BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	minE	807,691	T→G	8.5%	D159A (GAC→GCC)	ycgV ←	predicted adhesin

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	minE	807,691	0	T	G	8.5%	231.4 / 18.4	94	D159A (GAC→GCC)	ycgV	predicted adhesin
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (30/56); new base G (3/5); total (33/61)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.53e-01

Only 100 of 105 total aligned reads displayed.

TATACCGTTCGAGTTTTCAATGGTGAATTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAGTCACCAATTAAGTTA  >  minE/807621‑807756

tataCCGTTCGAGTTTTCAATGGTGAATTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGt                                                                   >  1:260902/1‑71 (MQ=255)

tataCCGTTCGAGTTTTCAATGGTGAATTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGt                                                                   >  1:403149/1‑71 (MQ=255)

    ccGTTCGAGTTTTCAATGGTGAATTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATc                                                               <  1:3507751/71‑1 (MQ=255)

     cGTTCGAGTTTTCAATGGTGAATTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCg                                                              <  1:226696/71‑1 (MQ=255)

     cGTTCGAGTTTTCAATGGTGAATTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCg                                                              <  1:2479003/71‑1 (MQ=255)

       ttCGAGTTTTCAATGGTGAATTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGt                                                             >  1:139003/1‑70 (MQ=255)

         cGAGTTTTCAATGGTGAATTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTAc                                                          >  1:3724009/1‑71 (MQ=255)

         cGAGTTTTCAATGGTGAATTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTAc                                                          >  1:3471294/1‑71 (MQ=255)

          gAGTTTTCAATGGTGAATTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTa                                                           <  1:3637044/69‑1 (MQ=255)

          gAGTTTTCAATGGTGAATTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTAct                                                         >  1:470600/1‑71 (MQ=255)

           aGTTTTCAATGGTGAATTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTActc                                                        >  1:1566993/1‑71 (MQ=255)

               ttCAATGGTGAATTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTa                                                     <  1:860418/70‑1 (MQ=255)

                    tGGTGAATTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTActct                                                       >  1:2925676/1‑63 (MQ=255)

                      gTGAATTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGtgct                                             <  1:2927685/71‑1 (MQ=255)

                         aaTTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGtgctgc                                           <  1:1581840/70‑1 (MQ=255)

                         aaTTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGcc                                          >  1:809672/1‑71 (MQ=255)

                         aaTTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGcc                                          >  1:3165705/1‑71 (MQ=255)

                         aaTTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGcc                                          >  1:2402953/1‑71 (MQ=255)

                         aaTTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGcc                                          >  1:2843910/1‑71 (MQ=255)

                          aTTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCt                                         >  1:1409049/1‑71 (MQ=255)

                           ttGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATg                                                  <  1:1754821/61‑1 (MQ=255)

                           ttGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATg                                                  <  1:2424182/61‑1 (MQ=255)

                           ttGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATg                                                  <  1:3446776/61‑1 (MQ=255)

                           ttGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCtg                                        <  1:2480997/71‑1 (MQ=255)

                           ttGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCtg                                        >  1:3497968/1‑71 (MQ=255)

                           ttGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCtg                                        >  1:1982227/1‑71 (MQ=255)

                             gAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGt                                                >  1:42787/1‑61 (MQ=255)

                              aGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCtgtg                                      <  1:935409/70‑1 (MQ=255)

                                tGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGcc                                    >  1:1654418/1‑70 (MQ=255)

                                  gCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGc                                     <  1:2975246/67‑1 (MQ=255)

                                  gCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGc                                     <  1:2610134/67‑1 (MQ=255)

                                    tGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTc                                                                  <  1:3621142/36‑1 (MQ=255)

                                    tGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGt                               >  1:3155486/1‑71 (MQ=255)

                                     gTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGt                               >  1:3278673/1‑70 (MQ=255)

                                     gTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGt                               >  1:1319387/1‑70 (MQ=255)

                                      ttAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGt                               <  1:327500/69‑1 (MQ=255)

                                      ttAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGt                               <  1:3063415/69‑1 (MQ=255)

                                      ttAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGt                               <  1:1828049/69‑1 (MQ=255)

                                      ttAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTc                              <  1:971040/70‑1 (MQ=255)

                                      ttAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCa                             <  1:1108911/71‑1 (MQ=255)

                                         gtgtTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCa                          <  1:603373/71‑1 (MQ=255)

                                          tgtTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCa                          <  1:2740890/70‑1 (MQ=255)

                                          tgtTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCa                          <  1:2147108/70‑1 (MQ=255)

                                          tgtTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCa                          <  1:3592305/70‑1 (MQ=255)

                                          tgtTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCa                          <  1:3244933/70‑1 (MQ=255)

                                          tgtTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCAt                         <  1:1273963/71‑1 (MQ=255)

                                          tgtTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCAt                         <  1:395258/71‑1 (MQ=255)

                                               aGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGta                    >  1:363124/1‑71 (MQ=255)

                                               aGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGta                    >  1:2376912/1‑71 (MQ=255)

                                                   aTGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATgg                                                 <  1:569319/38‑1 (MQ=255)

                                                   aTGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATgg                                                 <  1:3028564/38‑1 (MQ=255)

                                                   aTGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATgg                                                 <  1:2318418/38‑1 (MQ=255)

                                                   aTGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCtgt                                       <  1:3622234/48‑1 (MQ=255)

                                                   aTGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCtgt                                       <  1:2911744/48‑1 (MQ=255)

                                                   aTGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCtgt                                       <  1:366329/48‑1 (MQ=255)

                                                   aTGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTaa                                 <  1:3208619/54‑1 (MQ=255)

                                                   aTGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTaa                                 <  1:520951/54‑1 (MQ=255)

                                                    tGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAg                 >  1:229893/1‑69 (MQ=255)

                                                    tGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAg                 <  1:1160094/69‑1 (MQ=255)

                                                    tGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAGt                <  1:649613/70‑1 (MQ=255)

                                                     gCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAGTCa              >  1:2089145/1‑71 (MQ=255)

                                                        cAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAGTCAcc            >  1:373053/1‑70 (MQ=255)

                                                         aataatGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAGTCACCaa          <  1:1886305/71‑1 (MQ=255)

                                                         aataatGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAGTCACCaa          >  1:1667053/1‑71 (MQ=255)

                                                         aataatGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAGTCACCaa          >  1:2829219/1‑71 (MQ=255)

                                                         aataatGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAGTCACCaa          >  1:2418968/1‑71 (MQ=255)

                                                         aataatGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAGTCACCaa          >  1:2408698/1‑71 (MQ=255)

                                                          ataatGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGtgctgc                                           <  1:1002204/37‑1 (MQ=255)

                                                          ataatGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGtgctgc                                           <  1:3048417/37‑1 (MQ=255)

                                                          ataatGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGtgctgc                                           <  1:337050/37‑1 (MQ=255)

                                                           taatGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAg                            <  1:2172363/51‑1 (MQ=255)

                                                           taatGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAg                            <  1:134954/51‑1 (MQ=255)

                                                           taatGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAGTCACCAAtt        <  1:256185/71‑1 (MQ=255)

                                                           taatGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAGTCACCAAtt        <  1:586005/71‑1 (MQ=255)

                                                             atgatgCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAGTCACCAAtt        <  1:1506802/69‑1 (MQ=255)

                                                             atgatgCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAGTCACCAATTa       <  1:3559238/70‑1 (MQ=255)

                                                             atgatgCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAGTCACCAATTa       <  1:3238801/70‑1 (MQ=255)

                                                             acgatgACGGCATCATTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTc                              <  1:3584317/45‑1 (MQ=25)

                                                             acgatgACGGCATCATTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTc                              <  1:2457699/45‑1 (MQ=25)

                                                             acgatgACGGCATCATTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTc                              <  1:2599803/45‑1 (MQ=25)

                                                               gatgACGGCATCATTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTc                              <  1:3383892/45‑1 (MQ=37)

                                                               gatgACGGCATCATTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAg                            >  1:900363/1‑47 (MQ=37)

                                                               gatgACGGCATCATTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAg                            >  1:1155960/1‑47 (MQ=37)

                                                               gatgACGGCATCATTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAg                            >  1:1570639/1‑47 (MQ=37)

                                                                atgCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAGTCACCAATTAAGtt   <  1:3675569/71‑1 (MQ=255)

                                                                atgACGGCATCATTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAGTCACCAATTAAGtt   <  1:3360401/71‑1 (MQ=255)

                                                                 tgCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAGTCACCAATTAAGtt   >  1:328243/1‑70 (MQ=255)

                                                                 tgCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAGTCACCAATTAAGtt   >  1:9699/1‑70 (MQ=255)

                                                                 tgCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAGTCACCAATTAAGTTa  <  1:3455327/71‑1 (MQ=255)

                                                                 tgCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAGTCACCAATTAAGTTa  <  1:2945570/71‑1 (MQ=255)

                                                                 tgCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAGTCACCAATTAAGTTa  <  1:3087634/71‑1 (MQ=255)

                                                                 tgCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAGTCACCAATTAAGTTa  <  1:3448815/71‑1 (MQ=255)

                                                                      tCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAGTCa              <  1:722207/54‑1 (MQ=255)

                                                                      tCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAGTCa              <  1:2584346/54‑1 (MQ=255)

                                                                      tCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAGTCa              <  1:364911/54‑1 (MQ=255)

                                                                      tCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAGTCa              <  1:953433/54‑1 (MQ=255)

                                                                      tCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAGTCa              <  1:343765/54‑1 (MQ=255)

                                                                      tCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAGTCAcc            <  1:869411/56‑1 (MQ=255)

                                                                      tCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAGTCACCAATTaa      >  1:1213034/1‑62 (MQ=255)

                                                                      tCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAGTCACCAATTaa      >  1:1567182/1‑62 (MQ=255)

TATACCGTTCGAGTTTTCAATGGTGAATTGAGTGGCTGTTAGTGTTGAGCTATGCCCAATAATGATGCCGTCATCGTTACTCTTAATGGTGCTGCCTGTGCCTAAGTCAGCATGGGTATAGTCACCAATTAAGTTA  >  minE/807621‑807756

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 21 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 36 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`