Missing coverage evidence...
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CTCTTTATCGTTGACGCGACGCTGTAATTCCGCCAGTTCTTCGGTGGTTGCGACAAAC  >  minE/1840214‑1840271                                                          | ctctTTATCGTTGACGCGACGCTGTAATTCCTCCAGTTCTTCGGTGGTTGCGACAAAc  <  1:520680/58‑1 (MQ=255) ctctTTATCGTTGACGCGACGCTGTAATTCCGCCAGTTGTTCGGTGGTTGCGACAAAc  <  1:167945/58‑1 (MQ=255) ctctTTATCGTTGACGCGACGCTGTAATTCCGCCAGTTCTTCGGTGGTTGCGACAAAc  <  1:392220/58‑1 (MQ=255) ctctTTATCGTTGACGCGACGCTGTAATTCCGCCAGTTCTTCGGTGGTTGCGACAAAc  <  1:2578027/58‑1 (MQ=255) ctctTTATCGTTGACGCGACGCTGTAATTCCGCCAGTTCTTCGGTGGTTGCGACAAAc  <  1:2725768/58‑1 (MQ=255) ctctTTATCGTTGACGCGACGCTGTAATTCCGCCAGTTCTTCGGTGGTTGCGACAAAc  <  1:282033/58‑1 (MQ=255) ctctTTATCGTTGACGCGACGCTGTAATTCCGCCAGTTCTTCGGTGGTTGCGACAAAc  <  1:2896449/58‑1 (MQ=255) ctctTTATCGTTGACGCGACGCTGTAATTCCGCCAGTTCTTCGGTGGTTGCGACAAAc  <  1:290218/58‑1 (MQ=255) ctctTTATCGTTGACGCGACGCTGTAATTCCGCCAGTTCTTCGGTGGTTGCGACAAAc  <  1:2960087/58‑1 (MQ=255) ctctTTATCGTTGACGCGACGCTGTAATTCCGCCAGTTCTTCGGTGGTTGCGACAAAc  <  1:3133681/58‑1 (MQ=255) ctctTTATCGTTGACGCGACGCTGTAATTCCGCCAGTTCTTCGGTGGTTGCGACAAAc  <  1:3139962/58‑1 (MQ=255) ctctTTATCGTTGACGCGACGCTGTAATTCCGCCAGTTCTTCGGTGGTTGCGACAAAc  <  1:3323463/58‑1 (MQ=255) ctctTTATCGTTGACGCGACGCTGTAATTCCGCCAGTTCTTCGGTGGTTGCGACAAAc  <  1:3573743/58‑1 (MQ=255) ctctTTATCGTTGACGCGACGCTGTAATTCCGCCAGTTCTTCGGTGGTTGCGACAAAc  <  1:2561965/58‑1 (MQ=255) ctctTTATCGTTGACGCGACGCTGTAATTCCGCCAGTTCTTCGGTGGTTGCGACAAAc  <  1:460894/58‑1 (MQ=255) ctctTTATCGTTGACGCGACGCTGTAATTCCGCCAGTTCTTCGGTGGTTGCGACAAAc  <  1:552986/58‑1 (MQ=255) ctctTTATCGTTGACGCGACGCTGTAATTCCGCCAGTTCTTCGGTGGTTGCGACAAAc  <  1:691638/58‑1 (MQ=255) ctctTTATCGTTGACGCGACGCTGTAATTCCGCCAGTTCTTCGGTGGTTGCGACAAAc  <  1:71160/58‑1 (MQ=255) ctctTTATCGTTGACGCGACGCTGTAATTCCGCCAGTTCTTCGGTGGTTGCGACAAAc  <  1:743137/58‑1 (MQ=255) ctctTTATCGTTGACGCGACGCTGTAATTCCGCCAGTTCTTCGGTGGTTGCGACAAAc  <  1:750126/58‑1 (MQ=255) ctctTTATCGTTGACGCGACGCTGTAATTCCGCCAGTTCTTCGGTGGTTGCGACAAAc  <  1:865358/58‑1 (MQ=255) ctctTTATCGTTGACGCGACGCTGTAATTCCGCCAGTTCTTCGGTGGTTGCGACAAAc  <  1:1928148/58‑1 (MQ=255) ctctTTATCGTTGACGCGACGCTGTAATTCCGCCAGTTCTTCGGTGGTTGCGACAAAc  <  1:1211813/58‑1 (MQ=255) ctctTTATCGTTGACGCGACGCTGTAATTCCGCCAGTTCTTCGGTGGTTGCGACAAAc  <  1:1247330/58‑1 (MQ=255) ctctTTATCGTTGACGCGACGCTGTAATTCCGCCAGTTCTTCGGTGGTTGCGACAAAc  <  1:135104/58‑1 (MQ=255) ctctTTATCGTTGACGCGACGCTGTAATTCCGCCAGTTCTTCGGTGGTTGCGACAAAc  <  1:1418491/58‑1 (MQ=255) ctctTTATCGTTGACGCGACGCTGTAATTCCGCCAGTTCTTCGGTGGTTGCGACAAAc  <  1:1507165/58‑1 (MQ=255) ctctTTATCGTTGACGCGACGCTGTAATTCCGCCAGTTCTTCGGTGGTTGCGACAAAc  <  1:1521128/58‑1 (MQ=255) ctctTTATCGTTGACGCGACGCTGTAATTCCGCCAGTTCTTCGGTGGTTGCGACAAAc  <  1:1764453/58‑1 (MQ=255) ctctTTATCGTTGACGCGACGCTGTAATTCCGCCAGTTCTTCGGTGGTTGCGACAAAc  <  1:1872006/58‑1 (MQ=255) ctctTTATCGTTGACGCGACGCTGTAATTCCGCCAGTTCTTCGGTGGTTGCGACAAAc  <  1:2017260/58‑1 (MQ=255) ctctTTATCGTTGACGCGACGCTGTAATTCCGCCAGTTCTTCGGTGGTTGCGACAAAc  <  1:2062634/58‑1 (MQ=255) ctctTTATCGTTGACGCGACGCTGTAATTCCGCCAGTTCTTCGGTGGTTGCGACAAAc  <  1:2077319/58‑1 (MQ=255) ctctTTATCGTTGACGCGACGCTGTAATTCCGCCAGTTCTTCGGTGGTTGCGACAAAc  <  1:2083507/58‑1 (MQ=255) ctctTTATCGTTGACGCGACGCTGTAATTCCGCCAGTTCTTCGGTGGTTGCGACAAAc  <  1:2134622/58‑1 (MQ=255) ctctTTATCGTTGACGCGACGCTGTAATTCCGCCAGTTCTTCGGTGGTTGCGACAAAc  <  1:2211540/58‑1 (MQ=255) ctctTTATCGTTGACGCGACGCTGTAATTCCGCCAGTTCTTCGGTGGTTGCGACAAAc  <  1:2372701/58‑1 (MQ=255) ctctTTATCGTTGACGCGACGCTGTAATTCCGCCAGTTCTTCGGTGGTTGCGACAAAc  <  1:2443144/58‑1 (MQ=255) ctctTTATCGTTGACGCGACGCTGTAATTCCGCCAGTTCTTCGGTGGTTGCGACAAAc  <  1:2559392/58‑1 (MQ=255) ctctTTATCGTTGACGCGACGCTGTAATTCCGCCAGTTCTTCGGTGGATGCGACAAAc  <  1:1093197/58‑1 (MQ=255)  tctTTATCGTTGACGCGACGCTGTAATTCCGCCAGTTCTTCGGTGGTTGCGACAAAc  <  1:656456/57‑1 (MQ=255)  tctTTATCGTTGACGCGACGCTGTAATTCCGCCAGTTCTTCGGTGGTTGCGACAAAc  <  1:2571745/57‑1 (MQ=255)    tttATCGTTGACGCGACGCTGTAATTCCGCCAGTTCTTCGGTGGTTGCGACAAAc  <  1:1612465/55‑1 (MQ=255)                                                          | CTCTTTATCGTTGACGCGACGCTGTAATTCCGCCAGTTCTTCGGTGGTTGCGACAAAC  >  minE/1840214‑1840271

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑