| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 834,983 | C→T | 7.3% | A1147A (GCC→GCT) | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 834,983 | 0 | C | T | 7.3% | 344.8 / 12.4 | 109 | A1147A (GCC→GCT) | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (38/63); new base T (5/3); total (43/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.11e-01 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
CCAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCATGATGTACCACGCGCAGGAACGTATCGTT > minE/834916‑835052 | ccAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCTCGt > 1:1223961/1‑71 (MQ=255)ccAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCg < 1:1408184/70‑1 (MQ=255)ccAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGt > 1:1661907/1‑71 (MQ=255)ccAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGt > 1:1507389/1‑71 (MQ=255) cAAAGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGt < 1:1014720/70‑1 (MQ=255) aaGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCg > 1:280083/1‑71 (MQ=255) aaGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCg > 1:264029/1‑71 (MQ=255) aGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCgg < 1:1871966/71‑1 (MQ=255) aGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCgg < 1:923422/71‑1 (MQ=255) aGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCgg < 1:722378/71‑1 (MQ=255) aGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCgg > 1:3049943/1‑71 (MQ=255) aGATCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCgg < 1:699066/71‑1 (MQ=255) aTCTGGGTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCgg < 1:3630501/69‑1 (MQ=255) gggTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGt < 1:3203706/61‑1 (MQ=255) gggTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGt < 1:2272904/61‑1 (MQ=255) gggTATCCCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGt < 1:2377319/61‑1 (MQ=255) gggTATCCCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGt < 1:2373214/61‑1 (MQ=255) ggTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGtt < 1:3131519/66‑1 (MQ=255) ggTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGt < 1:2217966/68‑1 (MQ=255) ggTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGt < 1:1042748/68‑1 (MQ=255) ggTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGt < 1:3328529/68‑1 (MQ=255) ggTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGt < 1:1129861/68‑1 (MQ=255) ggTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGt < 1:1931234/68‑1 (MQ=255) ggTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTcag < 1:1143328/71‑1 (MQ=255) ggTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTc < 1:2271659/69‑1 (MQ=255) ggTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTc < 1:2379990/69‑1 (MQ=255) ggTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTc < 1:423718/69‑1 (MQ=255) gTATCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTcagc < 1:1111078/71‑1 (MQ=255) tCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTcagccag < 1:1935130/71‑1 (MQ=255) tCGCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTcagccag < 1:2351899/71‑1 (MQ=255) gCCGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGt > 1:1901174/1‑59 (MQ=255) cGATAACGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCgtg > 1:2155201/1‑71 (MQ=255) aaCGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTcagc < 1:208471/60‑1 (MQ=255) aCGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTcc < 1:2708396/70‑1 (MQ=255) aCGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTcc < 1:2372263/70‑1 (MQ=255) cGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTcagcca > 1:325022/1‑60 (MQ=255) cGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCgg < 1:3479412/71‑1 (MQ=255) cGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCgg < 1:2877453/71‑1 (MQ=255) cGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCgg < 1:3099422/71‑1 (MQ=255) cGACTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCgg < 1:978319/71‑1 (MQ=255) aCTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCTCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCgg < 1:254411/69‑1 (MQ=255) cTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCTCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCgg < 1:2373459/68‑1 (MQ=255) cTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAg > 1:1688840/1‑71 (MQ=255) cTGGATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGACAGCGTGTTCCGGCAg > 1:2745929/1‑71 (MQ=255) ggATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAgg > 1:2921343/1‑70 (MQ=255) gATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAggg < 1:3609583/70‑1 (MQ=255) gATTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGa > 1:3459509/1‑71 (MQ=255) aTTGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCTCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGAt < 1:1140446/71‑1 (MQ=255) ttGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGc > 1:154534/1‑40 (MQ=255) ttGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCg > 1:3549217/1‑41 (MQ=255) ttGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTcag > 1:2615552/1‑49 (MQ=255) ttGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTcag > 1:2663752/1‑49 (MQ=255) ttGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGAt > 1:634751/1‑70 (MQ=255) ttGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGAt > 1:465398/1‑70 (MQ=255) ttGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGAt > 1:447464/1‑70 (MQ=255) ttGAAGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTCCCGGCAGGGAt > 1:1440940/1‑70 (MQ=255) aGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCa < 1:1890456/71‑1 (MQ=255) aGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCa < 1:3596078/71‑1 (MQ=255) aGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCa < 1:1965637/71‑1 (MQ=255) aGTCTTCAACAGCAACGGTGCTCTGACTGCCCGTGCGGTTGTCAGCCAGCGTGTTCCGGCAGGGATGACCa < 1:2947409/71‑1 (MQ=255) 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minE/834916‑835052 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |