| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 835,145 | C→T | 9.2% | G1201G (GGC→GGT) | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 835,145 | 0 | C | T | 9.2% | 230.0 / 10.9 | 76 | G1201G (GGC→GGT) | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (38/31); new base T (5/2); total (43/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.77e-01 | |||||||||||
CCAACAGCGTGGTGGTATCCATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACGGCTTTAACTACTATGGCACCGTAGGTTCTAACCGCGATGAGTTTGTTGT > minE/835076‑835213 | ccAACAGCGTGGTGGTATCCATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCt < 1:343371/71‑1 (MQ=255)ccAACAGCGTGGTGGTATCCATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCt < 1:2950903/71‑1 (MQ=255) aaCAGCGTGGTGGTATCCATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGTCTAt > 1:3616395/1‑71 (MQ=255) aaCAGCGTGGTGGTATCCATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTAt > 1:2735250/1‑71 (MQ=255) cAGCGTGGTGGTATCCATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGc < 1:2071713/71‑1 (MQ=255) aGCGTGGTGGTATCCATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATg > 1:271470/1‑69 (MQ=255) tggtggTATCCATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATc < 1:3510365/71‑1 (MQ=255) gtggtATCCATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCt < 1:2001988/70‑1 (MQ=255) tgtATCCATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTAt < 1:3490522/59‑1 (MQ=255) ggtATCCATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCggcggc > 1:2274878/1‑57 (MQ=255) gtATCCATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGc < 1:2795046/70‑1 (MQ=255) aTCCATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATa > 1:429898/1‑71 (MQ=255) aTCCATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATa > 1:2098608/1‑71 (MQ=255) aTCCATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATa > 1:1251060/1‑71 (MQ=255) aTCCATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATa > 1:3549546/1‑71 (MQ=255) tCCATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATAc < 1:3102207/71‑1 (MQ=255) cATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACgg < 1:3298958/71‑1 (MQ=255) tAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATg > 1:2715203/1‑53 (MQ=255) tAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACGGCt > 1:3395370/1‑71 (MQ=255) tAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACGGCt < 1:1131923/71‑1 (MQ=255) tAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACGGCt < 1:1992560/71‑1 (MQ=255) aaCTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACGGCtt > 1:3048541/1‑71 (MQ=255) aaCTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACGGCtt > 1:2771878/1‑71 (MQ=255) aCTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACGGCtt > 1:1526720/1‑70 (MQ=255) ggTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTg > 1:652701/1‑55 (MQ=255) ggTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTg > 1:905031/1‑55 (MQ=255) ggTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACg > 1:2633978/1‑62 (MQ=255) ggTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACg > 1:716266/1‑62 (MQ=255) ggTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACGGCTTTAac > 1:1438096/1‑70 (MQ=255) ggTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACGGCTTTAac > 1:1998371/1‑70 (MQ=255) ggTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACGGCTTTAac > 1:314025/1‑70 (MQ=255) ggTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACGGCTTTAac < 1:681022/70‑1 (MQ=255) gTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACGGCTTTAacta < 1:1524965/71‑1 (MQ=255) gTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACGGCTTTAacta < 1:566995/71‑1 (MQ=255) tCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACGGCTTTAactac > 1:2711088/1‑71 (MQ=255) aCCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACTGCTTTAActacta < 1:1967627/71‑1 (MQ=255) aCCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACGGCttt < 1:1847513/63‑1 (MQ=255) aCCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACGGCttt < 1:3653860/63‑1 (MQ=255) aCCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACGGCt < 1:2014893/61‑1 (MQ=255) aCCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACGGCTTTAActacta > 1:2688957/1‑71 (MQ=255) aCCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACGGCTTTAActacta > 1:491929/1‑71 (MQ=255) aCCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACGGCTTTAActacta > 1:3344492/1‑71 (MQ=255) aCCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACGGCTTTAActacta > 1:1197218/1‑71 (MQ=255) aCCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACGGCTTTAActacta > 1:3427113/1‑71 (MQ=255) aCCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACGGCTTTAActacta < 1:992946/71‑1 (MQ=255) cccGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACGGCTTTAACTACTAt < 1:2930574/71‑1 (MQ=255) gTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACGGCTTTAACTACTATGGc < 1:26367/71‑1 (MQ=255) aCGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACGGCTTTAACTACTATGGCACCGt < 1:3088007/71‑1 (MQ=255) cGCCGAAACGCACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACGGCTTTAACTACTATGGCACCGTa < 1:3688406/71‑1 (MQ=255) cGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACGGCTTTAACTACTATGGCACCGTa < 1:2263758/71‑1 (MQ=255) gCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACGGCTTTAACTACTATGGCACCGTAg < 1:3084032/71‑1 (MQ=255) ccGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACGGCTTTAACTACTATGGCACCGTAgg > 1:530452/1‑71 (MQ=255) ccGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACGGCTTTAACTACTATGGCACCGTAgg > 1:3466709/1‑71 (MQ=255) cGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACGGCTTTAACTACTATg > 1:2168642/1‑60 (MQ=255) cGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACGGCTTTAACTACTATg > 1:3650211/1‑60 (MQ=255) cGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACGGCTTTAACTACTATg > 1:909239/1‑60 (MQ=255) cGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACGGCTTTAACTACTATg > 1:2442846/1‑60 (MQ=255) cGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACGGCTTTAACTACTATGGCACCGTAGGt < 1:1185876/71‑1 (MQ=255) cGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACGGCTTTAACTACTATGGCACCGTAGGt < 1:109088/71‑1 (MQ=255) gAAACCAACGCATATGATTGGCGGTTACGCGCAGCTGGCCTGGGGCTTTAACTACTACGGCACCGTCgg > 1:408821/1‑69 (MQ=255) aaaCCAACGCATATGATTGGCGGTTACGCGCAGCTGGCCTGGGGCTTTAACTACTACGGGACCGTCggat > 1:1525433/1‑68 (MQ=255) aaaCCAACGCATATGATTGGCGGTTACGCGCAGCTGGCCTGGGGCTTTAACTACTACGGCACCGt > 1:24556/1‑65 (MQ=255) aaaCCAACGCATATGATTGGCGGTTACGCGCAGCTGGCCTGGGGCTTTAACTACTACGGCACCGTCGGATc > 1:1549236/1‑71 (MQ=255) aaCCAACGCATATGATTGGCGGTTACGCGCAGCTGGCCTGGGGCTTTAACTACTACGGCACCGTCGGATc > 1:2450242/1‑70 (MQ=255) aCCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACGGCTTTAACTACTATGGCACCGTAGGTTCt > 1:2220365/1‑70 (MQ=255) aCCAACGCATATGATTGGCGGTTACGCGCAGCTGGCCTGGGGCTTTAACTACTACGGCACCGTCGGATcga < 1:816707/71‑3 (MQ=255) ccGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACGGCTTTAACTACTATGGCACCGTAGGTTCTaa < 1:355606/71‑1 (MQ=255) aCGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACGGCTTTAACTACTATGGCACCGTAGGTTCTAACcg > 1:604286/1‑71 (MQ=255) aCGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACGGCTTTAACTACTATGGCACCGTAGGTTCTAACcg > 1:2983578/1‑71 (MQ=255) cGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACGGCTTTAACTACTATGGCACCGTAGGTTCTAACcgc < 1:1218457/71‑1 (MQ=255) gCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACGGCTTTAACTACTATGGCACCGTAGGTTCTAACcgcg < 1:2561273/71‑1 (MQ=255) atatGATTGGCGGTTACGCGCAGCTGGCCTGGGGCTTTAACTACTACGGCACCGTCGGATCGAACCGCGAt < 1:200674/71‑1 (MQ=255) atatGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACGGCTTTAACTACTATGGCACCGTAGGTTCTAACCGCGAt > 1:3215670/1‑71 (MQ=255) atatGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACGGCTTTAACTACTATGGCACCGTAGGTTCTAACCGCGAt > 1:98069/1‑71 (MQ=255) atGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACGGCTTTAACTACTATGGCACCGTAGGTTCTAACCGCGAt > 1:3049761/1‑69 (MQ=255) tGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACGGCTTTaa > 1:3154818/1‑37 (MQ=255) aTCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACGGCTTTAACTACTATGGCACCGTAGGTTCTAACCGCGATGAGtt < 1:2785975/71‑1 (MQ=255) ggcggcTATGCCCATCTGGCATACGGCTTTAACTACTATGGCACCGTAGGTTCTAACCGCGATGAGTttgt < 1:3327877/71‑1 (MQ=255) ggcggcTATGCCCATCTGGCATACGGCTTTAACTACTATGGCACCGTAGGTTCTAACCGCGATGAGTttgt > 1:1556131/1‑71 (MQ=255) cggcTATGCCCATCTGGCATACGGCTTTAACTACTATGGCACCGTAGGTTCTAACCGCGATGAGTttgttg < 1:3675487/71‑1 (MQ=255) ggcTATGCCCATCTGGCATACGGCTTTAACTACTATGGCACCGTAGGTTCTAACCGCGATGAGTTtgttgt < 1:3690880/71‑1 (MQ=255) ggcTATGCCCATCTGGCATACGGCTTTAACTACTATGGCACCGTAGGTTCTAACCGCGATGAGTTtgttgt < 1:1734870/71‑1 (MQ=255) ggcTATGCCCATCTGGCATACGGCTTTAACTACTATGGCACCGTAGGTTCTAACCGCGATGAGTTtgttgt < 1:2664677/71‑1 (MQ=255) gcTATGCCCATCTGGCATACGGCTTTAACTACTATGGCACCGTAGGTTCTAACCGCGATGAGTttgttg > 1:2686193/1‑69 (MQ=255) gcTATGCCCATCTGGCATACGGCTTTAACTACTATGGCACCGTAGGTTCTAACCGCGATGAGTttgttg > 1:2177215/1‑69 (MQ=255) | CCAACAGCGTGGTGGTATCCATAACTCGGTCACCCGTATCACGCCGAAACCGACGCATATGATCGGCGGCTATGCCCATCTGGCATACGGCTTTAACTACTATGGCACCGTAGGTTCTAACCGCGATGAGTTTGTTGT > minE/835076‑835213 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |