Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	minE	1,892,019	+GC	intergenic (‑437/+54)	gudP ← / ← ygdL	predicted D‑glucarate transporter/conserved hypothetical protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	minE	1,892,019	1	.	G	100.0%	197.6 / NA	52	intergenic (‑437/+54)	gudP/ygdL	predicted D‑glucarate transporter/conserved hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base . (0/0);  new base G (36/16);  total (36/16)
*	minE	1,892,019	2	.	C	100.0%	194.8 / NA	52	intergenic (‑437/+54)	gudP/ygdL	predicted D‑glucarate transporter/conserved hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base . (0/0);  new base C (36/16);  total (36/16)

AGATTCGATTCAGCACCGCTAAAACGACATTTACCGCTCGCTGAACATATCA‑‑TAAGCACAGAACCG  >  minE/1891968‑1892033                                                     ||               aGATTCGATTCAGCACCGCTAAAACGACATTTACCGCTCGCTGAACATATCAGCTAAGcaca        <  1:440865/62‑1 (MQ=255) aGATTCGATTCAGCACCGCTAAAACGACATTTACCGCTCGCTGAACATATCAGCTAAGcaca        <  1:3446968/62‑1 (MQ=255) aGATTCGATTCAGCACCGCTAAAACGACATTTACCGCTCGCTGAACATATCAGCTAAGcaca        <  1:2879639/62‑1 (MQ=255) aGATTCGATTCAGCACCGCTAAAACGACATTTACCGCTCGCTGAACATATCAGCTAAGcaca        <  1:3613707/62‑1 (MQ=255) aGATTCGATTCAGCACCGCTAAAACGACATTTACCGCTCGCTGAACATATCAGCTAAGcaca        <  1:2470020/62‑1 (MQ=255) aGATTCGATTCAGCACCGCTAAAACGACATTTACCGCTCGCTGAACATATCAGCTAAGcaca        <  1:3629960/62‑1 (MQ=255) aGATTCGATTCAGCACCGCTAAAACGACATTTACCGCTCGCTGAACATATCAGCTAAGcaca        <  1:3271211/62‑1 (MQ=255) aGATTCGATTCAGCACCGCTAAAACGACATTTACCGCTCGCTGAACATATCAGCTAAGcaca        <  1:159001/62‑1 (MQ=255) aGATTCGATTCAGCACCGCTAAAACGACATTTACCGCTCGCTGAACATATCAGCTAAGcaca        <  1:1546789/62‑1 (MQ=255)  gattcgattcAGCACCGCTAAAACGACATTTACCGCTCGCTGAACATATCAGCTAAGcaca        <  1:2202610/61‑1 (MQ=255)  gattcgattcAGCACCGCTAAAACGACATTTACCGCTCGCTGAACATATCAGCTAAGcaca        <  1:2284211/61‑1 (MQ=255)  gattcgattcAGCACCGCTAAAACGACATTTACCGCTCGCTGAACATATCAGCTAAGcaca        <  1:3556437/61‑1 (MQ=255)  gattcgattcAGCACCGATAAAACGACATTTACCGCTCGCTGAACATATCAGCTAAGcaca        <  1:301462/61‑1 (MQ=255)   attcgattcAGCACCGCTAAAACGACATTTACCGCTCGCTGAACATATCAGCTAAGcaca        <  1:3003288/60‑1 (MQ=255)    ttcgattcAGCACCGCTAAAACGACATTTACCGCTCGCTGAACATATCAGCTAAGcaca        <  1:2983737/59‑1 (MQ=255)       gattcAGCACCGCTAAAACGACATTTACCGCTCGCTGAACATATCAGCTAAGCACAGAAcc   >  1:3239491/1‑61 (MQ=255)       gattcAGCACCGCTAAAACGACATTTACCGCTCGCTGAACATATCAGCTAAGCACAGAAcc   >  1:1043473/1‑61 (MQ=255)       gattcAGCACCGCTAAAACGACATTTACCGCTCGCTGAACATATCAGCTAAGCACAGAAcc   >  1:3091587/1‑61 (MQ=255)       gattcAGCACCGCTAAAACGACATTTACCGCTCGCTGAACATATCAGCTAAGCACAGAAcc   >  1:3384977/1‑61 (MQ=255)       gattcAGCACCGCTAAAACGACATTTACCGCTCGCTGAACATATCAGCTAAGCACAGAAcc   >  1:3227705/1‑61 (MQ=255)       gattcAGCACCGCTAAAACGACATTTACCGCTCGCTGAACATATCAGCTAAGCACAGAAcc   >  1:3218040/1‑61 (MQ=255)       gattcAGCACCGCTAAAACGACATTTACCGCTCGCTGAACATATCAGCTAAGCACAGAAcc   >  1:2786589/1‑61 (MQ=255)       gattcAGCACCGCTAAAACGACATTTACCGCTCGCTGAACATATCAGCTAAGCACAGAAcc   >  1:754812/1‑61 (MQ=255)       gattcAGCACCGCTAAAACGACATTTACCGCTCGCTGAACATATCAGCTAAGCACAGAAc    >  1:2484356/1‑60 (MQ=255)       gattcAGCACCGCTAAAACGACATTTACCGCTCGCTGAACATATCAGCTAAGCACAGAACCg  >  1:348231/1‑62 (MQ=255)       gattcAGCACCGCTAAAACGACATTTACCGCTCGCTGAACATATCAGCTAAGCACAGAACCg  >  1:3618967/1‑62 (MQ=255)       gattcAGCACCGCTAAAACGACATTTACCGCTCGCTGAACATATCAGCTAAGCACAGAACCg  >  1:558139/1‑62 (MQ=255)       gattcAGCACCGCTAAAACGACATTTACCGCTCGCTGAACATATCAGCTAAGCACAGAACCg  >  1:714418/1‑62 (MQ=255)       gattcAGCACCGCTAAAACGACATTTACCGCTCGCTGAACATATCAGCTAAGCACAGAACCg  >  1:810767/1‑62 (MQ=255)       gattcAGCACCGCTAAAACGACATTTACCGCTCGCTGAACATATCAGCTAAGCACAGAACCg  >  1:863683/1‑62 (MQ=255)       gattcAGCACCGCTAAAACGACATTTACCGCTCGCTGAACATATCAGCTAAGCACAGAACCg  >  1:90737/1‑62 (MQ=255)       gattcAGCACCGCTAAAACGACATTTACCGCTCGCTGAACATATCAGCTAAGCACAGAACCg  >  1:3178726/1‑62 (MQ=255)       gattcAGCACCGCTAAAACGACATTTACCGCTCGCTGAACATATCAGCTAAGCACAGAACCg  >  1:2492769/1‑62 (MQ=255)       gattcAGCACCGCTAAAACGACATTTACCGCTCGCTGAACATATCAGCTAAGCACAGAACCg  >  1:1057749/1‑62 (MQ=255)       gattcAGCACCGCTAAAACGACATTTACCGCTCGCTGAACATATCAGCTAAGCACAGAACCg  >  1:1157477/1‑62 (MQ=255)       gattcAGCACCGCTAAAACGACATTTACCGCTCGCTGAACATATCAGCTAAGCACAGAACCg  >  1:1681597/1‑62 (MQ=255)       gattcAGCACCGCTAAAACGACATTTACCGCTCGCTGAACATATCAGCTAAGCACAGAACCg  >  1:1706341/1‑62 (MQ=255)       gattcAGCACCGCTAAAACGACATTTACCGCTCGCTGAACATATCAGCTAAGCACAGAACCg  >  1:1880276/1‑62 (MQ=255)       gattcAGCACCGCTAAAACGACATTTACCGCTCGCTGAACATATCAGCTAAGCACAGAACCg  >  1:2278309/1‑62 (MQ=255)       gattcAGCACCGCTAAAACGACATTTACCGCTCGCTGAACATATCAGCTAAGCACAGAACCg  >  1:2448212/1‑62 (MQ=255)       gattcAGCACCGCTAAAACGACATTTACCGCTCGCTGAACATATCAGCTAAGCACAGAACCg  >  1:3177305/1‑62 (MQ=255)       gattcAGCACCGCTAAAACGACATTTACCGCTCGCTGAACATATCAGCTAAGCACAGAACCg  >  1:2513180/1‑62 (MQ=255)       gattcAGCACCGCTAAAACGACATTTACCGCTCGCTGAACATATCAGCTAAGCACAGAACCg  >  1:2556628/1‑62 (MQ=255)       gattcAGCACCGCTAAAACGACATTTACCGCTCGCTGAACATATCAGCTAAGCACAGAACCg  >  1:2590197/1‑62 (MQ=255)       gattcAGCACCGCTAAAACGACATTTACCGCTCGCTGAACATATCAGCTAAGCACAGAACCg  >  1:2815896/1‑62 (MQ=255)       gattcAGCACCGCTAAAACGACATTTACCGCTCGCTGAACATATCAGCTAAGCACAGAACCg  >  1:2927111/1‑62 (MQ=255)       gattcAGCACCGCTAAAACGACATTTACCGCTCGCTGAACATATCAGCTAAGCACAGAACCg  >  1:3012513/1‑62 (MQ=255)       gattcAGCACCGCTAAAACGACATTTACCGCTCGCTGAACATATCAGCTAAGCACAGAACCg  >  1:3045479/1‑62 (MQ=255)       gattcAGCACCGCTAAAACGACATTTACCGCTCGCTGAACATATCAGCTAAGCACAGAACCg  >  1:3105943/1‑62 (MQ=255)       gattcAGCACCGCTAAAACGACATTTACCGCTCGCTGAACATATCAGCTAAGCACAGAACCg  >  1:3128902/1‑62 (MQ=255)       gattcAGCACCGCTAAAACGACATTCACCGCTCGCTGAACATATCAGCTAAGCACAGAACCg  >  1:597039/1‑62 (MQ=255)                         cGACATTTACCGCTCGCTGAACATATCAGCTAAGcaca        <  1:1127480/38‑1 (MQ=25)                                                     ||               AGATTCGATTCAGCACCGCTAAAACGACATTTACCGCTCGCTGAACATATCA‑‑TAAGCACAGAACCG  >  minE/1891968‑1892033

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑