) gCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCg < 1:489611/42‑1 (MQ=255) cTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGt > 1:1776713/1‑71 (MQ=255) cTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGt > 1:1958570/1‑71 (MQ=255) ttttttAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGt > 1:1875512/1‑70 (MQ=255) ttttAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCATGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGtt < 1:47769/69‑1 (MQ=255) ttttAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGtt < 1:1364078/69‑1 (MQ=255) tttAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAgg > 1:1162481/1‑66 (MQ=255) tttAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTaa < 1:3677413/70‑1 (MQ=255) ttAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAAt < 1:103291/70‑1 (MQ=255) ttAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAAt < 1:1623744/70‑1 (MQ=255) ggCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTAt > 1:1614815/1‑70 (MQ=255) ggCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAATCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATg < 1:2083109/71‑1 (MQ=255) ggCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTAt < 1:3175778/70‑1 (MQ=255) gCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATg > 1:2042185/1‑70 (MQ=255) cacTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGaa < 1:1567962/45‑1 (MQ=255) cGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGaa < 1:2373138/47‑1 (MQ=255) cGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGaa < 1:1487074/47‑1 (MQ=255) cGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGaaa < 1:743149/71‑1 (MQ=255) gCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGaaa > 1:1670435/1‑70 (MQ=255) gCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaaaa > 1:1199319/1‑54 (MQ=255) cTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACt > 1:3117015/1‑71 (MQ=255) aaGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGATATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACt < 1:2374829/69‑1 (MQ=255) gTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCTGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGa < 1:3540133/71‑1 (MQ=255) gTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaaaa > 1:2977681/1‑49 (MQ=255) gTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaaaa > 1:3208235/1‑49 (MQ=255) gTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaaaa > 1:638190/1‑49 (MQ=255) ggCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGATGTTAATTATGAAACTGGGAtt > 1:2662493/1‑70 (MQ=255) gCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGAttt < 1:2399907/70‑1 (MQ=255) gCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTa < 1:2700833/71‑1 (MQ=255) aGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTAtt < 1:1527561/71‑1 (MQ=255) ggggATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTaaaa > 1:3585453/1‑42 (MQ=255) ggATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGc < 1:1427357/71‑1 (MQ=255) aTCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCtt < 1:36538/71‑1 (MQ=255) tCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAAc > 1:3059656/1‑54 (MQ=255) tCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAAc > 1:2163865/1‑54 (MQ=255) tCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAAc > 1:1340310/1‑54 (MQ=255) tCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCt > 1:1154447/1‑69 (MQ=255) tCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTa < 1:316162/71‑1 (MQ=255) tgttgtCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGc < 1:1005197/71‑1 (MQ=255) gttgtCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTaa > 1:3358343/1‑41 (MQ=255) gttgtCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTaa > 1:3686155/1‑41 (MQ=255) gttgtCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTaa > 1:3627613/1‑41 (MQ=255) gttgtCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAgg < 1:754754/69‑1 (MQ=255) ttgtCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGAtt < 1:1613292/56‑1 (MQ=255) ttgtCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCAt > 1:3319840/1‑71 (MQ=255) ttgtCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCAt > 1:2969665/1‑71 (MQ=255) tCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCATtag < 1:709982/71‑1 (MQ=255) | ACCGTTAAAACGTGACGCTATTCAGACAATGCTTTTTTAGGCCGCTAAGTTGGCAGGGGATCGTGTTGTCCGAATTCAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCATTAG > minE/350266‑350404 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |