| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 377,111 | A→C | 12.8% | intergenic (‑25/‑86) | fepD ← / → ybdA | iron‑enterobactin transporter subunit/predicted transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 377,111 | 0 | A | C | 12.8% | 161.5 / 20.8 | 70 | intergenic (‑25/‑86) | fepD/ybdA | iron‑enterobactin transporter subunit/predicted transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/34); new base C (6/3); total (33/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.91e-01 | |||||||||||
CGGGCACGGCAATGGCGCGTGTCACGGCAACAGAACCAGACATACGAACTTCCATGATAATGAAATTAATTATCGTTATCGATCTTATTTGGATATGTTAGCATGTGCAGCCTAAGAATAGGTATTTAAAATATTTG > minE/377044‑377180 | cGGGCACGGCAATGGCGCGTGTCACGGCAACAGAACCAGACATACGAACTTCCATGATAATGAaattaat > 1:2157397/1‑70 (MQ=255)cGGGCACGGCAATGGCGCGTGTCACGGCAACAGAACCAGACATACGAACTTCCATGATAATGAaattaat > 1:1942898/1‑70 (MQ=255) gggCACGGCAATGGCGCGTGTCACGGCAACAGAACCAGACATACGAACTTCCATGATAATGAAattaatta < 1:86053/71‑1 (MQ=255) ggCACGGCAATGGCGCGTGTCACGGCAACAGAACCAGACATACGAACTTCCATGATAATGAAATTAAttat > 1:260524/1‑71 (MQ=255) gCACGGCAATGGCGCGTGTCACGGCAACAGAACCAGACATACGAACTTCCATGATAATGAAATTAAttatc > 1:2714233/1‑71 (MQ=255) aCGGCAATGGCGCGTGTCACGGCAACAGAACCAGTCATACGAACTTCCATGATAATGAAATTAAttatcgt > 1:3112033/1‑71 (MQ=255) cAATGGCGCGTGTCACGGCAACAGAACCAGACATACGAACTTCCATGATAATGAAattaatta > 1:2334295/1‑63 (MQ=255) aaTGGCGCGTGTCACGGCAACAGAACCAGACATACGAACTTCCATGATAATGAAATTAAttatcgttatcg < 1:1020459/71‑1 (MQ=255) aaTGGCGCGTGTCACGGCAACAGAACCAGACATACGAACTTCCATGATAATGAAATTAAttatcgttatcg < 1:407331/71‑1 (MQ=255) tGGCGCGTGTCACGGCAACAGAACCAGACATACGAACTTCCATGATAATGAAATTAATTATCGTTATCGAt < 1:3363074/71‑1 (MQ=255) ggCGCGTGTCACGGCAACAGAACCAGACATACGAACTTCCATGATAATGAAATTAATTATCGTTATCGATc > 1:1962610/1‑71 (MQ=255) ggCGCGTGTCACGGCAACAGAACCAGACATACGAACTTCCATGATAATGAAATTAATTATCGTTATCGATc > 1:1958223/1‑71 (MQ=255) gcgcGTGTCACGGCAACAGAACCAGACATACGAACTTCCATGATAATGAAATTAAttatcgttatcaga > 1:2840828/1‑66 (MQ=255) gcgTGTCACGGCAACAGAACCAGACATACGAACTTCCATGATAATGAAATTAATTATCGTTATCGATCTTa < 1:1282427/71‑1 (MQ=255) cgTGTCACGGCAACAGAACCAGACATACGAACTTCCATGATAATGAAATTAATTATCGTTATCGATCTTAt < 1:71599/71‑1 (MQ=255) tCACGGCAACAGAACCAGACATACGAACTTCCATGATAATGAAATTAATTATCGTTATCGATCTTATTTgg < 1:1618884/71‑1 (MQ=255) aCGGCAACAGAACCAGACATACGAACTTCCATGATAATGAAATTAATTATCGTTATCGAt < 1:2282973/60‑1 (MQ=255) aCGGCAACAGAACCAGACATACGAACTTCCATGATAATGAAATTAATTATCGTTATCGAt < 1:2068965/60‑1 (MQ=255) aCGGCAACAGAACCAGACATACGAACTTCCATGATAATGAAATTAATTATCGTTATCGATCTTAt < 1:2735353/65‑1 (MQ=255) aCGGCAACAGAACCAGACATACGAACTTCCATGATAATGAAATTAATTATCGTTATCGATCTTATTTGGa > 1:3170685/1‑70 (MQ=255) cAACAGAACCAGACATACGAACTTCCATGATAATGAAATTAATTATCGTTATCGATCTTATTTGGATATGt < 1:535955/71‑1 (MQ=255) aaCAGAACCAGACATACGAACTTCCATGATAATGAAATTAATTATCGTTATCGATCTTATTTGGATATGtt < 1:3209827/71‑1 (MQ=255) aaCAGAACCAGACATACGAACTTCCATGATAATGAAATTAATTATCGTTATCGATCTTATTTGGATATGt > 1:3224774/1‑70 (MQ=255) aaCAGAACCAGACATACGAACTTCCATGATAATGAAATTAATTATCGTTATCGATCTTATTTGGATATGt > 1:288609/1‑70 (MQ=255) aaCAGAACCAGACATACGAACTTCCATGATAATGAAATTAATTATCGTTATCGATCTTATTTGGATATGt > 1:1157318/1‑70 (MQ=255) aCAGAACCAGACATACGAACTTCCATGATAATGAAATTAATTATCGTTATCGATCTTATTTGGATATGt > 1:1575665/1‑69 (MQ=255) aCAGAACCAGACATACGAACTTCCATGATAATGAAATTAATTATCGTTATCGATCTTATTTGGATATGt > 1:3542214/1‑69 (MQ=255) aCAGAACCAGACATACGAACTTCCATGATAATGAAATTAATTATCGTTATCGATCTTATTTGGATATGt > 1:1536296/1‑69 (MQ=255) cAGAACCAGACATACGAACTTCCATGATAATGAAATTAAttatcgt < 1:106851/46‑1 (MQ=255) aGAACCAGACATACGAACTTCCATGATAATGAAATTAATTATCGTTATCGATCTTATTTGGATATGTTAGc < 1:3246406/71‑1 (MQ=255) aGAACCAGACATACGAACTTCCATGATAATGAAATTAATTATCGTTATCGATCTTATTTGGATATGTTAGc < 1:2761244/71‑1 (MQ=255) gAACCAGACATACGAACTTCCATGATAATGAAATTAATTATCGTTATCGATCTTATTTGGATATGTTAGCa < 1:101615/71‑1 (MQ=255) gAACCAGACATACGAACTTCCATGATAATGAAATTAATTATCGTTATCGATCTTATTTGGATATGTTAGCa < 1:3551172/71‑1 (MQ=255) aaCCAGACATACGAACTTCCATGATAATGAAATTAATTATCGTTATCGATCTTATTTGGATATGTTAGCAt > 1:750521/1‑71 (MQ=255) aaCCAGACATACGAACTTCCATGATAATGAAATTAATTATCGTTATCGATCTTATTTGGATATGTTAGCAt > 1:3077840/1‑71 (MQ=255) ccAGACATACGAACTTCCATGATAATGAAATTAAttatcgttatcg < 1:510616/46‑1 (MQ=255) ccAGACATACGAACTTCCATGATAATGAAATTAAttatcgttatcg < 1:2240170/46‑1 (MQ=255) gACATACGAACTTCCATGATAATGAAATTAATTATAGTTATCGATCTTATTTGGATATGTTAGCAtgtg > 1:1581571/1‑69 (MQ=255) aCATACGAACTTCCATGATAATGAAATTAATTATCGTTATCGATCTTATTTGGa < 1:2695204/54‑1 (MQ=255) aCATACGAACTTCCATGATAATGAAATTAATTATCGTTATCGATCTTATTTGGa < 1:312530/54‑1 (MQ=255) aCATACGAACTTCCATGATAATGAAATTAATTATCGTT‑TCGATCTTATTTGGa < 1:314989/53‑1 (MQ=255) aCGAACTTCCATGATAATGAAATTAATTATCGTTATCGATCtt < 1:2304308/43‑1 (MQ=255) aCGAACTTCCATGATAATGAAATTAATTATCGTTATCGATCtt < 1:117190/43‑1 (MQ=255) aCGAACTTCCATGACAATGAAATTAATTATCGTTATCGATCtt < 1:1981079/43‑1 (MQ=255) cGAACTTCCATGATAATGAAATTAATTATCGTTATCGATCTTATTTGGa < 1:255102/49‑1 (MQ=255) cGAACTTCCATGATAATGAAATTAATTATCGTTATCGATCTTATTTGGa < 1:1079328/49‑1 (MQ=255) cGAACTTCCATGATAATGAAATTAATTATCGTTATCGATCTTATTTGGa < 1:1029691/49‑1 (MQ=255) cGAACTTCCATGATAATGAAATTAATTATCGTTATCGATCTTATTTGGATATGTTAGCATGTGCAGCCt > 1:3660957/1‑69 (MQ=255) cGAACTTCCATGATAATGAAATTAATTATCGTTATCGATCTTATTTGGATATGTTAGCATGTGCAGCCt > 1:1027629/1‑69 (MQ=255) gAACTTCCATGATAATGAAATTAATTATCGTTATCGATCTTATTTGGATATGTTAGCATGTGCAGCCt > 1:3152176/1‑68 (MQ=255) cTTCCATGATAATGAAATTAATTATCGTTATCGATCTTATTTGGATATGTTAGCATGTGCAGCCTAAGAAt < 1:2137943/71‑1 (MQ=255) tCCATGATATTGATATTAATTATCGTTATCGATCtt < 1:2638157/36‑1 (MQ=37) ccATGATAATGAAATTAATTATCGTTATCGATCTTATTTGGATATGTTAGCATGTGCAGCCTAAGAATa < 1:1922845/69‑1 (MQ=255) ccATGATAATGAAATTAATTATCGTTATCGATCTTATTTGGATATGTTAGCATGTGCAGCCTAAGAATAgg > 1:3277673/1‑71 (MQ=255) cATGATAATGAAATTAATTATCGTTATCGATCTTATTTGGATATGTTAGCATGTGCAGCCTAAGAATAgg < 1:3021942/70‑1 (MQ=255) aacgATAATTAATTTCATTATCGTTATCGATCTTATTTGGATATGTTAGCATGTGCAGCCt < 1:2679491/58‑1 (MQ=37) acgATAATTAATTTCATTATCGTTATCGATCTTATTTGGATATGTTAGCAt > 1:977289/3‑51 (MQ=25) acgATAATTAATTTCATTATCGTTATCGATCTTATTTGGATATGTTAGCAt > 1:1251318/3‑51 (MQ=25) tGATAATGAAATTAATTATCGTTATCGATCTTATTTGGATATGTTAGCATGTGCAGCCTAAGAATAGGTAt > 1:3149905/1‑71 (MQ=255) tGATAATGAAATTAATTATCGTTATCGATCTTATTTGGATATGTTAGCATGTGCAGCCTAAGAATAGGTAt > 1:1915890/1‑71 (MQ=255) gATAATTAATTTCATTATCGTTATCGATCTTATTTGGATATg < 1:643583/42‑1 (MQ=25) gATAATTAATTTCATTATCGTTATCGATCTTATTTGGATATg < 1:1607141/42‑1 (MQ=25) gATAATGAAATTAATTATCGTTATCGATCTTATTTGGATATGTTAGCATGTGCAGCCTAAGAATAGGTAtt > 1:986834/1‑71 (MQ=255) gATAATGAAATTAATTATCGTTATCGATATTATTTGGATATGTTAGc > 1:1957861/1‑47 (MQ=255) taattaatTTCATTATCGTTATCGATCTTATTTGGATATGtt > 1:2008541/1‑42 (MQ=25) taattaatTTCATTATCGTTATCGATCTTATTTGGATATGtt > 1:255457/1‑42 (MQ=25) taattaatTTCATTATCGTTATCGATCTTATTTGGATATGtt > 1:144464/1‑42 (MQ=25) taattaatTTCATTATCGTTATCGATCTTATTTGGATATGtt > 1:1089039/1‑42 (MQ=25) tAATGAAATTAATTATCGTTATCGATCTTATTTGGATATGTTAGCATGTGCAGCCTAAGAATAGGTATTTa < 1:534874/71‑1 (MQ=255) tAATGAAATTAATTATCGTTATCGATCTTATTTGGATATGTTAGCATGTGCAGCCTAAGAATAGGTATTTa < 1:818938/71‑1 (MQ=255) tAATGAAATTAATTATAGTTATCGATCTTATTTGGATATGTTAGCAt > 1:3628334/1‑47 (MQ=255) aTGAAATTAATTATCGTTATCGATCTTATTTGGATATGTTAGCATGTGCAGCCTAATAATAGGTATTTaa < 1:2398993/70‑1 (MQ=255) tGAAATTAATTATCGTTATCGATCTTATTTGGATATGTTAGCATGTGCAGCCTAAGAATAGGTAt > 1:801841/1‑65 (MQ=255) tGAAATTAATTATCGTTATCGATCTTATTTGGATATGTTAGCATGTGCAGCCTAAGAATAGGTAt > 1:764446/1‑65 (MQ=255) attaattaTCGTTATCGATCTTATTTGGATATGTTAGCATGTGCAGCCTAAGAATAGGTATTTAAAata < 1:3717363/69‑1 (MQ=255) attaattaTCGTTATCGATCTTATTTGGATATGTTAGCATGTGCAGCCTAAGAATAGGTATTTAAAata < 1:1289861/69‑1 (MQ=255) ttaattaTCGTTATCGATCTTATTTGGATATGTTAGCATGTGCAGCCTAAGAATAGGTATTTAAAata < 1:3703250/68‑1 (MQ=255) ttaattaTCGTTATCGATCTTATTTGGATATGTTAGCATGTGCAGCCTAAGAATAGGTATTTAAAATAttt > 1:1419068/1‑71 (MQ=255) aattaTCGTTATCGATCTTATTTGGATATGTTAGCATGTGCAGCCTAAGAATAg > 1:2802164/1‑54 (MQ=255) aattaTCGTTATCGATCTTATTTGGATATGTTAGCATGTGCAGCCTAAGAATAg > 1:2921621/1‑54 (MQ=255) aattaTCGTTATCGATCTTATTTGGATATGTTAGCATGTGCAGCCTAAGAATAg > 1:66148/1‑54 (MQ=255) aattaTCGTTATCGATCTTATTTGGATATGTTAGCATGTGCAGCCTAAGAATAg > 1:1469584/1‑54 (MQ=255) aattaTCGTTATCGATCTTATTTGGATATGTTAGCATGTGCAGCCTAAGAATAg > 1:1678707/1‑54 (MQ=255) aattaTCGTTATCGATCTTATTTGGATATGTTAGCATGTGCAGCCTAAGAATAGGTATTTAAAATATTTg < 1:758167/70‑1 (MQ=255) aattaTCGTTATCGATCTTATTTGGATATGTTAGCATGTGCAGCCTAAGAATAGGTATTTAAAATATTTg < 1:1316689/70‑1 (MQ=255) aattaTCGTTATCGATCTTATTTGGATATGTTAGCATGTGCAGCCTAAGAATAGGTATTTAAAATATTTg < 1:2250581/70‑1 (MQ=255) | CGGGCACGGCAATGGCGCGTGTCACGGCAACAGAACCAGACATACGAACTTCCATGATAATGAAATTAATTATCGTTATCGATCTTATTTGGATATGTTAGCATGTGCAGCCTAAGAATAGGTATTTAAAATATTTG > minE/377044‑377180 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |